Avainero konsensus-PCR:n ja pan-PCR:n välillä on se, että konsensus-PCR kohdistuu aina konservoituneisiin alueisiin, kun taas Pan PCR kohdistuu vaihteleviin alueisiin ryhmän eri kantojen tunnistamiseksi
Polymeraasiketjureaktio (PCR) on geenin monistustekniikka, joka koostuu kolmesta päävaiheesta, kuten denaturaatiosta, pariutumisesta ja pidentämisestä. Tätä käytetään laaj alti diagnostiikassa ja molekyylien tunnistamisessa. Konsensus-PCR- ja Pan PCR -tekniikat perustuvat kunkin PCR-tyypin käyttämiin alukekohteisiin.
Mikä on Consensus PCR?
Consensus PCR on PCR-tekniikka, joka kohdistuu tietyn lajin tai suvun konservoituneeseen alueeseen. Siksi monistukseen valitaan erittäin konservoituneita alueita. Tämän menetelmän avulla organismit voidaan tunnistaa ja erottaa niiden konsensuksen perusteella. Tämä menetelmä tunnistaa säilyneen alueen tietylle lajille. Esimerkiksi bakteerien 16s rRNA-alue säilyy konservoituneena alueena bakteerien joukossa. Siksi vain yksi alukesarja tarvitaan monistukseen. Useimmissa tapauksissa konservoituneelle alueelle voidaan käyttää universaalia aluketta.
Kuva 01: PCR-tekniikka
Konsensus-PCR-menetelmää noudattamalla voidaan päätellä lajien karakterisointi ja evoluutiosuhteet. Tietyn näyteorganismin monistustehokkuuden perusteella voidaan myös päätellä organismin konsensus ryhmää kohtaan. Lisäksi konsensus-PCR:n suorittaminen on elintärkeää fylogeneettisissa tutkimuksissa. Se mahdollistaa lajin tunnistamisen ja tulkitsee tietyn organismin osoittaman poikkeaman yhteisen esi-isän suhteen.
Mikä on Pan PCR?
A Pan PCR on PCR:n multipleksointitila. Tässä tekniikassa eri kannat monistetaan käyttämällä erilaisia alukekohteita. Kohteet voivat kuitenkin olla kantaryhmille yhteisiä kohteita. Siten Pan PCR:ssä voidaan käyttää useampaa kuin kahta alukesarjaa yhdellä kertaa. Se voi tapahtua yhden putken reaktiomenetelmänä tai moniputkireaktiomenetelmänä. Pan PCR on enemmän aikaa vievä ja monimutkaisempi kuin konsensus-PCR. Tästä syystä PCR-tulosten tulkinta voi myös olla monimutkaisempaa Pan PCR:ssä.
Pan PCR:n pääsovellus on molekyylidiagnostiikassa. Se mahdollistaa lajin eri kantojen erottamisen kohdeamplifikaatiolla. Pan PCR on ihanteellinen tekniikka taudin aiheuttavien yksittäisten lajien eri kannat tunnistamiseen. Useimmissa tapauksissa Pan PCR -tekniikoiden automatisointi erilaisiin terveysongelmiin on erittäin tärkeää, ja se on luotettava ja erittäin tehokas tekniikka.
Mitä yhtäläisyyksiä on Consensus PCR:n ja Pan PCR:n välillä?
- Consensus PCR ja Pan PCR ovat kahdenlaisia PCR-tekniikoita.
- Molemmat menettelyt noudattavat yleistä kolmivaiheista menettelyä – denaturointi, hehkutus ja pidennys.
- He käyttävät kohdekohtaisia alukkeita.
- Molemmat reaktiot tapahtuvat lämpökiertolaitteella.
- Nämä reaktiot voidaan automatisoida.
- Molempia voidaan käyttää molekyylidiagnostiikassa ja tunnistamisessa; tarkkuus kuitenkin vaihtelee.
- Nämä toimenpiteet vaativat vahvistuksen.
Mitä eroa on konsensus-PCR:n ja Pan PCR:n välillä?
Sekä Consensus että Pan PCR noudattavat samaa rutiinimenettelyä. Keskeinen ero konsensus-PCR:n ja Pan PCR:n välillä perustuu kuitenkin kunkin menettelyn käyttämiin alukekohteisiin. Vaikka konsensus-PCR kohdistuu aina konservoituneisiin alueisiin, Pan PCR kohdistuu vaihteleviin alueisiin ryhmän eri kantojen tunnistamiseksi. Tästä erosta johtuen alukkeiden suunnitteluprotokollat, käytettyjen alukesarjojen määrä ja erityiset sovellukset vaihtelevat.
Alla olevassa infografiikassa on yhteenveto Consensus PCR:n ja Pan PCR:n välisestä erosta.
Yhteenveto – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, jonka Mullin esitteli, on tärkeä vallankumouksellinen rooli molekyylibiologian sovelluksissa. Consensus ja Pan PCR ovat kaksi PCR-tyyppiä, jotka perustuvat niiden alukkeen kohdealueisiin. Kun konsensus-PCR kohdistuu konservoituneisiin alueisiin, Pan PCR kohdistuu vaihteleviin alueisiin ja sillä on tärkeä rooli kannan tunnistamisessa. Tästä konsensus-PCR:n ja Pan PCR:n välisestä peruserosta johtuen myös kunkin PCR-tyypin spesifiset toiminnot vaihtelevat fylogeneettisestä analyysistä molekyylien karakterisointiin molekyylidiagnostiikkaan.
