Avainero – Exome vs Transcriptome
Geeni sisältää koodaavia ja ei-koodaavia alueita sisällään. Koodaavat sekvenssit tunnetaan eksoneina, ja ei-koodaavat sekvenssit tunnetaan introneina. Geenin eksonien nukleotidisekvenssi edustaa geenin geneettistä koodia spesifisen proteiinin syntetisoimiseksi. Näin ollen eksonit jäävät mRNA-molekyyliin. Genomin kokonaiseksonialue tunnetaan nimellä eksomi, ja se on tärkeä osa genomia. Geenien geneettinen koodi muunnetaan mRNA-molekyylin geneettiseksi koodiksi, jota tarvitaan proteiinin tuotantoon. Solussa tai solupopulaatiossa kerrallaan transkriptoituneet koko mRNA-molekyylit tunnetaan transkriptomina.avainero eksomin ja transkription välillä on se, että eksomi edustaa genomin eksonialueiden sekvenssejä, kun taas transkripti edustaa solun tai kudoksen kokonais-mRNA:ta tietyllä hetkellä.
Mikä Exome on?
Geenit koostuvat eksoneista, introneista ja säätelysekvensseistä. Eksonit ovat geenialueita, jotka transkriptoidaan mRNA-sekvenssiksi transkription aikana. Intronit ja muut ei-koodaavat alueet poistetaan transkription aikana. Eksonien nukleotidisekvenssi määrittää sen geenin geneettisen koodin, joka syntetisoi sen koodaaman spesifisen proteiinin. Vain eksonit jäävät proteiinin mRNA:han. Eksonien kokoelma genomissa tunnetaan organismin eksomina. Se edustaa osaa genomista, joka ilmentyy geeneissä. Ihmisillä eksomin osuus genomista on 1 %. Se on ihmisen genomin proteiinia koodaava osa.
Kuva 01: Exome
Mikä on Transcriptome?
Transkriptomi on kaikkien proteiinia koodaavien ja ei-koodaavien transkriptien (RNA:iden) kokoelma tietyssä kudoksessa. Transkriptomi edustaa geenien ilmentämien kokonais-mRNA-molekyylien kokoelmaa solussa tai kudoksessa. Solun transkriptiota voidaan vaihdella toisen solutyypin transkription kanssa. Transkriptomi on myös dynaaminen – se muuttuu ajan myötä vasteena sekä sisäisille että ulkoisille ärsykkeille. Jopa samassa kudoksessa tai saman solutyypin sisällä transkripti voi muuttua muutaman minuutin kuluttua.
Transkriptomi eroaa organismin eksomista. Transkriptomi sisältää vain ekspressoidut eksomisekvenssit. Vaikka solun eksomi pysyy samana, transkriptomi eroaa solujen välillä, koska geenin ilmentyminen ei ole sama kaikille soluille tai kudoksille. Vain välttämättömät geenit ilmentyvät eri soluissa ja kudoksissa. Geeniekspressio on kudos- tai solutyyppispesifinen prosessi. Sitä säätelevät useat tekijät, mukaan lukien ympäristötekijät. Siksi transkriptio voi vaihdella ulkoisten ympäristöolosuhteiden mukaan.
Transcriptomea käytetään proteomiikan tutkimusten esiasteena. Kaikki proteiinit ovat peräisin mRNA-sekvensseistä. Translaatiomuutokset voivat johtaa muutoksiin proteiineissa. Transkriptomi tarjoaa kuitenkin tärkeitä perustietoja proteomisia tutkimuksia varten.
Kuva 02: Alkion kantasolujen transkriptomi
Mitä eroa on Exomen ja Transcriptomen välillä?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome on kokoelma geenien proteiinia koodaavia alueita. | Transkriptomi on kokoelma kaikesta transkriptoidusta RNA:sta, mukaan lukien mRNA. |
| Näyte | |
| Exomea tutkitaan DNA-näytteen avulla. | Transkriptomi tutkitaan RNA-näytteen avulla. |
| Tutkimusmenetelmä | |
| Koko eksomin sekvensointi on menetelmä eksomin tutkimiseen. | RNA-sekvensointi on menetelmä transkription tutkimiseen. |
Yhteenveto – Exome vs Transcriptome
Eksonit ovat geenien koodaavia sekvenssejä ja määrittävät proteiinien mRNA-sekvenssit. Näiden koodaavien sekvenssien (eksonien) kokoelma tunnetaan organismin eksomina. Geenit transkriptoidaan mRNA-molekyyleiksi ennen proteiinien valmistusta. Solun tai kudoksen kokonais-mRNA-molekyylit kulloinkin tunnetaan transkriptomeina. Transkriptomi edustaa geenejä, jotka ekspressoituvat aktiivisesti mRNA:ksi kulloinkin. Transkriptomi on solu- ja kudosspesifinen ja vaikuttaa ympäristöolosuhteisiin. Tämä on ero eksomin ja transkription välillä.
