Avainero – Exome vs RNA-sekvensointi
Nukleiinihapposekvensointi on tekniikka, joka määrittää nukleotidien järjestyksen organismin tietyssä DNA- tai RNA-fragmentissa. Sekvensointi on tärkeää solun DNA- ja RNA-rakenteen tunnistamisessa ja tiettyjen funktionaalisia proteiineja koodaavien geenien erottamisessa; siten sekvensointia voidaan käyttää näiden geenien mutaatioiden ja geeniekspressioiden ymmärtämiseen. Sangerin sekvensointimenetelmä tai edistyneemmät Seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmät ovat yleisesti käytettyjä sekvensointimenetelmiä. Eksomin sekvensointi on organismissa olevien eksonien tai koodaavien DNA-alueiden täydellisen sarjan sekvensointia, kun taas RNA-sekvensointi on ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettely. Tämä on tärkein ero eksomin ja RNA:n sekvensoinnin välillä.
Mitä Exome-sekvensointi on?
Exome on genomin osajoukko, joka koostuu tietyn organismin koodaavista geeneistä. Koodaavat geenit nimetään eksoneiksi ja ne transkriptoidaan mRNA:ksi ja transloidaan sitten aminohapposekvensseiksi. Transkription jälkeisten modifikaatioiden aikana RNA:n silmukointimekanismi eukaryooteissa poistaa intronit (ei-koodaavat alueet), ja eksonit jäävät jäljelle. Exome-sekvensointia varten on kaksi päätekniikkaa: ratkaisupohjainen ja taulukkopohjainen.
Liuospohjaisessa eksomisekvensoinnissa DNA-näytteet fragmentoidaan joko restriktioentsyymeillä tai mekaanisella menetelmällä ja denaturoidaan lämmöllä. Tässä tekniikassa biotinyloituja oligonukleotidikoettimia (syöttejä) käytetään hybridisoitumaan selektiivisesti genomin kohdealueiden kanssa. Sitoutumisvaiheessa käytetään magneettisia streptavidiinihelmiä. Sitoutumista seuraa pesuvaihe, jossa sitoutumattomat ja kohdistamattomat sekvenssit pestään pois. Sitoutuneet kohteet monistetaan käyttämällä polymeraasiketjureaktiota (PCR) ja sitten sekvensoidaan käyttämällä Sanger-sekvensointi- tai seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoita.
Kuva 01: Exome-sekvensointi
Matriisipohjainen menetelmä on myös samanlainen kuin liuospohjainen menetelmä, paitsi että DNA-fragmentit siepataan mikrosiruun, minkä jälkeen sitoutumis- ja pesuvaiheet seuraavat ennen sekvensointia.
Exome-sekvensointia käytetään monissa sovelluksissa, kuten sairauksien geneettisessä diagnosoinnissa, geeniterapiassa, uusien geneettisten merkkiaineiden tunnistamisessa, maataloudessa erilaisten hyödyllisten agronomisten ominaisuuksien tunnistamisessa ja kasvinjalostusmenetelmissä.
Mitä RNA-sekvensointi on?
RNA-sekvensointi perustuu transkriptiin, joka on solun täydellinen transkriptio. RNA-sekvensoinnin tärkeimmät tavoitteet ovat luetteloida kaikki transkriptin lajit, mukaan lukien mRNA, ei-koodaava RNA ja pieni RNA, geenien transkriptionaalisen rakenteen määrittäminen ja kunkin transkriptin ilmentymistasojen kvantifiointi kehityksen aikana. RNA-sekvensoinnin aikana sekvensointiin käytettiin alun perin hybridisaatiotekniikoita (jotka olivat kypsistä mRNA-sekvensseistä peräisin olevaa komplementaarista DNA:ta). Tällä hetkellä RNA-sekvensointiin käytetään tarkempaa ja kehittyneempää läpimenotekniikkaa.
Kuva 02: RNA-sekvensointi
RNA-sekvensoinnissa näyte RNA:sta, joka voi olla kokonais-RNA:ta tai fraktioitua RNA:ta, muunnetaan komplementaariseksi DNA:kseen (cDNA) käyttämällä käänteistranskriptiota, ja cDNA-kirjasto valmistetaan. Jokainen cDNA-fragmentti on kiinnitetty sovittimiin molemmilta puolilta (paripään sekvensointi) tai toiselta puolelta (yksipään sekvensointi). Nämä merkityt sekvenssit sekvensoidaan käyttämällä Sanger-sekvensointia tai seuraavaa sukupolvea, kuten exome-sekvensointia.
Mitä yhtäläisyyksiä Exomen ja RNA-sekvensoinnin välillä on?
- Lyhyitä valittuja fragmentteja tai koko DNA-/RNA-sarjaa voidaan käyttää Exome- tai RNA-sekvensointiin.
- Sekvensoidut fragmentit säilytetään kirjastoissa.
- Sanger-sekvensointia tai Next Generation -sekvensointia voidaan käyttää.
- Molemmat ovat in vitro -sekvensointimenetelmiä.
- Sekvensoidut fragmentit voidaan määrittää fluoresoivilla tunnisteilla.
Mitä eroa on Exomen ja RNA-sekvensoinnin välillä?
Exome vs RNA-sekvensointi |
|
| Eksomien sekvensointi on organismissa olevien eksonien tai koodaavien DNA-alueiden täydellisen sarjan sekvensointia. | RNA-sekvensointi viittaa ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettelyyn; transkriptio. |
| Aloitusnäyte | |
| Genominen DNA on exome-sekvensoinnin lähtönäyte. | RNA on RNA-sekvensoinnin aloitusnäyte. |
| Sävellys | |
| Tämä sisältää vain koodaavat alueet koko DNA:sta, jotka tunnetaan nimellä Exons | Tämä sisältää RNA-mRNA:ta/transkriptomin. |
| Sekvensointi | |
| Exome-sekvensointiin on kaksi päämenetelmää; ratkaisupohjaiset ja taulukkopohjaiset teknologiat. | RNA-sekvensointi tehdään valmistamalla cDNA-kirjasto uuttamalla kokonais-RNA tai fragmentoitu RNA. |
Yhteenveto – Exome vs RNA-sekvensointi
Exome on täydellinen sarja organismin koodaavia alueita, ja Exomen tarkan nukleotidijärjestyksen määrittämiseen liittyvät tekniikat tunnetaan eksomien sekvensoinnina. RNA-sekvensointi on tekniikka, joka liittyy organismin RNA:n nukleotidijärjestyksen määrittämiseen. Tämä on ero eksomin ja RNA:n sekvensoinnin välillä.
Lataa PDF-versio Exome vs RNA-sekvensoinnista
Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainaushuomautuksen mukaisesti. Lataa PDF-versio tästä Exomen ja RNA-sekvensoinnin ero
