Avainero kohdistetun ja kohdistamattoman proteomiikan välillä on se, että kohdennettu proteomiikka pyrkii mittaamaan tietyn proteiinin runsautta, kun taas kohdentamaton proteomiikka ei kohdistu tiettyyn proteiiniin.
Proteomiikka on laajamittaista proteiinien, niiden rakenteiden ja toimintojen tutkimusta. Se tutkii koko proteiinikomplementtia solussa, kudoksessa tai organismissa tietyissä olosuhteissa. Proteomiikkaa on kahta tyyppiä: kohdennettu proteomiikka ja kohdentamaton proteomiikka.
Mitä on Targeted Proteomics?
Kuten nimi osoittaa, kohdennettu proteomiikka kohdistuu tiettyyn proteiiniin tai peptidiin monimutkaisessa proteiiniseoksessa analysoitavaksi. Sitten se analysoi kyseisen enn alta valitun spesifisen proteiinin läsnäolon ja määrän. Tämä menetelmä on mahdollista vain yhdelle näytteelle tai useille näytteille. Tämä menetelmä sopii jopa tietylle proteiiniryhmälle. Se johtaa tarkempiin, määrällisiin ja arkaluontoisempiin tietoihin. Lisäksi massaspektrometria yhdistettynä kohdennettuun proteomiikkaan tuottaa tarkempia luotettavia mittauksia. Tämä menetelmä käyttää analyysissaan kolminkertaista kvadrupolimassaspektrometria (QQQ).
Kuva 01: Proteomiikka
Kohdennettu proteomiikka on sopiva menetelmä, jos haluat varmistaa, onko knockdown-kohde todella lyöty alas tai kun haluat määrittää tietyn proteiinin/peptidin määrän veriseerumissa, aivonesteessä tai solulysaatissa jne. Voit myös käytä sitä, jos haluat tarkistaa, ekspressoituuko tietty proteiini eri tavalla näytteissä tai aikajaksokokeen aikana.
Mikä on Untargeted Proteomics?
Kohduttamaton proteomiikka, kuten nimi mainitsee, ei kohdistu tiettyyn proteiiniin tai peptidiin analysoitavaksi. Discovery-proteomiikka on toinen nimi kohdentamattomalle proteomiikalle. Itse asiassa se on "globaalimpi" analyysi. Yleensä kohdentamattoman proteomiikan suorittamisen tarkoituksena on vastata kysymykseen "mitä proteiinia tai proteiineja on tässä näytteessä tai useissa näytteissä?". Tämä menetelmä ei ole herkkä kohdennettuna proteomiikkana. Mutta se voi tunnistaa ja mitata monia proteiineja, mukaan lukien uudet proteiinit. Kohdistamaton proteomiikka voi tuottaa sekä kvantitatiivisia että kvalitatiivisia mittauksia.
Mitä yhtäläisyyksiä kohdistetun ja kohdentamattoman proteomiikan välillä on?
- Sekä kohdennettu että kohdentamaton proteomiikka mittaavat proteiineja näytteissä.
- Ne ovat tärkeitä proteomianalyysissä.
- Näissä menetelmissä käytetään massaspektrometriaa.
Mitä eroa on kohdistetulla ja kohdentamattomalla proteomiikan välillä?
Ensinnäkin kohdennettu proteomiikka on tietyn proteiinin tai peptidin läsnäolon ja määrän määrittäminen monimutkaisessa proteiiniseoksessa. Sitä vastoin kohdistamaton proteomiikka on kvantitatiivinen ja kvalitatiivinen tutkimus näytteessä tai näytteissä olevista proteiineista kohdentamatta tiettyä proteiinia. Kohdennettu proteomiikka suoritetaan enn alta valituilla tai kohdistetuilla proteiineilla, kun taas kohdentamatonta proteomiikkaa suoritetaan tämän näytteen proteiinien tyypin selvittämiseksi. Lisäksi kohdennettu proteomiikka on herkempää kuin kohdistamaton proteomiikka.
Yhteenveto – Kohdennettu vs kohdistamaton proteomiikka
Yhteenvetona voidaan todeta, että kohdennettu ja kohdistamaton proteomiikka ovat kahdenlaisia proteiinitutkimuksia. Kuten niiden nimet viittaavat, kohdennettu proteomiikka kohdistuu tiettyyn proteiiniin, kun taas kohdentamaton proteomiikka ei kohdistu tiettyyn proteiiniin. Tämä on ero kohdistetun ja kohdistamattoman proteomiikan välillä.
