Avainero sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyultrasentrifugoinnin välillä on se, että sakkaroosigradienttiultrasentrifugoinnissa käytetään jatkuvaa sakkaroosigradienttia, kun taas sakkaroosityynyultrasentrifugoinnissa käytetään epäjatkuvaa sakkaroosigradienttia.
Sakkaroosigradientti ja sakkaroosityynyultrasentrifugointi ovat kaksi samantyyppistä tekniikkaa, joita käytetään tietyntyyppisten makromolekyylien erottamiseen. Molemmissa tekniikoissa käytetään sakkaroositiheysgradienttia. Mutta sakkaroosigradienttiultrasentrifugoinnissa käytetään jatkuvaa tiheysgradienttia, kun taas sakkaroosityynyultrasentrifugoinnissa käytetään epäjatkuvaa tiheysgradienttia.
Mikä on sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi?
Sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi on tekniikka, jota voidaan käyttää makromolekyylien, kuten DNA:n, RNA:n ja proteiinien, fraktiointiin. Tässä tekniikassa on useita vaiheita. Ne ovat sakkaroosigradientin valmistus, sentrifugointi, erotus ja eluointi. Gradienttivalmistelu on tämän tekniikan avainvaihe. Tässä tekniikassa erikokoisia makromolekyylejä sisältävä näyte kerrostetaan sakkaroosigradienttikolonnin pinnalle. Sentrifugoitaessa erikokoiset makromolekyylit laskeutuvat sakkaroosigradienttikolonnin läpi eri nopeuksilla. Sedimentaatio riippuu useista tekijöistä, mukaan lukien sentrifugointivoima, makromolekyylien koon muoto ja tiheys, gradientin tiheys ja viskositeetti. Sentrifugoinnin lopussa makromolekyylit erotetaan toisistaan tiheyden mukaan. Suuremmat makromolekyylit (suuritiheyksiset makromolekyylit) sedimentoituvat pohjaa kohti. Vaaleammat (pienitiheyksiset makromolekyylit) jäävät gradientin huipulle. Siksi molekyylit erottuvat eri vyöhykkeinä. Sitten vyöhykkeet tulee erottaa ja tietty makromolekyyli puhdistaa sakkaroosista.
Kuva 01: Sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi
Sovelluspuolella tätä menetelmää käytetään laajasti DNA-molekyylien fraktiointiin. Sakkaroosigradienttiultrasentrifugointia käytetään yleisesti karakterisoimaan proteiinikompleksin kokoa ja koostumusta. Lisäksi tätä tekniikkaa käytetään mRNA:n osittaiseen puhdistamiseen.
Mitä sakkaroosityynyn ultrasentrifugointi on?
Sakkaroosityynyn ultrasentrifugointi on toinen tekniikka, joka mahdollistaa makromolekyylien fraktioinnin. Toisin kuin sakkaroositiheysgradienttiultrasentrifugointi, sakkaroosityynyultrasentrifugaatiossa käytetään epäjatkuvaa tiheysgradienttia. Sakkaroosipitoisuus kasvaa ylhäältä alas erillisissä vaiheissa. Tässä tekniikassa erotus saadaan aikaan asettamalla kirkastettu uute pienen määrän sakkaroosiliuosta päälle sentrifugiputkessa, niin sanotussa sakkaroosityynyssä. Tämä mahdollistaa paremman erottelun nopeassa sentrifugoinnissa. Kun molekyylit erottuvat nauhana sakkaroosityynyn välissä, valkoinen nauha voidaan kerätä ja puhdistaa. Lisäksi epäpuhtaudet voidaan poistaa edelleen käyttämällä sakkaroosipehmustemenetelmää. Sakkaroosityynymenetelmä mahdollistaa 60-70 % putken täyttämisen näytteellä. Näin ollen sakkaroosityynymenetelmä mahdollistaa suuremman näytemäärän käsittelyn.
Mitä yhtäläisyyksiä sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyn ultrasentrifugoinnin välillä on?
- Sakkaroosigradientti ja sakkaroosityynyultrasentrifugointi ovat kaksi tekniikkaa, joita käytetään makromolekyyliseoksen erottamiseen.
- Molemmissa menetelmissä käytetään sakkaroosigradienttia.
- Sentrifugointi on vaihe molemmissa menetelmissä.
- Molekyylit sedimentoituvat nauhana tai vyöhykkeenä kussakin menetelmässä.
Mitä eroa on sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyn ultrasentrifugoinnin välillä?
Sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi on tekniikka, joka käyttää jatkuvaa sakkaroosigradienttia sentrifugiputkessa, kun taas sakkaroosityynyultrasentrifugointi on tekniikka, joka käyttää epäjatkuvaa sakkaroosigradienttia. Näin ollen tämä on avainero sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyn ultrasentrifugoinnin välillä.
Lisäksi sakkaroosityyny ultrasentrifugointi mahdollistaa suuremman näytteen tilavuuden käsittelyn, kun taas sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi mahdollistaa suhteellisen pienen näytteen käsittelyn.
Alla infografiassa on lisää eroja sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyn ultrasentrifugoinnin välillä.
Yhteenveto – Sakkaroosigradientti vs. sakkaroosityynyn ultrasentrifugointi
Sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi erottaa makromolekyylit käyttämällä jatkuvaa sakkaroosigradienttia. Sitä vastoin sakkaroosityyny-ultrasentrifugaatiossa käytetään epäjatkuvaa sakkaroosigradienttia tietyntyyppisten hiukkasten erottamiseksi seoksesta. Joten tämä on avainero sakkaroosigradientin ja sakkaroosityynyn ultrasentrifugoinnin välillä. Sakkaroosityynymenetelmä mahdollistaa morfologisesti ehjien hiukkasten keräämisen, koska se ei aiheuta mekaanista rasitusta, toisin kuin sakkaroosigradienttiultrasentrifugaatio, joka murskaa molekyylit putken pohjalle. Lisäksi sakkaroosityynyultrasentrifugointi mahdollistaa suuremman näytteen tilavuuden käsittelyn kuin sakkaroosigradienttiultrasentrifugointi.
