Avainero synteenian ja kollineaarisuuden välillä on se, että synteenia on lajien samassa kromosomissa olevien geneettisten lokusten fyysistä samanaikaista paikantamista, kun taas kollineaarisuus on geneettisten lokusten fyysistä paikallistumista samassa kromosomissa eri lajeissa säilyttäen sama järjestys.
Syntenia ja kollineaarisuus ovat kaksi termiä, joita käytetään vaihtokelpoisesti genomiikassa. Molemmat termit kuvaavat geenien lokalisaatiokuvioita kromosomeissa eri lajeissa. Nämä toisiinsa liittyvät geenijärjestelyt taksonien välillä ovat arvokasta tietoa päätettäessä geenien yhteisestä alkuperästä. Syntenia viittaa geneettisten lokusten fyysiseen yhteislokalisoitumiseen lajissa samassa kromosomissa. Kollineaarisuus viittaa geneettisten lokusten fyysiseen yhteislokalisoitumiseen samassa kromosomissa eri lajeissa, jotka säilyttävät saman järjestyksen. Siksi se on syntenian muoto.
Mikä on Synteny?
Eri lajeissa on joukko geenejä, jotka sijaitsevat samassa kromosomissa. Ja tämä samassa kromosomissa olevien geenien fyysinen lokalisointi eri lajeissa tunnetaan synteeninä. Nämä geenit löytyvät myös hyvin lähellä toisiaan yhdessä kromosomissa. Geenien järjestys ei välttämättä ole sama. Mutta geenien lokalisointi lähellä toisiaan samassa kromosomissa tapahtuu synteenissä. Siksi synteenia kuvaa pääasiassa geenien jakautumismallia kromosomissa. Nämä geenien yhteislokalisaation mallit osoittavat eri lajien välisiä suhteita ja niiden evoluutiota. Synteenia voi kuitenkin häiriintyä johtuen kromosomaalisista uudelleenjärjestelyistä, kuten translokaatioista, inversiosta ja kromosomien fuusiosta, jne. päällekkäisyyksistä, katoamisesta ja epätasaisesta homologisesta rekombinaatiosta.
Kuva 01: Synteny
Uskotaan, että kaikki linkitetyt geenit ovat synteenisiä. Kaikki synteettiset geenit eivät kuitenkaan välttämättä liity toisiinsa. Heillä on yhteiset kromosomisekvenssit. Ihmisillä on monia synteenisiä geenejä muiden nisäkkäiden kanssa. Lisäksi monilla viljoilla on synteettisiä geenejä.
Mitä kollineaarisuus on?
Kollineaarisuus on spesifisempi synteenian muoto, jossa geenijoukko sijaitsee eri lajien samassa kromosomissa samassa järjestyksessä kuin esi-isissä. Siksi, jos kollineaarisuudesta poikkeaa, se on luotettavampi fylogeneettinen luonne, koska kollineaarisuus selittää geenien yhteisen syntyperän.
Kuva 02: Kollineaarisuus
Monisuuntainen kollineaarisuusanalyysi tarjoaa paljon luotettavampaa tietoa sukulaislajeista ja niiden fysiologiasta.
Mitä yhtäläisyyksiä syntenian ja kollineaarisuuden välillä on?
- Sekä synteeniassa että kollineaarisuudessa joukko lokuksia kahdessa eri lajissa sijaitsee samassa kromosomissa.
- Nämä termit kuvaavat samassa kromosomissa olevien geneettisten lokusten fyysistä lokalisaatiota.
- Kolineaarisuus on tarkempi synteenian muoto.
- Joskus molempia termejä käytetään vaihtokelpoisina genomiikassa.
- Jos kahdella alueella on kollineaarisuutta, ne ovat ilmeisen synteenisiä.
- Ne ovat hyödyllisiä pääteltäessä fysiologiaa.
Mitä eroa on synteenalla ja kollineaarisella?
Syntenia ja kollineaarisuus ovat kaksi termiä, joita käytetään vaihtokelpoisesti genomiikassa. Syntenia tarkoittaa geenijoukon fyysistä samanaikaista paikantamista samassa kromosomissa eri lajeissa. Kollineaarisuus on synteenian muoto, jossa geenit ovat samassa järjestyksessä eri lajien kesken. Siksi tämä on avainero syntenian ja kollineaarisuuden välillä.
Yhteenveto – Synteny vs Collinearity
Termit synteenia ja kollineaarisuus viittaavat joukkoon geenejä, jotka sijaitsevat samassa kromosomissa eri lajeissa. Itse asiassa nämä geenit sijaitsevat samassa kromosomissa eri lajeissa. Syntenia kuvaa sarjageenien fyysistä yhteislokalisaatiota samassa kromosomissa eri lajeissa, kun taas kollineaarisuus on spesifisempi synteenian muoto, jossa geenisarja on lokalisoitunut samassa järjestyksessä. Näin ollen tämä tiivistää eron syntenian ja kollineaarisuuden välillä.
