Avainero jatkumon ja telineen välillä on se, että jatkeessa ei ole rakoja, kun taas teline koostuu jatkeista ja rakoista.
Monisoluisten organismien genomin sekvensointi on erittäin vaikeaa verrattuna yksisoluisten organismien sekvensointiin. Koko genomin haulikon sekvensointi on helppo ja nopea genomin sekvensointitekniikka monisoluisille genomeille. Se on menetelmä, joka sekvensoi useita päällekkäisiä DNA-fragmentteja rinnakkain. Tässä menetelmässä pienet fragmentit kootaan isommiksi fragmenteiksi ja sitten suuremmiksi jatkumoiksi tietokoneen avulla. Sitten jatkeet kootaan rakennustelineiksi ja lopuksi kromosomiin. Siksi contig on jatkuva nukleotidisekvenssien jakso, kun taas tukirakenne on genomin osa, joka koostuu jatkumoista ja aukoista. Sekä jatkumo että tukirakenne ovat rekonstruoituja genomisekvenssejä.
Mikä on Contig?
Contig on genominen sekvenssi. Se on jatkuva jakso sekvenssejä, jotka koostuvat A-, C-, G- ja T-emäksistä. Se muodostetaan yhdistämällä useita pieniä päällekkäisiä DNA-bittejä pidemmäksi sekvenssiksi. Yksinkertaisesti sanottuna contig on yhdistelmä sekvenssifragmentteja. Jatkuvien luomiseen kuuluu päällekkäisten sekvenssifragmenttien tunnistaminen paikallisten merkkijonojen sovitus- ja kohdistusmenetelmien perusteella, jotka tunnistavat sekvenssien päällekkäiset päät.
Jatkossa ei ole aukkoja. Se on osa rakennustelinettä. Jatkokappaleet ketjutetaan yhteen telinettä luotaessa. Se vaatii lisätietoa jatkuvien osien suhteellisesta sijainnista ja suunnasta genomissa. Raot erottavat jatkeet telineessä. Pohjimmiltaan contig-kokoonpano on tärkeä vaihe koko genomin haulikkosekvensoinnissa. Jatkut kootaan lopulta täydelliseksi genomisekvenssiksi. Jatkuvien kokoonpano edellyttää tyypillisesti algoritmien ymmärtämistä merkkijonojen sovituksessa ja sekvenssien kohdistamisessa.
Mikä on rakennusteline?
Scaffold on rekonstruoitu genomisekvenssi loppusekvensoiduista koko genomin haulikkoklooneista. Rakenteellisesti teline koostuu jatkeista ja rakoista. Siksi telineitä luodaan ketjuttamalla jatkeet yhteen ja erottamalla ne rakoilla. Telineen luominen tarvitsee tietoa jatkuvien paikkojen suhteellisesta sijainnista ja suunnasta genomissa. Koko genomin haulikkokokoonpanon tavoitteena on edustaa jokainen genominen sekvenssi yhdessä telineessä. Mutta se ei ole aivan mahdollista. Näin ollen yhtä kromosomia voivat edustaa useat rakennustelineet. Joskus telineet voivat mennä päällekkäin. Lisäksi jotkin telineet voidaan suodattaa pois kokoonpanon aikana.
Kuva 02: Yleiskatsaus koko genomin haulikkokokoonpanoon
Telineraon pituus ei osoita sen todellista pituutta. Yleensä välit asetetaan mieliv altaisesti tiettyihin kiinteisiin pituuksiin. Näin ollen nämä aukot ja epävarmuudet niiden pituudessa aiheuttavat ongelmia ymmärtää genomien toiminnallisten elementtien todellisia spatiaalisia suhteita ja puuttuvan tiedon todellista laajuutta. Joskus aukot edustavat puuttuvaa genomitietoa.
Mitä yhtäläisyyksiä Contigin ja Scaffoldin välillä on?
- Contig ja scaffold ovat genomisia sekvenssejä, jotka koostuvat nukleotidisekvensseistä.
- Telineet koostuvat jatkeista ja rakoista.
Mitä eroa Contigin ja Scaffoldin välillä on?
Jatkuu on jatkuva sekvenssi, joka on koottu sarjasta sekvenssifragmentteja. Sitä vastoin teline on osa genomista sekvenssiä, joka on rekonstruoitu ketjuttamalla jatkumot yhteen. Joten, tämä on avainero jatkuvuuden ja telineen välillä. Lisäksi jatkeissa ei ole rakoja, kun taas telineessä olevat jatkeet on erotettu toisistaan.
Alla infografiikka taulukoi lisää eroja jatkeen ja telineen välillä.
Yhteenveto – Contig vs Scaffold
Sekä contig että scaffold ovat rekonstruoituja nukleotidisekvenssejä koko genomin sekvensointiprojekteissa. Contig on jatkuva genominen sekvenssi, joka sisältää A-, C-, G- ja T-emäkset ilman aukkoja. Teline on genominen sekvenssi, joka koostuu jatkuvista ja aukoista. Näin ollen lyhyimmät kokoonpanokomponentit ovat jatkuvia, kun taas telineet ovat jatkumoryhmiä. Lopuksi telineet kootaan kromosomeiksi koko genomin sekvensoinnissa. Näin ollen tämä tiivistää eron jatkumon ja telineen välillä.
