Avainero aiheen ja toimialueen välillä on se, että aihe ei ole itsenäisesti vakaa, kun taas toimialue on itsenäisesti vakaa.
Proteiinit ovat tärkeitä elimistössämme olevia biologisia makromolekyylejä. Toisa alta geenin geneettinen koodi päättää proteiinin aminohapposekvenssin. Lisäksi proteiineilla on primaarinen, sekundaarinen ja tertiäärinen rakenne. Ensisijainen rakenne on polypeptidiketjun aminohapposekvenssi. Kun polypeptidiketjut laskostuvat keskenään, se muodostaa proteiinin sekundaarirakenteen. Alfaheliksit, beetalevyt ja supersekundaariset rakenteet kuuluvat sekundäärirakenteisiin. Tietyt supersekundaaristen elementtien ryhmittymät tunnetaan proteiinimotiiveina. Proteiinin tertiäärinen rakenne viittaa sen kolmiulotteiseen rakenteeseen, joka päättää proteiinin toiminnan. Domain on proteiinimolekyylin taitettu osa, joka on pallomainen ja jolla on erillinen toiminta. Se on proteiinin toiminnallinen ja kolmiulotteinen perusrakenne.
Mikä on aihe?
Motiivi on tietty ryhmä proteiinien supersekundaarisia elementtejä, kuten alfaheliksit ja beeta-rakenteet. Ne ovat jonkinlaisia malleja, joita esiintyy eri proteiineissa. Motiivit kuvaavat toissijaisten rakenne-elementtien taittokuvioita ja niiden vuorovaikutusta. Nämä taittokuviot stabiloituvat samanlaisilla sidoksilla, joita esiintyy tertiaarisissa rakenteissa. Ne eivät kuitenkaan ole yhtä monimutkaisia kuin tertiääriset rakenteet.
Kuva 01: Motiivi
Ne ovat yksinkertaisia proteiinien sekundaaristen rakenteiden yhdistelmiä. Motiivi ei ole itsestään vakaa. Lisäksi motiivit selittävät proteiinin rakenteen, mutta eivät ennusta proteiinin toimintaa. Esimerkkejä proteiiniaiheista ovat beeta-alfa-beta-aihe, kreikkalainen avainmotiivi, beetatynnyri, beeta-meander-motiivi jne.
Mikä on verkkotunnus?
Domain on proteiinin perus-, toiminnallinen ja kolmiulotteinen yksikkö. Se suorittaa tietyn toiminnon. Yhdellä proteiinilla voi olla useita erillisiä domeeneja. Jokainen verkkotunnus on itsenäinen yksikkö. Se on pallomainen rakenne. Se on vastuussa tietystä toiminnosta tai vuorovaikutuksesta. Domaineja voidaan käyttää olettamaan karakterisoimattoman proteiinin toimintaa. Proteiinia analysoitaessa on tärkeää ottaa huomioon, koska domeenit ovat proteiinin toiminnallisia yksiköitä.
Kuva 02: Pyruvaattikinaasin kolme erilaista verkkotunnusta
Domainit ovat erittäin vakaita ja kompakteja rakenteita. Ne voidaan helposti erottaa muista alueista. Pyruvaattikinaasilla on kolme erotettavaa domeenia, kuten kuvassa 02 esitetään. Domeenin pituus voi vaihdella, ja keskimääräinen pituus on 100 aminohappoa. Jokainen domeeni sisältää hydrofobisen ytimen, joka on rakennettu toissijaisista rakenneyksiköistä. Useat domeenit muodostavat yhdessä proteiinin tertiaarisen rakenteen.
Mitä yhtäläisyyksiä aiheen ja verkkotunnuksen välillä on?
- Motiivi ja domeeni ovat itse proteiinimolekyyleissä olevia yksiköitä.
- Ne ovat hyödyllisiä proteiiniperheiden luokittelussa.
Mitä eroa aiheen ja verkkotunnuksen välillä on?
Motiivi on tietty ryhmä proteiinien supersekundaarisia elementtejä, kuten alfaheliksit ja beeta-rakenteet, kun taas domeeni on proteiinin toiminnallinen yksikkö. Lisäksi motiivi on toissijainen rakenne, kun taas domeeni on vastuussa proteiinin tertiaarisesta rakenteesta. Lisäksi domain on itsenäinen yksikkö, toisin kuin motiivi. Myös domeeni kuvaa proteiinin toimintaa, kun taas motiivi ei sitä ole. Nämä ovat tärkeimmät erot aiheen ja verkkotunnuksen välillä. Alla oleva infografiikka esittää aiheen ja verkkotunnuksen erot taulukkomuodossa.
Yhteenveto – aihe vs verkkotunnus
Motiivi on proteiinimolekyylin toissijaisten rakenteiden järjestely. Se ei yleensä ole vakaa itsestään, toisin kuin verkkotunnus. Domeeni on itsenäisesti stabiili proteiinin rakenne. Siksi se voi olla osa tai koko proteiinimolekyyli. Se on proteiinin kolmiulotteinen toiminnallinen perusyksikkö. Lisäksi sillä on toiminto, ja se on itsenäinen yksikkö. Motiivi voi olla osa aluetta. Mutta verkkotunnus ei voi olla osa motiivia. Tämä on aiheen ja verkkotunnuksen ero.
