Avainero EcoRI- ja HindIII-restriktioentsyymien välillä on, että EcoRI on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty E. colista, kun taas HindIII on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty Haemophilus influenzasta.
Restriktioentsyymi tai restriktioendonukleaasi on entsyymi, joka pilkkoo DNA:n fragmenteiksi DNA-molekyylin spesifisistä tunnistuskohdista (restriktiokohdista). Näitä restriktioentsyymejä löytyy bakteereista ja arkeista. Ne tarjoavat suojamekanismin tunkeutuvia viruksia vastaan. Restriktioentsyymit luokitellaan yleensä viiteen eri tyyppiin: tyyppi I, tyyppi II, tyyppi III, IV ja tyyppi V. EcoRI ja HindIII ovat kaksi restriktioentsyymiä, jotka kuuluvat tyypin II restriktioentsyymien ryhmään.
Mitä EcoRI-rajoitusentsyymit ovat?
EcoRI on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty E. coli -lajeista. Se on restriktioentsyymi, joka pilkkoo DNA:n kaksoiskierteitä fragmenteiksi tietyistä kohdista. EcoRI on myös osa restriktio-modifikaatiojärjestelmää. EcoRI oli ensimmäinen entsyymi, joka alun perin eristettiin E. coli -lajin RY13-kannasta. Sitä käytetään restriktioentsyyminä molekyylibiologiassa. EcoRI luo 4 nukleotidin tahmeaa päätä, joissa on 5' AATT:n päät. EcoRI katkaisee DNA:n spesifisessä tunnistussekvenssissä G↓AATTC. Sillä on CTTAA↓G:n palindrominen komplementaarinen sekvenssi. Lisäksi tämä restriktioentsyymi kuuluu tyypin II P (palindrominen spesifisyys) alaluokkaan. EcoRI sisältää primäärirakenteessaan PD. D/EXK-motiivin aktiivisessa kohdassa, kuten monet muut restriktioentsyymit.
Kuva 01: EcoRI
EcoRI-restriktioentsyymi on 31 kDa:n homodimeeri. Se sisältää yhden α/β-arkkitehtuurin globulaarisen domeenin. Jokainen alayksikkö sisältää silmukan, joka työntyy ulos pallomaisesta domeenista ja kietoutuu DNA:n ympärille, kun se on sitoutunut. Tämä entsyymi voidaan kokiteyttää sekvenssin kanssa, jonka se normaalisti katkaisee. Lisäksi EcoRI-restriktioentsyymiä käytetään monissa erilaisissa molekyyligeneettisissä tekniikoissa, mukaan lukien kloonauksessa, DNA-seulonnassa ja DNA:n in vitro -olosuhteiden deleetioosissa.
Mitä ovat HindIII-rajoitusentsyymit?
HindIII on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty Haemophilus influenza -lajeista. Se pilkkoo DNA:n palindromisekvenssin AACCTT kofaktorin Mg2+ läsnä ollessa hydrolyysin kautta. Tämän tietyn sekvenssin katkaisu AA'S:n (5'A↓ACCTT3' ja 3'TTCGA↓A5') välillä johtaa 5':n ulokkeisiin DNA-molekyylissä, joita kutsutaan tahmeiksi päiksi. Tätä entsyymiä löytyy prokaryoottisista organismeista, kuten bakteereista. Bakteerit käyttävät tätä entsyymiä puolustusmekanismina viruksia, kuten bakteriofageja, vastaan.
Kuva 02: HindIII
Rakenteellisesti HindIII on homodimeeri. Se sisältää yhteisen rakenteellisen ytimen, joka koostuu neljästä β-levystä ja yhdestä α-kierteestä, kuten muun tyyppiset II-restriktioentsyymit. Tämän entsyymin molekyylimassa on 34,9 kDa. Lisäksi HindIII on erittäin hyödyllinen nykyaikaisissa molekyylibiologisissa tieteellisissä kokeissa, kuten DNA-sekvensoinnissa ja kartoituksessa.
Mitä yhtäläisyyksiä EcoRI:n ja HindIII-restriktioentsyymien välillä on?
- EcoRI ja HindIII ovat kaksi restriktioentsyymiä, jotka kuuluvat tyypin II restriktioentsyymiryhmään.
- EcoRI ja HindIII löydettiin 1970-luvun alussa.
- EcoRI ja HindIII sisältävät molemmat aminohapposekvenssimotiivin PD.. D/EXK.
- Molemmat restriktioentsyymit suorittavat erittäin spesifisen DNA:n pilkkomisen.
- Nämä restriktioentsyymit tarvitsevat Mg2+:a kofaktorina spesifiseen toimintaansa.
- Ne tuottavat tahmeita päitä DNA:n leikkaamisen jälkeen.
- Ne ovat erittäin hyödyllisiä komponentteja nykyaikaisessa molekyylibiologisessa tutkimuksessa.
Mitä eroa on EcoRI- ja HindIII-restriktioentsyymeillä?
EcoRI on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty E. coli -lajeista, kun taas HindIII on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty Haemophilus influenza -lajeista. Siten tämä on avainero EcoRI:n ja HindIII:n välillä. Lisäksi EcoRI leikkaa DNA:n spesifisessä tunnistussekvenssissä G↓AATTC, kun taas HindIII leikkaa DNA:n spesifisessä tunnistussekvenssissä A↓ACCTT.
Alla oleva infografiikka esittelee EcoRI:n ja HindIII:n väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – EcoRI vs HindIII Restriction Enzymes
EcoRI ja HindIII ovat kaksi restriktioentsyymiä, jotka kuuluvat tyypin II p alaluokkaan. Ne suorittavat erittäin spesifisen DNA:n pilkkomisen. EcoRI on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty E. coli -lajeista, kun taas HindIII on tyypin II restriktioentsyymi, joka on eristetty Haemophilus influenza -lajeista. Joten tämä tiivistää eron EcoRI:n ja HindIII:n välillä.
