Avainero alukkeen ja promoottorin välillä on se, että aluke on kaupallisesti syntetisoitu lyhyt DNA-sekvenssi, jota käytetään PCR:ssä kohde-DNA-sekvenssin monistamiseen, kun taas promoottori on spesifinen DNA-sekvenssi, joka tarjoaa turvallisen alkuperäisen sitoutumiskohdan RNA:lle polymeraasi ja transkriptiotekijät transkription käynnistämiseksi.
Aluke ja promoottori ovat kahden tyyppisiä DNA-sekvenssejä. Aluke on pieni DNA-fragmentti, jota tarvitaan polymeraasiketjureaktioon (PCR). Sillä on lyhyet nukleotidisekvenssit, jotka ovat komplementaarisia DNA-juosteen viereisen pään kanssa. Alukkeita on kahdenlaisia, ja ne toimivat lähtökohtina uusien DNA-säikeiden synteesille. Sitä vastoin promoottori on spesifinen DNA-sekvenssi, joka sijaitsee ylävirtaan geenin transkription aloituskohdasta. Se on suoraan vuorovaikutuksessa transkriptiomekanismin komponenttien, kuten RNA-polymeraasin ja transkriptiotekijöiden kanssa DNA-transkription säätelemiseksi. Siksi RNA-polymeraasi ja muut transkriptiotekijät sitoutuvat promoottorisekvenssiin ja käynnistävät transkription.
Mikä on pohjamaali?
Alukkeet ovat lyhyitä DNA-sekvenssejä, jotka on suunniteltu kohde-DNA-sekvenssien monistamiseen. Rakenteellisesti niillä on lyhyet nukleotidisekvenssit, jotka ovat komplementaarisia DNA:n kaksoisjuosteiden viereisille päille. Ne ovat yleensä noin 20 nukleotidia pitkiä. PCR:n aikana Taq-polymeraasi katalysoi nukleotidien lisäämistä olemassa olevaan nukleotidisekvenssiin. Tästä syystä alukkeet toimivat lähtökohtina uusien säikeiden synteesille. Taq-polymeraasi toimii vain 5'-3' suunnassa. Siksi DNA-synteesi tapahtuu myös samassa 5'-3' suunnassa. Koska DNA on kaksijuosteinen, PCR:ssä tarvitaan kahden tyyppisiä alukkeita. Ne tunnetaan etu- ja käänteisalukkeina, jotka perustuvat alukkeen pidentymissuuntaan DNA-synteesin aikana.
Kuva 01: Pohjusteet
Eteenpäin suuntautuva aluke pariutuu antisense-DNA-juosteen kanssa ja käynnistää geenin + juosteen synteesin 5'-3'-suunnassa. Sillä on lyhyt nukleotidisekvenssi, joka on komplementaarinen antisense-juosteen 3'-reunustavan pään kanssa. Käänteinen aluke pariutuu sense-juosteen kanssa ja käynnistää koodaavan juosteen komplementaarisen juosteen synteesin, joka on - geenin juoste 5'-3'-suunnassa. Siten käänteinen aluke on suunniteltu täydentämään koodaavan juosteen 3'-päätä. Sekä käänteiset että eteenpäin alukkeet ovat tärkeitä miljoonien tai miljardien kopioiden tuottamiseksi tietyistä kohdistetuista tai kiinnostuneista DNA-alueista.
Mikä on promoottori?
Promoottori on DNA-sekvenssi, joka sijaitsee ylävirtaan tai 5'-päässä geenin transkription aloituskohdasta. Se tarjoaa sitoutumiskohdan RNA-polymeraasille ja tietyille säätelyelementeille geenin transkription käynnistämiseksi. Se on säätelysekvenssi, jota tarvitaan geenin kytkemiseen päälle tai pois päältä. Promoottorissa on spesifinen nukleotidisekvenssi. Siinä voi olla 100-1000 emäsparia. Promoottori näyttää transkription suunnan. Lisäksi se osoittaa aistijuosteen, joka tulisi transkriboida.
Kuva 02: Geenin edistäjä
Promoottorielementtejä on kolmen tyyppisiä: ydinpromoottori, proksimaalinen promoottori ja distaalinen promoottori. Ydinpromoottori on promoottorin pienin osa, joka tarvitaan transkription aloittamiseen. Se sijaitsee lähimpänä aloituskodonia. TATA-laatikko on konservoitunut alue, joka löytyy monista eukaryoottiydinpromoottoreista. Se löytyy 25 - 35 emäsparia ylävirtaan transkription aloituskohdasta. Proksimaalinen promoottori löytyy enemmän ylävirtaan ydinpromoottorista. Yleensä se sijaitsee 250 emäsparia ylävirtaan aloituskodonista ja sisältää primaarisia säätelyelementtejä. Distaalinen promoottori löytyy ylävirtaan proksimaalisesta promoottorista, ja se sisältää lisäsäätelyelementtejä. Bakteeripromoottorien promoottorissa on kaksi lyhyttä sekvenssielementtiä. TATAAT on konsensussekvenssi, joka sijaitsee -10 bakteeripromoottorissa, kun taas TTGACA on konsensussekvenssi -35:ssä. Ne tunnetaan nimellä -10 elementti ja -35 elementti.
Mitä yhtäläisyyksiä Primerin ja Promoterin välillä on?
- Aluke ja promoottori ovat kahdenlaisia DNA-sekvenssejä.
- Ne koostuvat nukleotidisekvensseistä.
- Sekä aluke että promoottori ovat tärkeitä geenin ilmentymiselle.
Mitä eroa Primerilla ja Promoterilla on?
Aluke on lyhyt nukleotidisekvenssi, joka on suunniteltu kohde-DNA:n monistamiseen. Sitä vastoin promoottori on spesifinen säätelevä DNA-sekvenssi, joka löytyy ylävirtaan geenin transkription aloituskohdasta. Joten tämä on avainero alukkeen ja promoottorin välillä. Alukkeet ovat noin 20 emäsparin pituisia, kun taas promoottorissa voi olla 100 - 1000 emäsparia. Toiminnallisesti alukkeita käytetään uuden juosteen synteesin aloitussekvensseinä, kun taas promoottorit säätelevät geenin transkriptiota tarjoamalla sitoutumiskohtia RNA-polymeraasille ja muille transkriptiotekijöille.
Lisäksi promoottori määritellään transkription suunnaksi ja osoittaa geenin sense-juosteen. Rakenteellisesti aluke on lyhyt, yksijuosteinen DNA-sekvenssi, kun taas promoottori on pitkä kaksijuosteinen DNA-sekvenssi.
Alla olevassa infografiikassa on enemmän vertailuja, jotka liittyvät alukkeen ja promoottorin eroihin.
Yhteenveto – Primer vs Promoter
Alukkeet ovat lyhyitä nukleotidisekvenssejä, jotka ovat komplementaarisia kohde-DNA:n kaksoisjuosteen viereisille päille. PCR:ssä käytetään kahden tyyppisiä alukkeita. Ne toimivat aloitussekvensseinä uusien säikeiden synteesille. Alukkeet on suunniteltu kaupallisesti, ja ne ovat lämpötilastabiileja sekvenssejä. Toisa alta promoottori on geenin säätelysekvenssi, joka sijaitsee ylävirtaan transkription aloituskohdasta. Promoottorit säätelevät geenien transkriptiota. Ne tarjoavat sitoutumiskohtia RNA-polymeraasille ja transkriptiotekijöille transkription aloittamiseksi. Näin ollen tämä on yhteenveto alukkeen ja promoottorin välisestä erosta.
