Key Difference – Nick Translation vs Primer Extension
Nick translaatio ja alukkeen pidennys ovat kaksi tärkeää tekniikkaa, jotka suoritetaan molekyylibiologiassa. avainero nick-translation ja alukkeen pidentämisen välillä on se, että nick-translaatioprosessi tuottaa leimattuja koettimia muita hybridisaatiotekniikoita varten, kun taas alukkeen pidennysmenetelmä tunnistaa spesifisen RNA-sekvenssin seoksesta ja paljastaa tietoa mRNA:n ilmentymisestä. Molemmat tekniikat ovat erittäin tärkeitä, ja niitä suoritetaan rutiininomaisesti molekyylitutkimuslaboratorioissa.
Mikä on Nick Translation?
Nick-translaatio on tärkeä tekniikka, jota käytetään leimattujen koettimien valmistukseen erilaisiin molekyylibiologisiin tekniikoihin, kuten blottaukseen, in situ -hybridisaatioon, fluoresoivaan in situ -hybridisaatioon jne. Se on DNA-leimausmenetelmä in vitro. DNA-koettimia käytetään spesifisten DNA- tai RNA-sekvenssien tunnistamiseen. Leimatun koettimen avulla spesifiset fragmentit voidaan merkitä tai visualisoida monimutkaisesta nukleiinihapposeoksesta. Siksi leimattuja koettimia valmistetaan käyttämällä erilaisia tekniikoita käytettäväksi eri tekniikoissa. Nickin translaatio on yksi tällainen menetelmä, joka tuottaa leimattuja koettimia DNaasi 1- ja DNA-polymeraasi 1 -entsyymien avulla.
Nimen translaatioprosessi alkaa DNaasi 1 -entsyymiaktiivisuudesta. DNaasi 1 lisää särmiä kaksijuosteisen DNA:n fosfaattirunkoon katkaisemalla fosfodiesterisidoksia nukleotidien välillä. Kun nick on luotu, nukleotidista vapautuu vapaa 3' OH-ryhmä ja DNA-polymeraasi 1 -entsyymi vaikuttaa siihen. DNA-polymeraasi 1:n 5'-3' eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit lovesta kohti DNA-juosteen 3'-suuntaa. Samanaikaisesti DNA-polymeraasi 1 -entsyymin polymeraasiaktiivisuus toimii ja lisää nukleotideja korvatakseen poistetut nukleotidit. Jos nukleotidit on leimattu, korvaaminen tapahtuu leimatuilla nukleotideilla ja se merkitsee DNA:n tunnistamista varten. Tätä hiljattain syntetisoitua leimattua DNA:ta voidaan käyttää koettimina erilaisissa hybridisaatioreaktioissa molekyylibiologiassa.
Kuva 01: Nickin käännösprosessi
Mikä on Primer Extension?
Alukepidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA-sekvenssin löytämiseen RNA-seoksesta ja mRNA-transkriptin 5'-pään paikallistamiseksi. Sitä käytetään myös RNA:n rakenteen ja ilmentymisen tutkimiseen. Alukkeen pidennysmenetelmä suoritetaan leimatuilla alukkeilla tai leimatuilla nukleotideilla. Jos käytetään leimattuja alukkeita, se sulkee pois tarpeen leimata nukleotidit, joita käytetään cDNA:n synteesiin. Tässä tekniikassa on useita vaiheita. Se alkaa RNA:n uuttamisella näytteestä. Sitten seokseen lisätään leimattu oligonukleotidialuke yhdessä tarvittavien aineosien kanssa spesifisen RNA-sekvenssin cDNA:n syntetisoimiseksi. Aluke pariutuu seoksen komplementaarisella sekvenssillä. Käänteistranskriptaasientsyymi syntetisoi RNA-sekvenssin komplementaarisen DNA:n (cDNA) käyttämällä templaattina alukkeen pariutettua sekvenssiä. Alukkeen pariutuminen ja käänteistranskriptio tapahtuvat vain, kun spesifinen RNA-sekvenssi on läsnä näytteessä. Lopuksi, kun denaturoiva geelielektroforeesi suoritetaan, RNA-sekvenssin koko voidaan määrittää. On myös helppo löytää mRNA-sekvenssin +1-emäs (transkription aloituskohta) alukkeen pidennysmenetelmällä. Näytteessä olevan mRNA:n määrä voidaan määrittää tällä menetelmällä, jos käytetään ylimäärää aluketta.
Kuva 02: Pohjustusjatke
Mitä eroa on Nick Translationin ja Primer Extensionin välillä?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick-käännös on prosessi, joka luo leimattuja DNA-koettimia erilaisiin hybridisaatioreaktioihin. | Alukepidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA:n löytämiseen tai geenin ilmentymisen tutkimiseen. |
| Käytetyt entsyymit | |
| DNaasi 1- ja DNA-polymeraasientsyymejä käytetään. | Käänteiskopioijaentsyymiä käytetään. |
| Tärkeyttä | |
| Nick-käännös helpottaa tietyn DNA-sekvenssin merkitsemistä. | Alukelaajennus mahdollistaa spesifisen mRNA-sekvenssin koon ja näytteessä olevan määrän havaitsemisen. |
Yhteenveto – Nick Translation vs Primer Extension
Nick-translaatio on menetelmä, jota käytetään leimattujen koettimien syntetisoimiseen, joka perustuu DNaasi 1:n ja E colin DNA-polymeraasi 1 -entsyymien aktiivisuuteen. Se on in vitro -menetelmä, jota käytettiin laboratorioissa ennen erilaisia hybridisaatiotekniikoita. Nikon translaation aikana DNA-polymeraasi 1:n 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit ennen nick-kohtaa ja DNA-polymeraasi 1:n polymeraasiaktiivisuus korvaa poistetut nukleotidit leimatuilla nukleotideilla nick-kohdan takana. Alukkeen pidennys on menetelmä, jota käytetään spesifisen RNA-transkriptin havaitsemiseen seoksesta ja kiinnostavan RNA:n koon ja määrän määrittämiseen. Tämä on ero nimimerkin käännöksen ja alukkeen laajennuksen välillä.
