Avainero dNTP:n ja ddNTP:n välillä on, että dNTP tai deoksiribonukleotidit ovat DNA:n rakennuspalikoita ja niillä on 3'-OH-ryhmä pentoosisokerin rakenteessa, kun taas ddNTP tai dideoksinukleosiditrifosfaatit ovat nukleotideja, joista puuttuu 3'-OH-ryhmä. käytetään Sangerin dideoksi-DNA-sekvensointitekniikassa eripituisten DNA-sekvenssien tuottamiseen.
dNTP ja ddNTP ovat nukleotideja. dNTP viittaa deoksiriboosinukleotideihin. Ne ovat DNA:n rakennuspalikoita. dNTP:itä käytetään DNA:n syntetisoimiseen. dNTP puolestaan viittaa dideoksinukleosiditrifosfaatteihin. Niitä käytetään Sanger-sekvensoinnissa DNA-synteesin lopettamiseksi eri pituuksilla. Heiltä puuttuu OH-ryhmä 3'-asemassa. Vety on läsnä asemassa 3ʹ OH-ryhmän sijasta. Siksi ddNTP:t eivät pysty muodostamaan fosfodiesterisidosta seuraavan nukleotidin kanssa. dNTP pystyy suorittamaan DNA:n synteesin, kun taas ddNTP pystyy lopettamaan DNA:n polymeroinnin.
Mikä on dNTP?
dNTP tarkoittaa deoksiriboosinukleotidiä tai deoksiribonukleotidiä. Se on DNA:n rakennuspalikka. dNTP:itä on neljää tyyppiä. Ne ovat dATP, dTTP, dCTP ja dGTP. Ne on nimetty puriinin tai pyrimidiinin typpipitoisten emästen mukaan: adeniini (A), guaniini (G), tymiini (T) ja sytosiini (C).
Kuva 01: dNTP
Adeniini ja guaniini ovat puriiniemäksiä, kun taas tymiini ja sytosiini ovat pyrimidiiniemäksiä. DNTP:n pentoosisokeri on deoksiriboosi. Siellä on myös fosfaattiryhmä. Siksi dNTP koostuu kolmesta komponentista: typpipitoisesta emäksestä, deoksiriboosisokerista ja fosfaattiryhmästä. Nämä dNTP:t yhdistyvät keskenään fosfodiesterisidoksilla. dNTP:issä on OH-ryhmä kiinnittynyt pentoosisokerin kohtaan 3', jota tarvitaan muodostamaan yhteys seuraavan nukleotidin sokerin 5'-hiileen kiinnittyneen fosfaattiryhmän kanssa. Koska kaikissa dNTP:issä on tämä 3'-OH-ryhmä, ne pystyvät syntetisoimaan ja pidentämään DNA-juosteita. Siksi dNTP toimii DNA:n ja geenien kemiallisen aineen toistuvana perusyksikkönä. DNA:n synteesi etenee aina 5ʹ:stä 3ʹ:iin.
Mikä on DdNTP?
Sanger-sekvensointi on Frederick Sangerin ja hänen korkeakoulunsa vuonna 1977 kehittämä ensimmäisen sukupolven DNA-sekvensointimenetelmä. Se tunnetaan myös nimellä Chain Termination Sequencing tai Dideoxy-sekvensointi, koska tämän menetelmän perusperiaate on ketjun päättäminen dideoksinukleosiditrifosfaatilla. (ddNTP:t). ddNTP:t ovat Sanger-sekvensoinnissa käytettyjä nukleotideja. Sanger-sekvensointi perustuu ddNTP:iden selektiiviseen sisällyttämiseen ja DNA-synteesin lopettamiseen in vitro DNA-replikaation aikana. DdNTP:iden erikoisuus on, että niistä puuttuu 3'-OH-ryhmä pentoosisokerista, jotta se jatkaisi fosfodiesterisidoksen muodostumista viereisen nukleotidin 5':n fosfaattiryhmän välillä. Siten, kun ddNTP on kiinnittynyt jatkuvaan juosteeseen, ketjun venyminen lakkaa ja päättyy tästä kohdasta. ddNTP:t toimivat DNA-polymeraasin ketjua pidentävinä estäjinä Sangerin sekvensointimenetelmän aikana.
Kuva 02: ddNTP
Sanger-sekvensoinnissa käytetään neljää ddNTP:tä: ddATP, ddCTP, ddGTP ja ddTTP. Nämä nukleotidit pysäyttävät DNA:n replikaatioprosessin, kun ne liitetään kasvavaan DNA-juosteeseen. Tämän seurauksena Sanger-sekvensointi tuottaa vaihtelevan pituisen lyhyen DNA:n. Kapillaarigeelielektroforeesia käytetään näiden lyhyiden DNA-juosteiden järjestämiseen niiden koon mukaan geelissä. ddNTP:t on radioaktiivisesti tai fluoresoivasti leimattu eri väreillä DNA-sekvenssin analysoinnin helpottamiseksi. Analysoimalla geeliä voidaan määrittää tuntemattoman DNA-juosteen nukleotidisekvenssi.
Mitä yhtäläisyyksiä dNTP:n ja DdNTP:n välillä on?
- Sekä dNTP:tä että ddNTP:tä käytetään Sanger-sekvensoinnissa.
- DNTP:itä ja ddNTP:itä on neljää tyyppiä.
- Ne koostuvat kolmesta komponentista: typpipitoisesta emäksestä, deoksiriboosisokerista ja fosfaattiryhmistä.
Mitä eroa dNTP:llä ja DdNTP:llä on?
dNTP on yksi neljästä deoksiribonukleotidityypistä, jotka ovat DNA:n rakennuspalikoita. ddNTP on yksi neljästä Sangerin sekvensointitekniikassa käytetystä dideoksiribonukleosiditrifosfaattityypistä. dNTP:ssä on 3'-OH-ryhmä pentoosisokerissa, kun taas ddNTP:stä puuttuu 3'-OH-ryhmä pentoosisokerissa. Siten tämä on avainero dNTP:n ja ddNTP:n välillä. Lisäksi dNTP:t suorittavat DNA-polymeroinnin, kun taas ddNTP:t lopettavat DNA-polymeroinnin. Tästä syystä tämä on toinen suuri ero dNTP:n ja ddNTP:n välillä.
Alla oleva infografiikka luettelee dNTP:n ja ddNTP:n väliset erot taulukkomuodossa.
Yhteenveto – dNTP vs DdNTP
Normaalit dNTP:t ovat DNA:n rakennuspalikoita, kun taas ddNTP:t ovat Sangerin sekvensointitekniikassa käytettyjä nukleotideja. dNTP:ssä on 3'-OH, kun taas ddNTP:stä puuttuu 3'-OH. Siten tämä on avainero dNTP:n ja ddNTP:n välillä. Lisäksi dNTP voi syntetisoida DNA-juosteen, kun taas ddNTP voi lopettaa DNA-polymeroinnin. Siksi ddNTP:itä käytetään Sanger-sekvensoinnissa eri pituisten erilaisten DNA-juosteiden tuottamiseksi. Sanger-sekvensoinnin aikana sekä dNTP että ddNTP ovat mukana.
