Avainero Shine Dalgarnon ja Kozak-sekvenssin välillä on se, että Shine Dalgarno -sekvenssi on ribosomaalinen sitoutumiskohta bakteeri- ja arkeologisessa lähetti-RNA:ssa, kun taas Kozak-sekvenssi on proteiinin translaation aloituskohta useimmissa eukaryootti-RNA:issa.
Shine Dalgarno- ja Kozak-sekvenssit ovat kaksi konsensussekvenssiä, jotka ovat erittäin tärkeitä translaation aloittamiselle. Molekyylibiologiassa translaatio on prosessi, jolla sytoplasman ribosomit syntetisoivat proteiineja transkriptioprosessin jälkeen. Translaatiossa mRNA (lähetti-RNA) dekoodataan ribosomissa spesifisen aminohappoketjun tuottamiseksi ytimen ulkopuolella. Tyypillisesti ribosomi indusoi dekoodausprosessin helpottamalla komplementaaristen tRNA-antikodonisekvenssien sitoutumista mRNA-kodoneihin. Käännös etenee kolmessa vaiheessa: aloitus, pidennys ja lopetus.
Mikä on Shine Dalgarno -sekvenssi?
Shine Dalgarno -sekvenssi on ribosomin sitoutumiskohta bakteerien ja arkeologisessa lähetti-RNA:ssa. Se sijaitsee yleensä noin 8 emästä ylävirtaan aloituskodonista AUG. Tämä RNA-sekvenssi auttaa rekrytoimaan ribosomeja lähetti-RNA:han kohdistamalla ribosomin mRNA-aloituskodonin kanssa. Siten se käynnistää proteiinisynteesin. Kerran värväyksen jälkeen tRNA voi lisätä aminohappoja järjestyksessä mRNA-kodonien sanelemana. Tämä erityinen sekvenssi on yleinen bakteereissa, mutta harvinaisempi arkeissa. Lisäksi sitä on myös kloroplastissa ja mitokondrioiden transkripteissa. Shine Dalgarno -sarjan ehdottivat ensimmäisenä australialaiset tiedemiehet John Shine ja Lynn Dalgarno. Kuuden emäksen konsensussekvenssi on AGGAGG. Esimerkiksi Escherichia colissa sekvenssi on AGGAGGU.
Kuva 01: Shine Dalgarno -sekvenssi
Aloituskohdan (AUG) valinta riippuu ribosomin 30S-alayksikön ja mRNA-templaatin välisestä vuorovaikutuksesta. 30S-alayksikön 16srRNA-komponentin pyrimidiinirikas alue sitoutuu puriinipitoiseen alueeseen, joka tunnetaan Shine Dalgarno -sekvenssinä ylävirtaan mRNA:n AUG-aloituskodonista. Lisäksi aloituskompleksin muodostumisen aikana nämä komplementaariset nukleotidisekvenssit pariutuvat muodostaen kaksijuosteisen RNA-rakenteen. Tämä helpottaa mRNA:n sitoutumista ribosomiin siten, että aloituskodoni sijoittuu ribosomin P-kohtaan.
Mikä on Kozak-sekvenssi?
Kozak-sekvenssi on proteiinin translaation aloituskohta useimmissa eukaryootti-mRNA:ssa. Tätä sekvenssiä kutsutaan myös Kozakin konsensussekvenssiksi. Kozak-sekvenssi on optimaalinen sekvenssi translaation aloittamiseksi eukaryooteissa. Tämä sekvenssi on olennainen osa proteiinin säätelyä. Se on myös erittäin tärkeä solujen yleisen terveyden kann alta. Se auttaa korjaamaan proteiinien translaatiota geneettisistä viesteistä välittämällä ribosomien kokoonpanoa ja translaation aloitusta.
Kuva 02: Kozak-sekvenssi
Tämä sekvenssi on nimetty sen löytäneen tiedemiehen Marilyn Kozakin mukaan. Hän löysi sen analysoimalla yksityiskohtaista DNA-genomisekvenssiä. Kozakin sekvenssi on 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. Isot kirjaimet osoittavat säilyneitä emäksiä, kun taas pienet kirjaimet osoittavat yleisiä muuttuvia emäksiä. R tarkoittaa puriinia (adeniinia tai guaniinia), joka on aina tässä paikassa.
Mitä yhtäläisyyksiä Shine Dalgarnon ja Kozak Sequencen välillä on?
- Shine Dalgarno- ja Kozak-sekvenssit ovat kaksi konsensussekvenssiä, jotka ovat erittäin tärkeitä käännöksen aloituksessa.
- Molemmat ovat RNA-sekvenssejä.
- Ribasomin pienempi alayksikkö sitoutuu molempiin sekvensseihin.
- Molemmat sekvenssit välittävät oikeaa ribosomien kokoonpanoa ja translaation alkamista.
- Ne ovat olennainen osa proteiinin säätelyä ja yleistä solujen terveyttä.
Mitä eroa on Shine Dalgarnon ja Kozak Sequencen välillä?
Shine Dalgarno -sekvenssi on ribosomaalinen sitoutumiskohta, joka löytyy bakteerien ja arkeisten lähetti-RNA:sta, kun taas Kozak-sekvenssi on proteiinin translaation aloituskohta, joka löytyy useimmista eukaryoottisista lähetti-RNA:sta. Joten tämä on avainero Shine Dalgarnon ja Kozakin sekvenssin välillä. Lisäksi Shine Dalgarno -sekvenssi on 5'AGGAGGU3', kun taas Kozak-sekvenssi on 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Seuraava infografiikka luettelee Shine Dalgarnon ja Kozakin sekvenssien väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno- ja Kozak-sekvenssit ovat kaksi konsensus-RNA-sekvenssiä, jotka ovat erittäin tärkeitä ribosomien kokoamisen ja translaation aloituksen kann alta. Shine Dalgarno -sekvenssi on ribosomin sitoutumiskohta bakteeri- ja arkeologisessa lähetti-RNA:ssa, kun taas Kozak-sekvenssi on proteiinin translaation aloituskohta useimmissa eukaryoottisissa lähetti-RNA:issa. Siten tämä tiivistää Shine Dalgarnon ja Kozakin sekvenssien välisen eron.
