Avainero helix-loop-helixin ja helix-turn-helixin välillä on, että helix-loop-helix välittää proteiinien dimerisaatiota, kun taas helix-turn-helix säätelee geenin ilmentymistä DNA:n sitoutumisen kautta.
Proteiinimotiivi on lyhyt konservoitunut sekvenssi, joka liittyy DNA:n erillisiin toimintoihin. Se liittyy pääasiassa erityiseen rakenteelliseen kohtaan, jolla on ainutlaatuinen kemiallinen tai biologinen tehtävä. Nämä aiheet sisältävät pieniä alueita kolmiulotteisista aminohapporakenteista, joissa on erilaisia proteiinimolekyylejä. Yleensä yksittäiset aiheet sisältävät vain muutaman elementin. Helix-loop-helix ja helix-turn-helix sisältävät kolme elementtiä. Niiden proteiinirakennemotiivit sisältävät eripituisia silmukoita ja määrittelemättömiä rakenteita.
Mikä on Helix-Loop-Helix?
Helix-loop-helix (HLH) on proteiinin rakennemotiivi, joka määrittelee yhden suurimmista dimeroivien transkriptiotekijöiden perheistä. Nämä transkriptiotekijät sisältävät aminohappotähteitä DNA:n sitoutumismekanismin helpottamiseksi, ja ne ovat dimeerisiä. Proteiinin rakennemotiivi sisältää kaksi α-heliksiä, ja ne on yhdistetty silmukalla. Yksi heliksi näyttää pienemmältä kahdesta kierteestä, ja silmukan joustavuus mahdollistaa dimerisoitumisen pakkaamalla ja taittelemalla toista heliksiä vasten. Suuremm alta näyttävä heliksi sisältää yleensä DNA:ta sitovia alueita. HLH-proteiinit sitoutuvat konsensussekvenssiin, joka tunnetaan nimellä E-box. Konsensussekvenssi on laskettu järjestys, joka sisältää nukleotidi- tai aminohappotähteitä. E-box on joidenkin eukaryoottien DNA:han reagoiva elementti, joka toimii proteiinia sitovana kohdana ja säätelee geenien ilmentymistä.
Kuva 01: Helix-loop-helix-motiivi
HLH-transkriptiotekijät ovat välttämättömiä kehitykselle ja solujen toiminnalle. HLH-proteiinit kuuluvat pääasiassa kuuteen ryhmään, jotka on merkitty kirjaimista A - F. Jokaiseen ryhmään sisältyvät transkriptiotekijät ovat:
Ryhmä A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD ja Neurogenins, ryhmä B: MAX, C-Myc, N-Myc ja TCF4
Ryhmä C: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 ja MOP5
Ryhmä D; EMC
Ryhmä E: HEY1 ja HEY2
Ryhmä F: EBF1
Koska useimmat HLH:n transkriptiotekijät ovat heterodimeerisiä, dimerisaatio usein säätelee niitä.
Mikä on Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) on proteiinin rakennemotiivi, joka pystyy sitomaan DNA:ta. Jokainen monomeeri on järjestetty kahdella a-heliksillä ja siihen liittyy lyhyt aminohappojuoste. Tämä sitoutuu DNA-kierteen uraan. HTH-motiivit säätelevät yleensä geeniekspressiota. HTH:n tunnistaminen ja DNA:han sitoutuminen suoritetaan kahdella a-heliksillä. Toinen heliksi sijaitsee N-päässä, kun taas toinen on C-päässä. Useimmissa skenaarioissa heliksi suorittaa DNA:n tunnistamisen. Siksi se tunnetaan tunnistusheliksinä. Sitoutuminen DNA:n uraan tapahtuu sarjan Van der Waalsin vuorovaikutuksia ja vetysidoksia emästen kanssa. Toinen α-heliksi stabiloi proteiinin ja DNA:n vuorovaikutusta, eikä sillä ole suurta roolia tunnistamisessa. Tunnistuskierteellä ja jäljellä olevalla kierteellä on kuitenkin samanlainen suuntaus.
Kuva 02: TetR-perheen kierre-kierre
HTH luokitellaan heliksien rakenteen ja tilajärjestelyjen mukaan. Päätyypit ovat kaksikierteinen, kolmikierteinen, tetrakierteinen ja siivekäs HTH. Di-helikaalinen tyyppi on yksinkertaisin tyyppi, jossa on kaksi heliksiä ja itsenäinen laskostuva proteiinidomeeni. Trikierteinen tyyppi löytyy transkription aktivaattorista Myb. Tetrakierteisessä tyypissä on ylimääräinen C-terminaalinen heliksi. Lopuksi siivekäs HTH muodostuu 3-kierteisestä nipusta ja 3- tai 4-säikeisestä beetalevystä.
Mitä yhtäläisyyksiä Helix-Loop-Helixin ja Helix-Turn-Helixin välillä on?
- Helix-loop-helix ja helix-turn-helix ovat proteiinin rakenteellisia motiiveja.
- Molemmat sisältävät yhteisen nimittäjän perus- ja erityisissä transkriptiotekijöissä.
- Ne ovat läsnä eukaryooteissa.
Mitä eroa on Helix-Loop-Helixin ja Helix-Turn-Helixin välillä?
Helix-loop-helix välittää proteiinin dimerisaatiota, kun taas helix-turn-helix säätelee geenien ilmentymistä DNA:n sitoutumisen kautta. Siten tämä on avainero helix-loop-helixin ja helix-turn-helixin välillä. Lisäksi HLH sisältää tiettyjä proto-onkogeenejä ja geenejä, jotka osallistuvat erilaistumiseen, jotka koodaavat transkriptiotekijöitä, kun taas HTH sisältää monia homeoottisia geenejä, jotka koodaavat transkriptiotekijöitä. Lisäksi helix-loop-helix koostuu pääasiassa silmukalla yhdistetyistä alfakierteistä, kun taas helix-turn-helix koostuu pääasiassa silmukoista, jotka on liitetty lyhyellä aminohappojalustalla ja muodostavat uran.
Alla oleva infografiikka esittää erot helix-loop-helixin ja helix-turn-helixin välillä taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Proteiinimotiivi on lyhyt konservoitunut sekvenssi, joka liittyy DNA:n erillisiin toimintoihin. Helix-loop-helix ja helix-turn-helix ovat kahden tyyppisiä proteiinin rakenteellisia motiiveja. avainero helix-loop-helixin ja helix-turn-helixin välillä on, että helix-loop-helix välittää proteiinin dimerisaatiota, kun taas helix-turn-helix säätelee geenin ilmentymistä DNA:n sitoutumisen kautta. HLH on proteiinin rakennemotiivi, joka määrittelee yhden suurimmista dimeroivien transkriptiotekijöiden perheistä. Proteiinin rakennemotiivi sisältää kaksi α-heliksiä, ja ne on yhdistetty silmukalla. HTH on proteiinin rakennemotiivi, joka pystyy sitomaan DNA:ta. Kukin monomeeri on järjestetty kahdella a-heliksillä, ja se on liitetty lyhyellä aminohappojuosteella ja sitoutuu DNA-kierteen uraan. Joten tämä tiivistää eron helix-loop-helixin ja helix-turn-helixin välillä.
