Avainero DNA- ja RNA-koettimien välillä on se, että DNA-koettimet ovat DNA-fragmentteja, jotka ovat komplementaarisia kohdenukleotidisekvensseille, kun taas RNA-koettimet ovat yksijuosteisen RNA:n osia, jotka ovat kohdesekvenssien komplementaarisia nukleiinihapposekvenssejä.
Koetin on keinotekoisesti syntetisoitu lyhyt DNA- tai RNA-sekvenssi, joka voidaan leimata radioaktiivisesti tai ei-radioaktiivisilla molekyyleillä. Sen pituus voi olla 100 - 1000 emästä. Koettimet ovat käyttökelpoisia havaitsemaan kohdenukleotidisekvenssit, jotka ovat komplementaarisia koettimen sekvenssille. Kun koettimet on lisätty, ne hybridisoituvat komplementaaristen sekvenssien tai kohdesekvenssien kanssa ja tekevät siitä näkyväksi kohdesekvenssien tunnistamiseksi, koska se sisältää radioaktiivisuutta. Koettimet ovat tärkeitä molekyylityökaluja monilla mikrobi- ja molekyylialoilla, kuten geneettisten sairauksien havaitsemisessa, virologiassa, oikeuslääketieteellisessä patologiassa, isyystestauksessa, DNA-sormenjälkien ottamisessa, RFLP:ssä, molekyylisytogenetiikassa, in situ -hybridisaatiossa jne.
Mitä DNA-koettimet ovat?
DNA-koettimet ovat yksijuosteisia DNA-osia. Niitä voidaan käyttää komplementaaristen nukleiinihapposekvenssien (kohdesekvenssien) läsnäolon havaitsemiseen hybridisaatiolla. Kun DNA-koetin on hybridisoitunut komplementaarisen sekvenssinsä kanssa, se muodostaa kaksijuosteisen hybridin. Niiden havaitsemiseksi DNA-koettimet leimataan yleensä radioisotoopeilla, biotiinilla, epitoopeilla tai fluoroforeilla. Biotiinilla leimatut DNA-koettimet voidaan havaita streptavidiinilla leimatulla alkalisella fosfataasilla useilla entsymaattisilla ja kemiallisilla menetelmillä.
Kuva 01: DNA-koetin
DNA-koettimen nukleotidisekvenssi tunnetaan. Ne ovat lyhyitä sekvenssejä, joiden pituus on 100 - 1000 emäsparia. Pitkiä DNA-koettimia voidaan tuottaa yhdistelmä-DNA-tekniikalla. Ne voidaan myös tuottaa PCR:llä ja kloonauksella. Kliinisissä mikrobiologian laboratorioissa on helposti saatavilla DNA-koettimia tartuntatautien nopeaan diagnosointiin.
Mitä RNA-koettimet ovat?
RNA-koettimet ovat yksijuosteisia RNA-osuuksia. Ne ovat komplementaarisia sekvenssejä näytteen kohdesekvensseille. Ne syntetisoidaan tavallisesti RNA-polymeraasien kanssa bakteriofageista SP6, T7 tai T3 DNA:n in vitro -transkriptiolla. Pitkiä RNA-koettimia voidaan tuottaa in vitro -transkriptiolla linearisoidusta plasmidi-DNA:sta. Yleensä RNA-koettimet sitoutuvat vahvasti ja tiukemmin komplementaarisiin sekvensseihinsä kuin DNA-koettimet. Samoin kuin DNA-koettimet, RNA-koettimet voidaan myös leimata, kun niitä transkriptoidaan.
Mitä yhtäläisyyksiä DNA- ja RNA-koettimien välillä on?
- Sekä DNA- että RNA-koettimet ovat yksijuosteisia nukleotidisekvenssejä.
- Molemmat on suunniteltu ja syntetisoitu keinotekoisesti.
- Lisäksi ne voidaan leimata radioisotoopeilla, epitoopeilla, biotiinilla tai fluoroforeilla.
- Niillä on vahva affiniteetti tiettyä DNA- tai RNA-kohdesekvenssiä kohtaan.
- Niitä käytetään erilaisissa blottaus- ja in situ -hybridisaatiotekniikoissa kohdenukleiinihapposekvenssien havaitsemiseen.
- Molemmat koettimet voidaan hybridisoida komplementaaristen sekvenssiensä kanssa.
- Niitä käytetään myös mikro-organismien tunnistamiseen ja tartuntatautien, perinnöllisten ja muiden sairauksien diagnosointiin.
Mitä eroa on DNA- ja RNA-koettimilla?
DNA-koetin on lyhyt DNA-jakso, joka on komplementaarinen kohdesekvenssin kanssa. Toisa alta RNA-koetin on lyhyt yksijuosteinen RNA-jakso, joka on komplementaarinen kohdesekvenssille. Siten tämä on avainero DNA- ja RNA-koettimien välillä. Lisäksi DNA-koettimet sisältävät A:ta, T:tä, C:tä ja G:tä, kun taas RNA-koettimet sisältävät A:ta, U:ta, C:tä ja G:tä.
Lisäksi lisäero DNA- ja RNA-koettimien välillä on niiden termodynaaminen stabiilisuus. RNA-koettimet osoittavat suurempaa termodynaamista stabiilisuutta DNA-koettimiin verrattuna.
Alla infografiassa on taulukoita tärkeistä eroista DNA- ja RNA-koettimien välillä.
Yhteenveto – DNA vs RNA-koettimet
Koetin on pieni DNA- tai RNA-fragmentti, jota käytetään havaitsemaan tietyn sekvenssin läsnäolo DNA- tai RNA-näytteestä molekyylihybridisaatiolla. DNA-koettimet ovat lyhyitä yksijuosteisia DNA-fragmentteja, kun taas RNA-koettimet ovat lyhyitä yksijuosteisia RNA-sekvenssejä. Ne ovat tunnettuja sekvenssejä. Termodynaaminen stabiilisuus on suurempi RNA-koettimissa kuin DNA-koettimissa. RNA-koettimet sitoutuvat tiukasti komplementaarisiin sekvensseihinsä kuin DNA-koettimet. Siten tämä tiivistää eron DNA- ja RNA-koettimien välillä.
