Avainero samank altaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien rinnastuksessa on se, että samank altaisuus on samank altaisuus (samank altaisuus) kahden sekvenssin välillä vertailussa, kun taas identtisyys on niiden merkkien lukumäärä, jotka täsmäävät kahden eri sekvenssin välillä.
Bioinformatiikka on monitieteinen tieteenala, joka sisältää pääasiassa molekyylibiologiaa ja genetiikkaa, tietojenkäsittelytieteitä, matematiikkaa ja tilastotiedettä. Sekvenssikohdistus on bioinformatiikan tärkeä termi. Se on menettely, jossa DNA-, RNA- tai proteiinisekvenssit järjestetään tunnistamaan samank altaisia alueita, jotka ovat seurausta sekvenssien välisestä toiminnallisesta, rakenteellisesta tai evoluutiosuhteesta. Tasauksen lopussa ne esitetään riveinä matriisin sisällä. Identtisten merkkien kohdistamiseksi peräkkäisissä kolomissa jäännösten väliin on lisätty rakoja.
Mitä samank altaisuus on?
Sekvenssien rinnastuksen samank altaisuus on kahden sekvenssin samank altaisuutta verrattaessa. Tämä tosiasia riippuu sekvenssien identiteetistä. Samank altaisuus kuvaa sitä, missä määrin tähteet ovat kohdakkain. Näin ollen samanlaiset sekvenssit sisältävät samanlaisia ominaisuuksia. Bioinformatiikassa samank altaisuus on työkalu kahden proteiinin samank altaisuuden arvioimiseen.
Kuva 01: Samank altaisuus sekvenssien kohdistuksessa
Sekvenssin kohdistusprosessissa on kaksi päävaihetta. Ensimmäinen vaihe on parikohtainen kohdistus, joka auttaa löytämään optimaalisen kohdistuksen kahden sekvenssin välillä (mukaan lukien aukot) käyttämällä algoritmeja, kuten BLAST, FastA ja LALIGN. Sovitusalgoritmi löytää minimimäärän muokkaustoimintoja; in-dels ja substituutiot yhden sekvenssin kohdistamiseksi toiseen sekvenssiin. Parittaisen kohdistuksen jälkeen on tarpeen saada kaksi kvantitatiivista parametria kustakin parittaisesta vertailusta. Ne ovat identiteettiä ja samank altaisuutta.
Mitä on identiteetti?
Identiteetti sekvenssikohdistuksessa on niiden merkkien määrä, jotka täsmäävät kahden eri sekvenssin välillä. Näin ollen aukkoja ei oteta huomioon identiteettiä arvioitaessa. Mittauksen katsotaan olevan suhteessa näiden kahden sekvenssin lyhyempään sarjaan. Se merkitsee merkittävästi, että sillä on vaikutus, kun sekvenssi-identtisyys ei ole transitiivinen. Jos X=Y ja Y=Z, niin X ei välttämättä ole yhtä suuri kuin Z. Tämä päätellään identiteettietäisyyden mittana.
Kuva 02: Identiteetti sekvenssikohdistuksessa
Esimerkiksi X:llä on AAGGCTT-sekvenssi, Y:llä on AAGGC-sekvenssi ja Z:lla on AAGGCAT-sekvenssi. X:n ja Y:n välinen identtisyys on 100 % {5 identtistä nukleotidia/min[pituus(X), pituus(Y)]}. Y:n ja Z:n välinen identiteetti on myös 100 %. Mutta X:n ja Z:n välinen identtisyys on vain 85 % {(6 identtistä nukleotidia / 7)}.
Mitä yhtäläisyyksiä samank altaisuuden ja identiteetin välillä on sekvenssikohdistuksessa?
- Sekä samank altaisuus että identtisyys ovat kaksi termiä, joita käytämme sekvenssien kohdistamisessa.
- Ne viittaavat myös kahden sekvenssin samank altaisuuteen.
- Lisäksi ilmaisemme ne prosenttiarvoina.
Mitä eroa on samank altaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssikohdistuksessa?
Rinnistyksen samank altaisuus kertoo kahden sekvenssin samank altaisuuden verrattaessa, kun taas identtisyys sekvenssikohdistuksessa kertoo niiden merkkien määrän, jotka täsmäävät kahden eri sekvenssin välillä. Siksi tämä on keskeinen ero samank altaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien kohdistuksessa.
Yhteenveto – Samank altaisuus vs. identiteetti sekvenssikohdistuksessa
Sekvenssikohdistus auttaa tunnistamaan DNA:ssa, RNA:ssa tai proteiinissa samank altaisia alueita, jotka johtuvat sekvenssien välisestä toiminnallisesta, rakenteellisesta tai evoluutiosuhteesta. Näin ollen samank altaisuus ja identtisyys ovat kaksi keskeistä termiä sekvenssikohdistuksen yhteydessä. Keskeinen ero näiden kahden termin välillä on, että samank altaisuus on kahden sekvenssin samank altaisuus vertailussa, kun taas identtisyys on niiden merkkien lukumäärä, jotka vastaavat tarkasti kahden eri sekvenssin välillä. Siten tämä on yhteenveto erosta samank altaisuuden ja identiteetin välillä sekvenssien rinnastuksessa.
