Avainero CDS:n ja ORF:n välillä on se, että CDS on geenin varsinainen nukleotidisekvenssi, joka muuttuu proteiiniksi, kun taas ORF on DNA-sekvenssin osa, joka alkaa translaation aloituskohdasta (aloituskodonista) ja päättyy käännöksen lopetuspaikka (stop-kodoni).
Geenillä on koodaava sekvenssi (CDS). Se koostuu geenin kokonaiseksoneista sekä aloituskodonista ja lopetuskodonista. Se on geenin todellinen osa, joka kääntää ja tuottaa proteiinia. Avoin lukukehys tai ORF on nukleotidisekvenssi, joka sijaitsee aloituskodonin ja lopetuskodonin välissä. ORF:n sisällä ei ole stop-kodonia, joka katkaisee geneettisen koodin, joka muuttuu proteiiniksi. Prokaryooteissa geenin CDS ja ORF ovat samat.
Mikä on CDS?
CDS tai koodaava sekvenssi on geenin osa, joka todella muuttuu proteiiniksi. Se koostuu eksoneista ja kahdesta kodonista, jotka tunnetaan nimellä AUG-kodoni ja lopetuskodoni. CDS ei sisällä kahta kääntämätöntä aluetta: 5' UTR ja 3 UTR. Lisäksi intronit eivät sisälly CDS:ään.
Kuva 01: Koodaussekvenssi
Yksilön koko genomiin verrattuna koodaavat sekvenssit ovat pieni osa. Koodaava sekvenssi koostuu tarvittavasta nukleotidisekvenssistä proteiinin aminohapposekvenssin muodostamiseksi. Siksi CDS ovat konsentroituja eksoneja, jotka voidaan jakaa nukleotiditripletteihin tai kodoneihin. Kodonit synnyttävät aminohappoja.
Mikä on ORF?
Avoin lukukehys eli ORF on nukleotidisekvenssin jatkuva jakso, joka alkaa aloituskodonilla ja päättyy lopetuskodoniin. Yksinkertaisesti sanottuna ORF viittaa nukleotidisekvenssin alueeseen, joka sijaitsee aloitus- ja lopetuskodonien välissä. Välissä ei ole ORF:ää katkaisevaa lopetuskodonia. Nukleotidisekvenssi aloitus- ja lopetuskodonin välillä koodaa aminohappoja. Yleensä aloituskodoni on ATG, kun taas lopetuskodonit ovat TAG, TAA ja TGA. ORF antaa toiminnallisen proteiinin, kun se transkriptoidaan ja transloidaan. Siten ORF sisältää aloituskodonin, useita kodoneja keskialueella ja lopetuskodonin. Mielenkiintoista on, että ORF:n pituus voidaan jakaa kolmella.
Kuva 02: Avaa lukukehys
Prokaryooteissa, koska introneja ei ole, ORF on geenin koodaava sekvenssi, joka transkriptoi suoraan mRNA:ksi. Siksi CDS ja PRF ovat samat prokaryooteissa. Kun etsit geenejä prokaryooteista, on helppo havaita ORF ja löytää geeni prokaryooteista. Koska eukaryooteissa on introneita, ORF on kodonisekvenssi, joka muodostuu käsittelyn tai RNA-silmukoinnin jälkeen. ORF on todiste, joka auttaa geenien ennustamisessa niin kauan kuin ORF on todennäköisesti osa geeniä.
Mitä yhtäläisyyksiä CDS:n ja ORF:n välillä on?
- Prokaryooteissa CDS ja ORF ovat samat.
- Molemmilla on aloituskodoni ja lopetuskodoni.
- Niissä on useita nukleotideja, jotka voidaan jakaa kolmella.
- Käännettyään ne tuottavat aminohapposekvenssejä.
Mitä eroa on CDS:n ja ORF:n välillä?
CDS on geenin varsinainen osa, joka muuttuu proteiiniksi, kun taas ORF on DNA-jakso aloituskodonin ja lopetuskodonin välillä. Joten tämä on avainero CDS:n ja ORF:n välillä. Lisäksi CDS ei sisällä introneita, mutta ORF voi sisältää introneita. CDS transkriptoi täysin täydelliseksi mRNA-sekvenssiksi, kun taas ORF voi olla osa mRNA-sekvenssiä. Tämä on siis toinen ero CDS:n ja ORF:n välillä.
Alla infografiikka taulukot vierekkäin CDS:n ja ORF:n väliset erot.
Yhteenveto – CDS vs ORF
CDS ja ORF ovat kaksi tärkeää geenin osaa. CDS viittaa todelliseen DNA-alueeseen, joka muuttuu proteiiniksi. ORF on DNA-sekvenssi, joka alkaa aloituskodonilla "ATG" ja päättyy mihin tahansa kolmesta lopetuskodonista (TAA, TAG tai TGA). ORF voi olla osa geenin täydellistä mRNA:ta. Kuitenkin geenin koodaava sekvenssi transkriptoi täydelliseksi mRNA-sekvenssiksi. Kaikki CDS:t ovat ORF:itä. Mutta kaikki ORF:t eivät ole CDS:itä. Näin ollen tämä tiivistää eron CDS:n ja ORF:n välillä.
