Avainero linkerin ja sovittimen välillä on se, että liittimellä ei ole yhtenäisiä päitä, kun taas sovittimella on yksi yhtenäinen pää.
DNA-ligaatio on prosessi, jossa kaksi DNA-molekyyliä liitetään yhteen muodostaen fosfodiesterisidoksia. DNA-ligaasi-niminen entsyymi katalysoi tätä reaktiota. Se on yksi kriittisistä vaiheista nykyaikaisilla molekyylibiologisilla aloilla, kuten yhdistelmä-DNA-teknologiassa ja DNA-kloonauksessa. Ligaatiotehokkuus riippuu ligoitavien DNA-molekyylien päistä. DNA-päitä on kahta tyyppiä tahmeina päinä ja tylpinä päinä. Ligaatiotehokkuus on korkea tahmeilla päillä kuin tylpäillä päillä. Jos kohde-DNA-molekyyleillä on tylpät päät, adaptereiksi tai linkkereiksi kutsutut molekyylit ovat hyödyllisiä. Adapterit ja linkkerit ovat kemiallisesti syntetisoituja oligonukleotidimolekyylejä, jotka auttavat DNA-ligaatiossa. Heillä on myös sisäiset rajoituspaikat. Sovittimessa on yksi tahmea pää ja yksi tylppä pää, kun taas liittimessä on kaksi tylppä päätä.
Mikä on linkittäjä?
Linkeri on kemiallisesti syntetisoitu oligonukleotidisekvenssi, joka on kaksijuosteinen. Linkkerissä on kaksi tylppäpäätä. Linkkeriä käytetään ligoitamaan DNA-molekyylejä, joilla on tylpät päät, vektoreihin. Se sisältää yhden tai useamman sisäisen rajoitussivuston. Nämä restriktiokohdat toimivat restriktioentsyymien tunnistuskohdina.
Kuva 01: Linkkeri
Ligaation jälkeen DNA rajoitetaan uudelleen restriktioentsyymeillä koheesiivisten päiden tuottamiseksi. EcoRI-linkkerit ja sal-I-linkkerit ovat yleisesti käytettyjä linkkereitä.
Mikä on sovitin?
Sovitin on kaksijuosteinen oligonukleotidisekvenssi, jota käytetään yhdistämään kaksi DNA-molekyyliä yhteen. Se on lyhyt sarja, jossa on yksi tylppä pää ja yksi tahmea tai yhtenäinen pää. Siksi se koostuu yksijuosteisesta hännästä toisessa päässä, mikä tehostaa DNA-ligaatiota.
Kuva 02: DNA-ligaatio sovittimella
Lisäksi sovittimessa on sisäiset rajoituspaikat. Siksi ligoinnin jälkeen DNA voidaan rajoittaa sopivilla restriktioentsyymeillä uuden ulkonevan pään luomiseksi. Yksi adapterien haittapuoli on se, että kaksi sovitinta voivat muodostaa himmentimiä muodostamalla pariliitoksen keskenään. Tämä voidaan välttää käsittelemällä niitä alkalisen fosfataasin entsyymillä.
Mitä yhtäläisyyksiä linkerillä ja sovittimella on?
- Sekä linkkeri että adapteri ovat kaksijuosteisia lyhyitä oligonukleotidisekvenssejä.
- Ne sisältävät sisäisiä rajoituspaikkoja.
- Lisäksi ne ovat kemiallisesti syntetisoituja DNA-molekyylejä ja synteettisiä molekyylejä.
- Ne voivat yhdistää kaksi DNA-molekyyliä.
- Linkkereiden ja sovittimien liittämisen jälkeen DNA rajoitetaan jälleen restriktioentsyymeillä tahmeiden päiden tuottamiseksi.
Mitä eroa linkerillä ja sovittimella on?
Linkkeri on kemiallisesti syntetisoitu lyhyt oligonukleotidi-dupleksi, jossa on kaksi tylppäpäätä. Adapteri on kemiallisesti syntetisoitu lyhyt oligonukleotidi-dupleksi, jossa on yksi tahmea pää ja yksi tylppä pää. Siten tämä on avainero linkkerin ja sovittimen välillä. Lisäksi adapterit voivat muodostaa dimeerejä, kun taas linkkerit eivät muodosta dimeerejä. Tämä on siis toinen merkittävä ero linkerin ja sovittimen välillä.
Alla on yhteenveto linkerin ja sovittimen välisistä eroista taulukkomuodossa.
Yhteenveto – Linker vs Adaptor
Linkeri ja sovitin ovat kahden tyyppisiä kemiallisesti syntetisoituja oligonukleotideja, jotka ovat käyttökelpoisia tylppäpäisen DNA:n liittämisessä. Linkkerissä on kaksi tylppäpäätä, kun taas adapterissa on yksi tylppä pää ja yksi yhtenäinen pää. Joten tämä on avainero linkterin ja sovittimen välillä. Ne ovat kaksijuosteisia molekyylejä, joissa on sisäiset restriktiokohdat. Niitä käytetään laaj alti yhdistelmä-DNA-tekniikassa ja DNA-kloonauksessa.
