Avainero ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä on, että ryhmän I introneissa silmukointireaktion käynnistää guanosiinikofaktori, kun taas ryhmän II introneissa silmukointireaktion käynnistää sisäinen adenosiini.
Pre-mRNA on ensisijainen transkripti, jossa on sekä introneja että eksoneja. Pre-mRNA:n tulisi muuttua mRNA:ksi ennen translaatiota. RNA:n silmukointi tai pre-mRNA-silmukointi on yksi tällainen transkription jälkeinen modifikaatio. RNA-silmukoinnin yhteydessä intronit poistetaan pre-mRNA-molekyylistä ja eksonit liitetään yhteen. Ryhmän I ja ryhmän II intronit ovat itsesilmukoituvia introneita. Ne silmukoituvat irti pre-mRNA-molekyylistä ilman minkään muun entsyymin apua. Siksi ne ovat RNA-entsyymejä tai ribotsyymejä, jotka katalysoivat omaa silmukoitumistaan pre-mRNA:sta. Lisäksi niillä on kyky toimia mobiilielementteinä. Silmukoinnin aikana tapahtuu sarja transesteröintireaktioita intronin leikkaamiseksi ja eksonien ligatoimiseksi. Näitä ribotsyymejä on kaikissa kolmessa domeenissa, mukaan lukien bakteerit, arkeat ja eukaryootit.
Mitä ovat ryhmän I intronit?
Ryhmän I intronit ovat itsesilmukoituvia ribotsyymejä, joita löytyy bakteereista, bakteriofageista ja eukaryooteista (organella- ja tumagenomeista). Ne löytyvät välttämättömistä geeneistä. He pystyvät katalysoimaan oman silmukoitumisensa pre-mRNA-molekyylistä. Ryhmän I introneissa voi olla muutamasta sadasta kolmeen tuhatta nukleotidia. Lisäksi niillä on vain vähän samank altaisuutta eri organismien välillä.
Kuva 01: Ryhmän I intronit
Toissijaiset rakenteet ovat erittäin konservoituneita neljällä lyhyellä alueella. Silmukoinnissa on kaksi transesteröintireaktiovaihetta. Ryhmän I intronit käynnistävät silmukointimekanismin guanosiinikofaktorin 3'-hydroksyylin nukleofiilisellä hyökkäyksellä 5P-silmukointikohdassa.
Mitä ovat ryhmän II intronit?
Ryhmän II intronit ovat itsestään silmukoituvia introneja, joita löytyy organismeista, jotka kuuluvat kaikkiin kolmeen domeeniin. Ne ovat ribotsyymejä, jotka katalysoivat omia silmukointireaktioitaan esi-mRNA:sta. Niitä löytyy rRNA-, tRNA- ja proteiinia koodaavista geeneistä. Mutta niitä ei löydy ydingenomeista, toisin kuin ryhmän I introneista.
Kuva 02: Ryhmän II intronit
Ryhmän II intronit katalysoivat silmukointia kahden transesteröintivaiheen kautta, jotka ovat samanlaisia kuin ryhmän I intronit. Nämä entsyymit käynnistävät silmukointireaktion haarakohdan adenosiinin 2'OH:n nukleofiilisellä hyökkäyksellä 5'-silmukointiliitoksessa. Silmukointireaktioiden aikana ryhmän II intronit muodostavat lariaatin k altaisen rakenteen. Lisäksi intronin silmukointi tapahtuu ilman GTP:tä.
Mitä yhtäläisyyksiä ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä on?
- Ryhmän I ja ryhmän II intronit ovat kahden tyyppisiä RNA-entsyymejä, ribotsyymejä, jotka katalysoivat omaa silmukointiaan eri mekanismeilla.
- Ne ovat suuria ribotsyymejä.
- Molemmat löytyvät kaikista kolmesta verkkotunnuksesta.
- Ne ovat liikkuvia elementtejä.
- Lisäksi niitä löytyy rRNA-, tRNA- ja proteiinia koodaavista geeneistä.
- Molempia entsyymejä käytetään työkaluina biotekniikassa ja molekyylilääketieteessä kohdistettujen geenien poistamiseen/poistamiseen, geenien toimittamiseen tai geeniterapiajärjestelmiin.
Mitä eroa on ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä?
Ryhmän I intronit ovat ribotsyymejä, joita löytyy bakteereista, bakteriofageista ja eukaryoottien organellaarisista ja tuman genomeista. Ryhmän II intronit ovat ribotsyymejä, joita löytyy bakteereista, arkeista ja eukaryoottisista organelleista. Lisäksi ryhmän I intronit käynnistävät silmukointireaktion guanosiinikofaktorin 3'-hydroksyylin nukleofiilisellä hyökkäyksellä 5P-silmukointikohdassa, kun taas ryhmän II intronit aloittavat silmukointireaktion haarakohdan adenosiinin 2'OH:n nukleofiilisellä hyökkäyksellä. 5′ jatkoliitos. Joten tämä on avainero ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä.
Lisäksi ryhmän II intronit muodostavat lariaatin k altaisen rakenteen silmukoinnin aikana, kun taas ryhmän I intronit eivät muodostu. Siten tämä on toinen merkittävä ero ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä. Lisäksi ryhmän I intronit löytyvät eukaryootin ydingenomeista, kun taas ryhmän II introneita ei löydy eukaryootin ydingenomeista.
Alla infografiassa luetellaan erot ryhmän I ja ryhmän II intronien välillä taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Ryhmä I vs. ryhmän II intronit
Ryhmän I ja II intronit ovat suuria ribotsyymejä, jotka katalysoivat transesteröintireaktiota irrottaakseen intronit ensisijaisesta transkriptista. Niitä löytyy kaikilta kolmelta alueelta. Molemmat ovat liikkuvia geneettisiä elementtejä. Lisäksi niitä käytetään työkaluina bioteknologiassa ja molekyylilääketieteessä. Ryhmän I intronit kuitenkin käynnistävät silmukointireaktion guanosiinikofaktorin 3'OH:n nukleofiilisellä hyökkäyksellä 5P-silmukointikohdassa. Mutta ryhmän II intronit käynnistävät silmukointireaktion haarakohdan adenosiinin 2'OH:n nukleofiilisellä hyökkäyksellä 5'-silmukointiliitoksessa. Lisäksi ryhmän II intronit muodostavat lariaatin k altaisen rakenteen silmukoinnin aikana, kun taas ryhmän I intronit eivät muodosta lariaatin k altaista rakennetta. Näin ollen tämä on yhteenveto ryhmän I ja ryhmän II intronien välisestä erosta.
