Avainero proteiinin alayksikön ja domeenin välillä on, että proteiinialayksikkö on proteiinin erillinen polypeptidiketju, joka kokoontuu muiden polypeptidiketjujen kanssa muodostaen proteiinikompleksin, kun taas proteiinidomeeni on polypeptidiketjun viereinen alue proteiinista, joka usein taittuu itsenäisesti kompaktiksi, paikalliseksi ja puoliitsenäiseksi yksiköksi.
Proteiinin alayksikkö ja domeeni ovat erittäin tärkeitä osia multimeerista proteiinia. Proteiinit ovat polypeptideistä valmistettuja polymeerejä. Jokainen polypeptidiketju muodostuu monomeeristä, joka tunnetaan aminohapona. Monimutkainen proteiini sisältää erillisiä rakenneyksiköitä, kuten alayksiköitä, domeeneja, motiivia ja laskosta. Nämä monimutkaisen proteiinin rakenneyksiköt ovat äärimmäisen tärkeitä sen rakenteelle ja viime kädessä toiminnalle.
Mikä on proteiinialayksikkö?
Proteiinialayksikkö on proteiinin erillinen polypeptidiketju, joka yhdistyy muiden polypeptidiketjujen kanssa muodostaen proteiinikompleksin. Rakennebiologiassa proteiinin alayksikkö on yksittäinen proteiinimolekyyli, joka kokoontuu muiden proteiinimolekyylien kanssa muodostaen proteiinikompleksin. Luonnossa esiintyvissä proteiineissa on suhteellisen pieni määrä alayksiköitä, kuten hemoglobiini ja DNA-polymeraasi. Siksi niitä kutsutaan oligomeerisiksi. Muut proteiinit koostuvat suuresta määrästä alayksiköitä, joten niitä kuvataan multimeerisiksi. Esimerkiksi mikrotubulukset ja muut sytoskeleton proteiinit ovat multimeerisiä. Multimeerisen proteiinin alayksiköt voivat olla identtisiä (homologisia) tai täysin erilaisia (heterologisia).
Kuva 01: Proteiinialayksikkö
Joissakin multimeerisissä proteiineissa yksi alayksikkö voi olla katalyyttinen alayksikkö. Toisa alta toinen on säätelyalayksikkö. Katalyyttisen alayksikön toiminta katalysoi entsymaattista reaktiota, kun taas säätelyalayksikön toiminta helpottaa tai estää sen aktiivisuutta. Entsyymiä, joka koostuu koottuna sekä katalyyttisistä että säätelyalayksiköistä, kutsutaan yleensä holoentsyymiksi. Esimerkiksi entsyymiluokan I fosfoinositidi-3-kinaasissa on katalyyttinen alayksikkö p110 ja säätelyalayksikkö p85. Lisäksi proteiinissa täytyy olla yksi geeni jokaista alayksikköä kohti. Tämä johtuu siitä, että alayksikkö koostuu erillisestä polypeptidiketjusta, jossa on yksi koodaava geeni.
Mikä on proteiiniverkkotunnus?
Proteiinidomeeni on proteiinin polypeptidiketjun vierekkäinen alue, joka usein taittuu itsenäisesti tiiviiksi, paikalliseksi ja puoliitsenäisiksi yksiköiksi. Proteiinin domeeni tunnetaan myös proteiinin polypeptidiketjun alueena, joka stabiloituu itsestään ja laskostuu muista riippumatta. Ne ovat erillinen rakenteellinen ja toiminnallinen yksikkö proteiinissa. Normaalisti domeenit ovat vastuussa tietystä toiminnosta tai vuorovaikutuksesta, joka myötävaikuttaa proteiinin yleiseen rooliin. Esimerkiksi SH3-domeeni on noin 50 aminohappotähdettä. Niitä esiintyy monissa eri proteiineissa, mukaan lukien adapteriproteiinit, fosfatidyyli-inositoli-3-kinaasit, fosfolipaasit ja myosiinit. Nämä SH3-domeenit osallistuvat proteiini-proteiini-vuorovaikutukseen.
Kuva 02: Proteiiniverkkotunnukset
Domeenit vaihtelevat pituudeltaan 50 aminohaposta 250 aminohappoon. Lyhyimmät alueet, kuten sinkkisormi, stabiloidaan metalli-ioneilla ja disulfidisillalla. Domeeni tuottaa usein toiminnallisia yksiköitä, kuten kalsiumia sitovan kalmoduliinin EF-käsidomeenin. Lisäksi domeeneja voidaan vaihtaa geenitekniikan avulla proteiinien välillä kimeeristen proteiinien valmistamiseksi.
Mitä yhtäläisyyksiä proteiinialayksikön ja verkkotunnuksen välillä on?
- Proteiinin alayksikkö ja domeeni ovat multimeerisen proteiinin rakenneyksiköitä.
- Molemmat koostuvat aminohapoista.
- Ne liittyvät termiin "polypeptidiketju".
- Lisäksi ne molemmat ovat erittäin tärkeitä proteiinin yleiselle toiminnalle.
Mitä eroa on proteiinialayksiköllä ja verkkotunnuksella?
Proteiinialayksikkö on proteiinin erillinen polypeptidiketju, joka yhdistyy muiden polypeptidiketjujen kanssa muodostaen proteiinikompleksin. Toisa alta proteiinidomeeni on proteiinin polypeptidiketjun vierekkäinen alue, joka usein taittuu itsenäisesti tiiviiksi, paikalliseksi ja puoliitsenäisiksi yksiköiksi. Joten tämä on avainero proteiinialayksikön ja domeenin välillä. Lisäksi proteiinialayksikkö on kooltaan suurempi kuin proteiinidomeeni.
Seuraava taulukko esittää taulukkomuodossa yhteenvedon eroista proteiinin alayksikön ja domeenin välillä.
Yhteenveto – Proteiinialayksikkö vs. verkkotunnus
Proteiinien rakennuspalikoita ovat aminohapot. Proteiinit muodostuvat aminohappojen kondensaatiosta. Proteiinirakenteiden koko vaihtelee kymmenistä useisiin tuhansiin aminohappoihin. Proteiinirakennetta stabiloivat ei-kovalenttiset vuorovaikutukset, kuten vetysidokset, ionisidokset, Van der Waalsin voimat, hydrofobiset sidokset ja kovalenttiset vuorovaikutukset, kuten disulfidisidokset. Monimutkainen proteiini sisältää erillisiä rakenneyksiköitä, kuten alayksiköitä, domeeneja, motiivia ja laskosta. Proteiinialayksikkö on proteiinin erillinen polypeptidiketju, joka yhdistyy muiden polypeptidiketjujen kanssa muodostaen proteiinikompleksin. Toisa alta proteiinidomeeni on proteiinin polypeptidiketjun alue, joka stabiloituu itsestään ja laskostuu muista riippumatta. Näin ollen tämä on yhteenveto proteiinin alayksikön ja domeenin välisestä erosta.
