Avainero isoskitsomeerien ja neoskitsomeerien välillä on se, että isoskitsomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi ja jotka katkaisevat DNA:n samoista kohdista, kun taas neoskitsomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi, mutta jotka katkaisevat DNA:ta eri kohdista..
Restriktioentsyymit tai restriktioendonukleaasit ovat entsyymejä, jotka pilkkovat DNA:n fragmenteiksi tietyissä tunnistuskohdissa tai niiden lähellä. Ne leikkaavat DNA:ta restriktiokohdista. Restriktioentsyymit luokitellaan yleensä viiteen ryhmään rakenteen perusteella, leikkaavatko ne DNA-substraattinsa tunnistuskohdastaan ja ovatko tunnistus- ja katkaisukohdat erillään toisistaan. Yli 3600 restriktioendonukleaasia on jo tunnistettu. Kaupallisesti on saatavilla noin 800 restriktioentsyymiä. Isoskitsomeerit ja neoskitsomeerit ovat kahdenlaisia restriktioentsyymejä, jotka perustuvat tunnistuskohtaan ja pilkkoutumisspesifisyyteen.
Mitä isoskitsomeerit ovat?
Isoskitsomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi ja jotka katkaisevat DNA:n samoista kohdista. Näillä restriktioentsyymeillä on sama spesifisyys. Ensimmäinen löydetty restriktioentsyymi, joka tunnistaa tietyn sekvenssin, tunnetaan prototyyppinä, kun taas kaikkia myöhemmin tunnistettuja restriktioentsyymejä, jotka tunnistavat saman sekvenssin, kutsutaan isoskizomereiksi. Isoskitsomeerit voivat kuitenkin erota paikkapreferenssien, reaktio-olosuhteiden, metylaatioherkkyyden ja tähtiaktiivisuuden suhteen. Isoskitsomeerit eristetään eri bakteerikannoista. Siksi ne voivat vaatia erilaisia reaktio-olosuhteita. Joissakin tapauksissa vain yksi isoskitsomeeriparista voi tunnistaa sekä metyloidut että metyloitumattomat restriktiokohtien muodot. Toisa alta toinen restriktioentsyymi voi tunnistaa vain restriktiokohdan metyloitumattoman muodon. Tämä isoskitsomeerien erityinen ominaisuus auttaa tunnistamaan restriktiokohdan metylaatiotilan ja eristämään sen bakteeritilasta.
Esimerkiksi AgeI ja BshT1 tunnistavat ja pilkkovat 5'-A↓CCGGT:n samassa kuviossa. HpaII ja MSPI ovat muita isoskitsomeeripareja. Ne molemmat tunnistavat sekvenssin 5'-C↓CGG-3', kun se on metyloitumaton. Mutta kun sekvenssin toinen C on metyloitu, vain MSPI voi tunnistaa tämän sekvenssin, kun taas HpaII ei tunnista sitä.
Mitä neoskizomerit ovat?
Neoskizomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi, mutta jotka katkaisevat DNA:ta eri kohdista. Joissakin erityisissä molekyylibiologisissa sovelluksissa tämä on erittäin hyödyllinen ominaisuus. Neoskitsomeerit ovat isoskitsomeerien alajoukko. Tunnettuja esimerkkejä neoskizomereista ovat Smal (5'-CCC↓GGG-3') ja XmaI (5'-C↓CCGGG-3'); molemmat tunnistavat 5'-CCCGGG-3'-sekvenssin, mutta katkaisevat ne eri kohdasta. Siten nämä kaksi restriktioentsyymiä tuottavat erityyppisiä päitä. Tässä tapauksessa SmaI tuottaa tylpät päät ja XmaI 5' ulkonevat päät.
Kuva 01: Neoschizomers
Toinen esimerkki on MaeII- ja Tail-restriktioentsyymien pari. Prototyyppi MaeII (A↓CGT) tuottaa DNA-fragmentteja, joissa on 2-emäksen 5'-pidennys, ja neoskizomeerihäntä (ACGT↓) tuottaa DNA-fragmentteja, joissa on 4-emäksen jatke 3'.
Mitä yhtäläisyyksiä isoskizomeerien ja neoskizomeerien välillä on?
- Isoskitsomeerit ja neoskitsomeerit ovat kahdenlaisia restriktioentsyymejä.
- Ne löytyvät pääasiassa prokaryooteista.
- Ne ovat osa bakteereissa ja arkeissa esiintyvää restriktio-modifikaatiojärjestelmää (RM).
- Molemmat ovat proteiinimolekyylejä.
- Molemmat pilkkovat DNA:n fragmenteiksi.
Mitä eroa isoskizomeereilla ja neoskizomereilla on?
Isoskitsomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi ja jotka katkaisevat DNA:n samoista kohdista, kun taas neoskitsomeerit ovat restriktioentsyymejä, joilla on sama tunnistussekvenssi, mutta jotka pilkkovat DNA:ta eri kohdista. Joten tämä on avainero isoskizomeerien ja neoskizomeerien välillä. Lisäksi isoskizomeereilla on samat spesifisyydet, kun taas neoskizomeereilla on erilaiset spesifisyydet.
Seuraava infografiikka luettelee isoskitsomeerien ja neoskitsomeerien väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Isoschizomers vs Neoschizomers
Restriktioentsyymit ovat DNA:n leikkaavia entsyymejä. Niitä kutsutaan myös molekyylisaksiksi. Restriktioentsyymejä on erilaisia. Tunnistamiskohdan ja pilkkoutumisspesifisyyden perusteella restriktioentsyymejä on kahta tyyppiä isoskitsomeereinä ja neoskitsomeereinä. Isoskitsomeereilla on sama tunnistussekvenssi, ja ne katkaisevat DNA:n samoista kohdista, kun taas neoskizomeereilla on sama tunnistussekvenssi, mutta ne pilkkovat DNA:ta eri kohdissa. Siten tämä on avainero isoskizomeerien ja neoskitsomeerien välillä.
