Avainero Coomassie- ja hopeavärjäyksen välillä on se, että coomassie-värjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään coomassie brilliant blue -värjäystä, kun taas suikalevärjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään hopeavärjäystä.
Proteiinien erottaminen ja tunnistaminen ovat kriittisiä vaiheita proteomianalyysissä. Ne tarvitsevat korkearesoluutioisen proteiinin karakterisoinnin geelielektroforeesin jälkeen. On olemassa lukuisia värjäystekniikoita, jotka sisältävät erilaisia tahroja, kuten anionisia väriaineita (coomassie briljanttisininen), metallikationeja (imidatsoli-sinkki), hopeavärjäyksiä ja fluoresoivia väriaineita jne. Joskus voidaan käyttää myös radioaktiivisia koettimia. Värjäystekniikan valinta riippuu yksinkertaisuudesta, kuvantamislaitteiden saatavuudesta laboratoriossa jne.
Mikä on Coomassie-värjäys?
Coomassie-värjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään coomassie briljanttisinistä värjäystä. Sitä kutsutaan yleisesti coomassie blue -tekniikaksi. Coomassie briljanttisininen on suosituin anioninen proteiiniväriaine. Tämä värjäys värjää normaalisti lähes kaikki proteiinit hyvällä kvantitatiivisella lineaarisella keskiherkkyydellä. Coomassie briljanttisininen tahra sitoutuu epäspesifisesti lähes kaikkiin proteiineihin. Coomassie briljantinsinisiä petsejä on kaksi erilaista: R-250 ja G-250. R-250 tarjoaa lyhyemmät värjäysajat, kun taas G-250 on saatavilla herkemmässä ja ympäristöystävällisemmässä koostumuksessa.
Kuva 01: Coomassie-värjäys
Coomassie-värit ovat erittäin suosittuja massaspektrometriatutkimuksissa ja proteiinien tunnistustutkimuksissa. Lisäksi bioturvallinen coomassie-väri on vaaraton coomassie blue G-250:n formulaatio, joka on tällä hetkellä saatavilla markkinoilla. Tämän koostumuksen etuna on, että se vaatii vain vettä huuhteluun ja tahranpoistoon. Bioturvallinen coomassie petsi tarjoaa herkkyyden, joka vastaa perinteistä coomassie blue G-250, mutta parempi kuin coomassie petsi R-250. Lisäksi siinä on yksinkertaisempi ja nopeampi värjäysprotokolla kuin perinteisessä Coomassie blue G-250:ssä. Coomassie blue -värjäyksen haittana on, että se on vähemmän herkkä kuin hopeavärjäys. Coomassie blue -värjäys on noin 50 kertaa vähemmän herkkä kuin hopeavärjäys. Sitomisen yksinkertaisuuden vuoksi se on kuitenkin suositeltu monissa tutkimuksissa.
Mikä on hopeavärjäys?
Hopeavärjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään hopeavärjäystä. Hopeavärjäystä käytetään sekä agaroosi- että polyakryyliamidigeelien värjäykseen. Proteiinin hopeavärjäyksen agaroosigeelissä kehittivät ensimmäisen kerran Kerényi ja Gallyas vuonna 1973. Myöhemmin se mukautettiin proteiineille polyakryyliamidigeeleissä, joita käytetään SDS-PAGE:ssa. Tällä hetkellä hopeavärjäystä käytetään myös DNA:n tai RNA:n värjäykseen. Geelien värjäämiseksi geelejä inkuboidaan hopeanitraattiliuoksen kanssa tässä menetelmässä. Hopeavärjäys värjää proteiinien esiintymiskohdat ruskeasta mustaan.
Kuva 02: Hopeavärjäys
Hopean värjäytymisen voimakkuus riippuu proteiinin primäärirakenteesta. Lisäksi käytettyjen astioiden puhtaus ja reagenssien puhtaus voivat myös vaikuttaa hopeavärjäyksen laatuun. Hopeavärjäyksen haittapuoli on kuitenkin se, että se ei pysty havaitsemaan kaikkia proteiineja, etenkään glykoproteiineja ja proteiineja, joiden sivuketjuihin on kiinnittynyt suuria modifioituja ryhmiä.
Mitä yhtäläisyyksiä Coomassien ja hopeavärjäyksen välillä on?
- Coomassie- ja hopeavärjäys ovat kaksi proteiinivärjäyksessä käytettyä tekniikkaa.
- Ne voivat värjätä sekä proteiineja että DNA:ta.
- Molemmissa värjäystekniikoissa on haittoja.
- Näissä tekniikoissa on samanlaiset vaiheet, kuten kiinnitys, värjäys ja tahranpoisto.
Mitä eroa on Coomassien ja hopeavärjäyksen välillä?
Coomassie-värjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään coomassie brilliant blue -värjäystä, kun taas suikalevärjäys on proteiinivärjäystekniikka, jossa käytetään hopeavärjäystä. Siten tämä on avainero Coomassien ja hopeavärjäyksen välillä. Lisäksi Coomassie-värjäys on vähemmän herkkä kuin hopeavärjäys.
Alla oleva infografiikka luettelee Coomassie- ja hopeavärjäyksen väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Coomassie vs hopeavärjäys
Proteiinien visualisoimiseksi voidaan suorittaa proteiinispesifinen väriainetta sitova tai väriä tuottava kemiallinen reaktio. Tätä kutsutaan proteiinivärjäytykseksi. Coomassie- ja hopeavärjäys ovat kaksi proteiinivärjäyksessä käytettyä tekniikkaa. Coomassie-värjäystekniikka käyttää coomassie briljanttisinistä petsejä, kun taas suikalevärjäyksessä käytetään hopeavärjäystä. Joten tämä on avainero Coomassie- ja hopeavärjäyksen välillä.
