Avainero – Pinottava geeli vs. erotusgeeli
Termejä pinottava geeli ja erotusgeeli käytetään selittämään SDS-PAGE-tekniikkaa. SDS-PAGE eli natriumdodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi on laboratoriotekniikka, jota käytetään proteiinimolekyylien erottamiseen niiden molekyylipainojen perusteella. Tekniikan taustalla oleva teoria on, että proteiinit, joilla on eri molekyylipainot, osoittavat erilaisia migraationopeuksia; Pienen molekyylipainon molekyylit liikkuvat nopeammin, kun taas suuren molekyylipainon molekyylit liikkuvat hitaasti. Siirtymäväliaine on geeli. On olemassa kahdenlaisia geelejä, joita kutsutaan pinoamisgeeliksi ja erotusgeeliksi.avainero pinoamisgeelin ja erotusgeelin välillä on, että pinottavan geelin pH on 6,8, kun taas erotusgeelin pH on 8,8.
Mikä on Stacking Gel?
Stacking gel on matalakonsentroitu polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan väkevämmän erottuvan geelin (erotusgeelin) päälle SDS-PAGE-tekniikalla. Pinoavaa geeliä käytetään parantamaan elektroforeesin erottelukykyä. Erottelukyky kasvaa pinoavan geelin ja erotusgeelin pitoisuuksien välisen eron vuoksi, joka vaikuttaa näytteen proteiineihin. Koska polyakryyliamidin pitoisuus pinoamisgeelissä on alhainen, huokoskoko on suurempi. Tämä auttaa myös lisäämään eroa.
Pinoitusgeeli on löysä polyakryyliamidigeeli, jossa on suuret huokoset noin 7 % polyakryyliamidia. Nämä huokoset eivät toimi merkittävänä esteenä suurille proteiinimolekyyleille. Siksi tämä geeli vaikuttaa hieman näiden proteiinien liikkuvuuteen. Tämä tekee erotuksen proteiinin liikkuvuuden ja koon mukaan konsentroimalla ne kahden geelin väliin.
Kuva 01: SDS-PAGE Akryyliamidigeeli
Pinousgeelin pH on 6,8. Sen pH on hapan kuin geelin erottamisen 2 pH-yksiköllä. Tämä pH tarkoittaa pienempää ionivahvuutta ja siten suurempaa sähkövastusta. Tämä saa aikaan proteiinien liikkuvuuden kuin muut geelissä olevat varautuneet hiukkaset.
Mikä on erotusgeeli?
SDS-PAGE-tekniikan erotusgeeli tai erottuva geeli on erittäin tiivistetty polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan vähän väkevöidyn pinoutuvan geelin päälle. Erotusgeeli sisältää suuren määrän polyakryyliamidia (10 %). Tämän geelin pH pidetään arvossa 8,8, mikä on korkeampi pH-taso kuin pinottavan geelin.
Kuva 02: Geelielektroforeesilaite
Kun proteiinimolekyylit saavuttavat erotusgeelin, näiden molekyylien kulkeutuminen hidastuu, koska erotusgeeli on korkeapitoinen geeli, jolla on pieni huokoskoko ja joka voi toimia huomattavana esteenä proteiinimolekyylien liikkeelle.. Tämä hidastuminen mahdollistaa muiden hitaasti liikkuvien proteiinien saavuttamisen, mikä johtaa kapeaan, keskittyneeseen vyöhykkeeseen kahden geelin väliin.
Mikä on geelin pinoamisen ja erottelugeelin välinen suhde?
Sekä pinoamisgeeli- että erotusgeelityyppejä käytetään samassa laitteessa
Mitä eroa pinoavalla geelillä ja erottelevalla geelillä on?
Stacking Gel vs Separating Gel |
|
| Stacking gel on matalakonsentroitu polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan tiivistemmän erottuvan geelin (erotusgeelin) päälle SDS-PAGE-tekniikalla. | SDS-PAGE-tekniikan erotusgeeli tai erotusgeeli on erittäin väkevöity polyakryyliamidigeeli, joka asetetaan vähän väkevöidyn pinoutuvan geelin päälle. |
| Sijoitus | |
| Pinoa geeli asetetaan erottuvan (erottavan) geelin päälle. | Erotusgeeli asetetaan geelielektroforeesiin käytetyn säiliön pohjalle. |
| Keskitys | |
| Pinoa geelin pitoisuus on korkea. | Erotusgeelin pitoisuus on alhainen. |
| Polyakryyliamidisisältö | |
| Stacking geeli sisältää noin 7 % polyakryyliamidia. | Erotusgeeli sisältää noin 10 % polyakryyliamidia. |
| pH | |
| Pinausgeelin pH on 6,8. | Erotusgeelin pH on 8,8. |
| Huokoskoko | |
| Pakkausgeelissä on suuria huokoskokoja. | Erotusgeelissä on pieniä huokoskokoja. |
| Resoluutio | |
| Pinoa geeli antaa paremman resoluution. | Erotusgeeli antaa huonon resoluution. |
Yhteenveto – Pinottava geeli vs erotusgeeli
Pinousgeeli ja erotusgeeli ovat kahden tyyppisiä polyakryyliamidigeelejä, joita käytetään proteiinimolekyylien paremman erottelun saavuttamiseksi tietyssä näytteessä. Pinoamisgeelin ja erotusgeelin ero on siinä, että pinottavan geelin pH on 6,8, kun taas erotusgeelin pH on 8,8.
