Avainero hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä on se, että hierarkkisessa haulikkosekvensoinnissa genomi jaetaan suurempiin fragmentteihin ennen sekvensointia, kun taas koko genomin haulikkosekvensoinnissa koko genomi jaetaan pieniksi fragmenteiksi sekvensointia varten..
Sekvensointi on tärkeä tekniikka molekyyliprosesseissa, erityisesti lajien tarkassa tunnistamisessa. Itse asiassa se on tekniikka geenin tai genomin nukleotidien tarkan järjestyksen tunnistamiseksi. Sekvensointitekniikoita on monia. Jotkut näistä sisältävät Maxam Gilbert -menetelmän, Sangerin menetelmän ja automatisoidun Sangerin menetelmän.
Mikä on hierarkkinen haulikkosekvenssi?
Hierarkkinen haulikkosekvensointi on yksi sekvensointimenetelmistä. Sitä kutsutaan myös "ylhäältä alas -sekvenssiksi". Lisäksi tämä menetelmä koostuu kahdesta vaiheesta: ensimmäinen vaihe on genomin monistaminen ja toinen vaihe on genomin fragmentointi. Tässä menetelmässä genomi leikataan ensin suuriksi fragmenteiksi. Sitä seuraa näiden suurten fragmenttien kloonaaminen erilaisiin isäntiin käyttämällä vektoreita tai keinotekoisia kromosomeja. Sitten nämä rekombinanttivektorit järjestetään kirjastoon. Haulikkosekvensoinnin aikana rekombinanttivektorikloonit sekvensoidaan yksitellen. Kloonien fragmentit läpikäyvät restriktiopilkkomisen genomin koon pienentämiseksi entisestään, jolloin ne käyvät läpi sekvensoinnin.
Kuva 01: Hierarkkinen haulikkojärjestys
Hierarkisessa haulikkosekvensoinnissa suuret palaset on järjestettävä järjestykseen ennen haulikkosekvenssiä. Se tapahtuu kloonausprosessin aikana sisällytettyjen molekyylimarkkerien avulla.
Hierarkkinen haulikkosekvensointi luo matalaresoluutioisen geenikartan. Mutta se luo järjestetyn sekvenssikartan. Siten se kestää kauemmin kuin suora sekvensointi. Koko prosessi viivästyy rekombinanttivektorikirjaston luomisen vuoksi. Onko se myös työvoimav altainen tekniikka. Tällä hetkellä tekniikka on kuitenkin automatisoitu työn helpottamiseksi.
Mitä koko genomin haulikkosekvensointi on?
Koko genomin haulikkosekvensointi on yksivaiheinen sekvensointiprosessi. Tässä prosessissa koko genomin leikkaus tapahtuu ensin. Tämän jälkeen jokainen näistä pienistä fragmenteista sekvensoidaan satunnaisesti. Sekvensoinnin päätyttyä suoritetaan sekvenssianalyysi. Sekvenssianalyysin aikana päällekkäiset sekvenssit poistetaan, eikä analyysi ole määrätty prosessi. Siksi sekvenssien kokoaminen on vähemmän tehokas prosessi verrattuna hierarkkiseen haulikon sekvensointiin. Koko genomin haulikon sekvensointiprosessi on kuitenkin nopeampi, ja koko genomin analyysi voi tapahtua yhdellä kertaa.
Mitä yhtäläisyyksiä hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä on?
- Hierarkkinen ja koko genomin haulikkosekvensointi ovat kaksi sekvensointitapaa.
- Molemmat käyvät läpi Sanger-sekvensoinnin tai automatisoidut Sanger-sekvensointimenetelmät.
- Ne osallistuvat DNA- ja RNA-fragmenttien sekvensointiin.
- Lisäksi molemmat menetelmät ovat tärkeitä molekyylidiagnostiikassa ja tutkimuksessa.
- Tällä hetkellä molemmat tekniikat ovat automatisoituja tai tietokonepohjaisia.
- Molemmat tekniikat perustuvat genomin pirstoutumiseen.
Mitä eroa on hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä?
Hierarkkinen haulikkosekvensointi tuottaa suurempia fragmentteja verrattuna koko genomin haulikkosekvensointiin, joka toimii pienillä sekvenssin fragmenteilla. Joten tämä on avainero hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä. Lisäksi hierarkkinen haulikkosekvensointi koostuu kahdesta päävaiheesta, kun taas koko genomin haulikkosekvensointi perustuu yhteen päävaiheeseen.
Lisäksi toinen ero hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä on se, että resoluutio on korkeampi koko genomin haulikkosekvensoinnissa verrattuna hierarkkiseen haulikkosekvensointiin.
Alla olevassa infografiikassa on yhteenveto hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin eroista.
Yhteenveto – hierarkkinen vs. koko genomin haulikkosekvensointi
Hierarkkinen ja koko genomin haulikkosekvensointi ovat kaksi tekniikkaa suurten genomien sekvensointiin. Hierarkkinen haulikkosekvenssi on kaksivaiheinen sekvensointiprosessi, jossa genomi jaetaan suurempiin fragmentteihin. Sitä vastoin koko genomin haulikkosekvensointi on yksivaiheinen sekvensointi, jossa genomi jaetaan pieniksi fragmenteiksi ja sekvensoidaan suoraan. Siten tämä on avainero hierarkkisen ja koko genomin haulikkosekvensoinnin välillä. Lisäksi tekniset näkökohdat voivat vaihdella näiden kahden tekniikan välillä.
