Avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo-dT:n välillä on, että satunnainen aluke on seos kaikista mahdollisista heksameerioligonukleotidisekvensseistä, kun taas oligo-dT-aluke koostuu 12–18 deoksitymidiinin yksijuosteisesta jaksosta.
Käänteistranskriptio on mekanismi, jossa cDNA voidaan syntetisoida käyttämällä mRNA:ta tai mitä tahansa RNA-lajia. cDNA:n tuottamiseksi tulee tarjota käänteiskopioijaentsyymi ja muut tarvittavat komponentit, erityisesti templaatti ja alukkeet. Alukkeet ovat lyhyitä DNA-sekvenssejä, jotka on erityisesti suunniteltu kohdesekvenssien monistamiseen. Satunnaiset alukkeet ja oligo-dT-alukkeet ovat kaksi yleistä aluketyyppiä, joita käytetään käänteistranskriptiossa. Siksi satunnainen aluke tai oligo-dT-aluke ovat lyhyitä DNA-oligonukleotidisekvenssejä, joita tarvitaan käänteiskopioijalle käänteistranskription aloittamiseksi. RNA-templaatista riippuen sopiva aluke voidaan valita näistä kahdesta aluketyypistä.
Mitä ovat Random Primerit?
Satunnainen aluke on oligonukleotidien seos, joka edustaa kaikkia mahdollisia heksameerisekvenssejä. Satunnaisalukkeen alukesekvenssi on 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T tai C. Siksi satunnaisia alukkeita voidaan käyttää yksijuosteisen DNA:n tai RNA:n monistamiseen DNA-polymeraasin tai käänteiskopioijan vaikutuksesta. vastaavasti. Lisäksi satunnainen alukeseos pystyy monistamaan RNA:n kaikki alueet cDNA:n muodostamiseksi. Siten se tuottaa eripituisia cDNA:ta.
Kuva 01: Satunnaiset alukkeet
Mikä tärkeintä, satunnainen alukeseos ei osoita templaattispesifisyyttä. Se ei pysty erottamaan mRNA:ta ja muita RNA-lajeja. Ja se pariutuu minkä tahansa näytteen RNA-lajin kanssa. Satunnainen alukeseos soveltuu kuitenkin sellaisten RNA:iden käänteistranskriptioon, jossa ei ole poly(A) häntää, kuten rRNA, tRNA, ei-koodaavat RNA:t, pienet RNA:t, prokaryoottinen mRNA jne., hajotettu RNA ja RNA, jolla on tunnetut sekundaarirakenteet.
Mikä Oligo dT on?
Oligo dT -primer on 12–18 deoksitymiinin (dT) venytys. Alukesekvenssi voidaan esittää muodossa 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Sitä käytetään cDNA:n tuottamiseen poly(A) häntää sisältävästä mRNA:sta. Pohjimmiltaan se toimii alukkeena käänteiskopioijaentsyymin katalysoimalle reaktiolle. Käänteistranskription aikana oligo-dT-aluke pariutuu useimpien eukaryoottisten mRNA:iden 3'-päässä olevan polyadenyloidun hännän kanssa ja aloittaa prosessin.
Kuva 02: Käänteinen transkriptio Oligo dT Primerilla
Toisin kuin satunnainen aluke, oligo-dT-aluke ei sovellu hajoaneelle RNA:lle tai RNA:lle, josta puuttuu poly(A)-pyrstö, mukaan lukien prokaryoottinen RNA ja mikroRNA.
Mitä yhtäläisyyksiä on Random Primerien ja Oligo dT:n välillä?
- Satunnainen aluke ja oligo-dT-aluke ovat kahden tyyppisiä alukkeita, joita käytetään käänteistranskriptiossa ja cDNA:n valmistuksessa.
- Satunnaisalukkeen ja oligo-dT-alukkeen käyttäminen yhdessä lisää cDNA-synteesin herkkyyttä.
- Ne ovat yksijuosteisia lyhyitä nukleotidisekvenssejä.
Mitä eroa on Random Primereilla ja Oligo dT:llä?
Satunnainen aluke on lyhyt oligonukleotidisekvenssi, joka koostuu satunnaisesta sekvenssistä. Samaan aikaan oligo dT -aluke on lyhyt juoste, joka koostuu 12 - 18 deoksitymidiinistä. Joten tämä on avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo dT:n välillä. Satunnaisalukkeen sekvenssi on 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T tai C. Kun taas oligo-dT-alukkeen sekvenssi on 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Siksi voimme pitää tätä toisena erona satunnaisten alukkeiden ja oligo dT:n välillä.
Lisäksi satunnaiset alukkeet eivät osoita templaattispesifisyyttä, ja ne pariutuvat minkä tahansa RNA-lajin kanssa, kun taas oligo-dT-alukkeet osoittavat spesifisyyttä eukaryoottisen mRNA:n poly(A)-hännille.
Alla olevassa infografiikassa on yhteenveto satunnaisten alukkeiden ja oligo dT:n eroista.
Yhteenveto – Random Primerit vs Oligo dT
Satunnainen aluke ja oligo-dT-aluke ovat kahden tyyppisiä alukkeita, joita käytetään cDNA-synteesissä. Satunnainen aluke koostuu oligonukleotidien seoksesta, joka edustaa kaikkia mahdollisia heksameerisekvenssejä, kun taas oligo-dT-aluke on yksijuosteinen 12-18 deoksitymidiinin sekvenssi. Joten tämä on avainero satunnaisten alukkeiden ja oligo dT:n välillä. Lisäksi oligo-dT-alukkeet ovat käyttökelpoisia poly(A)-hännän sisältävän RNA:n täyspitkässä käänteistranskriptiossa, kun taas satunnaiset alukkeet ovat käyttökelpoisia useimpien RNA-lajien käänteistranskriptiossa, mukaan lukien hajonnut RNA, RNA, josta puuttuu poly(A)-hännät ja RNA:ta sisältävä RNA. toissijaiset rakenteet. Siksi satunnainen aluke ei osoita templaattispesifisyyttä, kun taas oligo-dT-aluke osoittaa spesifistä eukaryoottista mRNA:ta, joka sisältää poly(A) häntää.
