Avainero LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien välillä on se, että LTR-retrotransposonit ovat eräänlaisia retrotransposoneja, joiden rakenteessa on pitkät terminaaliset toistot, kun taas ei-LTR-retrotransposonit ovat eräänlaisia retrotransposoneja, joilla ei ole pitkiä terminaalitoistoja. niiden rakenteessa.
Retrotransposonit (luokan I transposoituvat elementit tai transposonit RNA-välituotteiden kautta) ovat eräänlainen geneettinen komponentti, joka voi kopioida ja liittää itsensä eri genomikohtiin. He tekevät tämän muuntamalla RNA:ta takaisin DNA:ksi käänteistranskriptioksi kutsutun prosessin kautta käyttämällä RNA-transpositiota. Retrotransposoneja on kahta päätyyppiä, LTR- ja ei-LTR-retrotransposoneja
Mitä LTR-retrotransposonit ovat?
LTR-retrotransposonit ovat eräänlaisia retrotransposoneja, joiden rakenteessa on pitkiä terminaalitoistoja. Toistuvan DNA:n pitkiä juosteita löytyy LTR-retrotransposonin kummastakin päästä. Näitä kutsutaan pitkiksi päätetoistoiksi (LTR). Jokainen LTR on muutama sata emäsparia pitkä. LTR-retrotransposonit ovat yleensä yli 5 kiloemäksen pituisia. Lisäksi pitkien terminaalisten toistojen välissä on geenejä, jotka voidaan transkriptoida vastaavina retrovirusgeenejä gag ja pol. Nämä geenit menevät päällekkäin, joten ne koodaavat proteaasia, joka normaalisti prosessoi tuloksena olevan transkriptin toiminnallisiksi geenituotteiksi.
Kuva 01: LTR-retrotransposonit
Retrotransposonien Gag-geeni tekee tuotteen, joka yhdistyy muiden retrotransposonitranskriptien kanssa muodostaen viruksen k altaisia partikkeleita. Pol-geeni valmistaa tuotteita, jotka sisältävät entsyymejä, kuten käänteiskopioija-, integraasi- ja ribonukleaasi H -domeeneja. Käänteistranskriptaasientsyymi suorittaa retrotransposoni-DNA:n käänteistranskription. Integraasientsyymi integroi retrotransposoni-DNA:n eukaryoottisen genomin DNA:han. Ribonukleaasi H -domeenit ovat hyödyllisiä katkaisemaan fosfodiesterisidoksia RNA-välituotteiden välillä. LTR-retrotransposonit koodaavat myös transkripteja, joissa on tRNA:n sitoutumiskohtia, jotta ne voivat läpikäydä käänteistranskription melko helposti. Lisäksi, koska retrotransposoni sisältää eukaryoottigenomitietoa, se voi lisätä kopioita itsestään muihin genomikohtiin eukaryoottisolussa.
Mitä ovat ei-LTR-retrotransposonit?
Ei-LTR-retrotransposonit ovat eräänlaisia retrotransposoneja, joiden rakenteessa ei ole pitkiä terminaalitoistoja. Kuten LTR-retrotransposonit, myös ei-LTR-retrotransposonit sisältävät geenejä käänteiskopioijaentsyymille, RNA:ta sitovalle proteiinille, nukleaasille ja joskus ribonukleaasi H -domeeneille. Mutta heiltä puuttuu pitkät päätetoistot; sen sijaan niillä on lyhyitä toistoja, joissa voi olla käänteinen emästen järjestys vierekkäin. RNA:ta sitovat proteiinit sitoutuvat RNA-transpositiovälituotteeseen ja nukleaasit katkaisevat fosfodiesterisidoksia nukleiinihappojen nukleotidien välillä.
Kuva 02: LTR- ja ei-LTR-retrotransposonit
Vaikka ne ovat retrotransposoneja, ne eivät voi suorittaa käänteistä transkriptiota käyttämällä RNA-välituotetta samalla tavalla kuin LTR-retrotransposonit. Tämä johtuu siitä, että ei-LTR-retrotransposonit eivät sisällä sekvenssejä, jotka sitovat tRNA:ta. Siten ei-LTR-retrotransposoni, joka on transkriptoitu mRNA:ksi ja transloitunut proteiineihin, toimii käänteiskopioijana. Käänteistranskriptaasi tekee DNA-kopion ei-LTR-retrotransposonin RNA:sta, joka voidaan integroida genomiin uudessa paikassa. Lisäksi ei-LTR-retrotransposonit jakautuvat kahteen tyyppiin: LINEs (pitkät välissä olevat ydinelementit) ja SINE (lyhyet välissä olevat ydinelementit).
Mitä yhtäläisyyksiä LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien välillä on?
- LTR ja ei-LTR retrotransposonit ovat kaksi päätyyppiä retrotransposoneja.
- Molemmat tyypit sisältävät geenejä entsyymeille, kuten käänteiskopioijaentsyymille, RNA:ta sitovalle proteiinille, nukleaasille ja ribonukleaasi H -domeeneille.
- Ne löytyvät ihmisen genomista.
- Molemmat tyypit ovat evoluution kann alta tärkeitä.
Mitä eroa on LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien välillä?
LTR-retrotransposonien rakenteessa on pitkiä terminaalitoistoja, kun taas ei-LTR-retrotransposonien rakenteessa ei ole pitkiä terminaalitoistoja. Siten tämä on avainero LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien välillä. Lisäksi LTR-retrotransposoneissa on pitkiä suoria toistoja, jotka ovat vain yksi emässekvenssi, joka toistaa itseään. Toisa alta ei-LTR-retrotransposoneissa on lyhyitä toistoja, joissa voi olla käänteinen emästen järjestys vierekkäin.
Alla oleva infografiikka esittelee LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – LTR vs ei-LTR retrotransposonit
LTR ja ei-LTR retrotransposonit ovat kaksi päätyyppiä retrotransposoneja. LTR-retrotransposonien rakenteessa on pitkät terminaaliset toistot, kun taas ei-LTR-retrotransposonien rakenteessa ei ole pitkiä terminaalitoistoja. Joten tämä on avainero LTR- ja ei-LTR-retrotransposonien välillä.
