Avainero ksyleenisyanolin ja bromifenolisinisen välillä on, että 1 % agaroosigeelissä ksyleenisyanoli kulkeutuu hitaammin, kun taas bromifenolisininen kulkee nopeammin.
Ksyleenisyanoli ja bromifenolisininen ovat tärkeitä värimerkkejä, joita voidaan käyttää agaroosigeelielektroforeesin ja polyakryyliamidigeelielektroforeesin seurantaan.
Mikä on ksyleenisyanoli?
Ksyleenisyanoli on elektroforeettinen värimerkki tai seurantaväri. Se on hyödyllinen agaroosigeelielektroforeesi- ja polyakryyliamidigeelielektroforeesiprosessin seurannassa. Kun tämä aine sekoitetaan näytteen kanssa, tämän aineen konsentraatioksi tulee tyypillisesti noin 0.005 % - 0,03 %. Joitakin synonyymejä, joita voimme käyttää ksyleenisyanolille, ovat Acid Blue 147, ksyleenisyanoli, ksyleenisyanoli FF, ksyleenisyanoli FF jne.
Tämän yhdisteen kemiallinen kaava on C25H27N2NaO 6S2 Ksyleenisyanolin moolimassa on 538,61 g/mol. Tämä aine voi kulkeutua noin 4–5 kiloemäsparin DNA-fragmenttien nopeudella 1 % agaroosigeeleissä. Tämä riippuu kuitenkin käyttämästämme puskurista. Tyypillisesti ksyleenisyanoli 6-prosenttisessa polyakryyliamidigeelissä voi kulkeutua noin 140 emäsparin DNA-fragmenttien nopeudella. Toisa alta se voi kulkeutua 20 % denaturoivassa polyakryyliamidigeelielektroforeesissa 25 emäksen oligonukleotidinopeudella.
Ksyleenisyanolin vetysidoksen luovuttajien määrä on 2 m ja vetysidoksen vastaanottajien määrä on 8. Tämän yhdisteen pyöritettäväksi sidosmääräksi voidaan antaa 7. Ksyleenisyanolin monimutkaisuutta voidaan kuvata 1120 asteena. Sillä on määritetty sidosstereokeskipistemäärä 1.
Mikä on bromifenolisininen?
Bromifenolisininen on hyödyllinen pH-indikaattori, joka on hyödyllinen elektroforeettisena värimerkinnänä ja väriaineena. Sen kemiallinen nimi on 3', 3", 5', 5"-tetrabromifenolisulfonftaleiini, BPB. Tämän yhdisteen kemiallinen kaava on C19H10Br4O5 S. Tämän yhdisteen moolimassa on 669,96 g/mol. Se on hajuton ja sen tiheydeksi voidaan antaa 2,2 g/ml. Sen sulamispiste on 273 celsiusastetta ja sen kiehumispiste on 279 celsiusastetta. Voimme valmistaa sen lisäämällä hitaasti ylimääräistä bromia kuumaan fenolisulfonftaleiiniliuokseen jääetikassa.
Bromifenolisininen on hyödyllinen happo-emäs-indikaattorina pH-alueella 3,0–4,6. Se pystyy muuttumaan keltaisesta pH-arvossa 3,0 pH-arvoon 4,6. Lisäksi se on palautuva reaktio. Rakenteellisesti bromifenolisininen on samanlainen kuin fenolftaleiini.
Lisäksi voimme käyttää sitä värimerkkinä agaroosigeelielektroforeesin ja polyakryyliamidigeelielektroforeesin prosessin seuraamiseen. Tämä aine voi kantaa negatiivista varausta kohtalaisessa pH:ssa, jossa se voi kulkeutua samaan suuntaan kuin DNA tai proteiini geelissä. Migraationopeus voi vaihdella geelin tiheyden ja puskurin koostumuksen mukaan. Tyypillisessä 1 % agaroosigeelissä 1-kertaisessa TAE- tai TBE-puskurissa tämä aine kuitenkin kulkeutuu samalla nopeudella kuin noin 300 emäsparin DNA-fragmentti.
Mitä eroa on ksyleenisyanolilla ja bromifenolisinisellä?
Ksyleenisyanoli ja bromifenolisininen ovat tärkeitä värimerkkejä. Keskeinen ero ksyleenisyanolin ja bromifenolisinisen välillä on, että 1-prosenttisessa agaroosigeelissä ksyleenisyanoli kulkeutuu hitaammin, kun taas bromifenolisininen kulkee nopeammin.
Alla on yhteenveto ksyleenisyanolin ja bromifenolisinisen välisestä erosta taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – Ksyleenisyanoli vs bromifenolisininen
Ksyleenisyanoli ja bromifenolisininen ovat tärkeitä värimerkkejä, joita käytetään agaroosigeelielektroforeesin ja polyakryyliamidigeelielektroforeesin prosessin seurannassa. Keskeinen ero ksyleenisyanolin ja bromifenolisinisen välillä on, että 1-prosenttisessa agaroosigeelissä ksyleenisyanoli kulkeutuu hitaammin, kun taas bromifenolisininen kulkee nopeammin.
