Avainero QTL:n ja GWAS:n välillä riippuu analyysissä käytettyjen sekvenssien tyypistä. QTL käyttää kytkentägeenilokuksia polygeeniseen periytymiseen liittyvien fenotyyppisten ominaisuuksien analysoimiseen, kun taas GWAS käyttää kokonaisia genomin sekvenssejä tietyn tilan yksittäisen nukleotidin polymorfismien analysoimiseen.
QTL-kartat ja GWAS ovat tärkeässä roolissa eri ominaisuuksien geneettisissä analyyseissä. Lisäksi ne ovat tärkeitä analysoitaessa erilaisia sairauksia, joiden etiologiaa ei tunneta. Lisäksi sekvensoinnilla on keskeinen rooli molemmissa tekniikoissa. Nämä tekniikat voidaan edelleen yhdistää muihin suuren suorituskyvyn tekniikoihin tarkkuuden ja tarkkuuden lisäämiseksi.
Mikä on QTL?
QTL on lyhenne sanoista Quantitative Trait Locus. Se on DNA:n alue, joka liittyy fenotyyppiseen piirteeseen. Yleensä QTL aiheuttaa polygeenisiä vaikutuksia. QTL:ien jakautuminen vaihtelee, ja QTL:ien lukumäärä viittaa tietyn fenotyyppisen piirteen vaihteluasteeseen. Lisäksi ne tyypillisesti koodaavat jatkuvia taustapiirteitä eivätkä erillisiä piirteitä.
QTL-alueiden tunnistamisen yhteydessä on tärkeää sekvensoida tietty QTL-alue. Lisäksi tutkimusten ja tutkimuksen helpottamiseksi yhteisten QTL-alueiden sekvenssitietojen sekvensointi ja tallentaminen tapahtuu bioinformatiikan avulla. Kutsumme tätä tekniikkaa QTL-kartoitukseksi. Tämän jälkeen tietokanta muodostuu QTL-alueen sekvensseistä.
Kuva 01: QTL-skannaus
Lisäksi QTL-sekvenssien sovellukset perustuvat pääasiassa BLAST-työkaluun, jossa sekvenssin samank altaisuus voidaan määrittää. Se on tärkeää organismien välisten suhteiden päättämisessä. Lisäksi se on tärkeä määritettäessä tietyn polygeenisen fenotyypin monimutkaisuutta. Se määrittää myös tietyn piirteen kehityksen.
Tällä hetkellä QTL-analyysi yhdistetään muihin korkean suorituskyvyn tekniikoihin, kuten DNA-mikrosiruihin. Tämä on tärkeää fenotyypin ilmentymisanalyysissä. Tällä hetkellä tutkijat ovat erittäin kiinnostuneita QTL-tietokannan kehittämisestä, koska QTL-alueet ovat vastuussa monista eri lajien tärkeistä ominaisuuksista.
Mikä on GWAS?
GWAS on lyhenne sanoista Genome Wide Association Study. Se viittaa myös koko genomin assosiaatiotutkimuksiin. Nämä tutkimukset keskittyvät pääasiassa havainnointitutkimuksiin. Se analysoi eri yksilöiden geneettisiä muunnelmia, jotka yleensä liittyvät tiettyyn ominaisuuteen. Lisäksi koko genomi on tärkeä GWAS-analyysille.
Kuva 02: GWAS
GWAS on tärkeä työkalu eri sairauksiin liittyvien yksittäisten nukleotidien polymorfismien analysoinnissa. Tämä on myös vertaileva tutkimus erilaisista yhden nukleotidin polymorfismeista laajassa populaatiossa. Lisäksi GWAS:n tutkimusotos on erittäin korkea; siksi se on myös poikkileikkauskohorttitutkimuksen muodossa.
Lisäksi ensimmäinen GWAS-tutkimus tehtiin sydäninfarktista ja sydäninfarktiin liittyvien geenien analysoinnista. Tällä hetkellä GWAS:lla on tärkeä rooli monimutkaisten, etiologiaa tuntemattomien sairauksien geneettisen taustan määrittämisessä.
Mitä yhtäläisyyksiä QTL:n ja GWAS:n välillä on?
- He luottavat DNA-sekvenssitietoihin analysoinnissa.
- Molemmat liittyvät eri hahmojen geneettiseen taustaan.
- Lisäksi ne vaativat bioinformatiikan työkaluja tulosten päättämiseen ja tulkitsemiseen.
- Ne tehdään suurille populaatioille.
Mitä eroa on QTL:n ja GWAS:n välillä?
QTL analysoi polygeeniseen periytymiseen liittyviä fenotyyppisiä piirteitä käyttämällä linkitettyjä geenilokuksia, kun taas GWAS analysoi tietyn tilan yksittäisen nukleotidin polymorfismeja käyttämällä kokonaisia genomisekvenssiä. Siten tämä on tärkein ero QTL:n ja GWAS:n välillä. QTL-kartoitus on verrattain vähemmän monimutkainen tekniikka kuin GWAS, koska se vaatii koko genomin sekvensoinnin.
Alla oleva infografiikka tiivistää QTL:n ja GWAS:n välisen eron taulukkomuodossa.
Yhteenveto – QTL vs GWAS
QTL-kartoituksella ja GWAS:lla on tärkeä rooli erilaisten fenotyyppisten piirteiden geneettisen taustan määrittämisessä. Ne auttavat myös eri sairauksien geneettisen taustan analysoinnissa. QTL-kartoitus kartoittaa jatkuvista ominaisuuksista vastuussa olevat kytkentägeenit ja sisältää myös polygeenisten periytymisgeenien kartoituksen. GWAS sitä vastoin tapahtuu koko genomin analysoinnilla yhden nukleotidin polymorfismille. Lisäksi tämä tapahtuu suuremmalla väestöllä. Näin ollen tämä on yhteenveto QTL:n ja GWAS:n välisestä erosta.
