Avainero ehdokasgeenin ja GWAS:n välillä on se, että kandidaattigeenin lähestymistapa tutkii geneettistä vaihtelua pienessä määrässä enn alta määritettyjä kiinnostavia geenejä, kun taas GWAS tutkii koko genomia tietyn sairauden taustalla olevan yhteisen geneettisen muunnelman var alta.
Ehdokasgeenilähestymistapa ja genominlaajuiset assosiaatiotutkimukset (GWAS) ovat kaksi menetelmää, jotka ovat tärkeitä sairauksien geneettisen alttiuden havaitsemiseksi. Ehdokasgeenin lähestymistapa perustuu enn alta määriteltyyn pieneen määrään geenejä, kun taas GWAS perustuu koko genomin testaamiseen. Siksi ehdokasgeenilähestymistapa edellyttää aiempaa tietoa taudin kann alta merkityksellisistä geeneistä, toisin kuin GWAS.
Mikä on ehdokasgeeni?
Ehdokasgeenilähestymistapa on yksi tekniikoista, jotka tutkivat geneettisen variaation yhteyttä enn alta määritettyjen kiinnostavien geenien ja fenotyyppien tai sairaustilojen välillä. Tässä lähestymistavassa tarvitaan ennakkotietoa geenin biologisesta toiminnallisesta vaikutuksesta kyseiseen ominaisuuteen tai sairauteen. Tämän tiedon perusteella pieni määrä geenejä valitaan ja analysoidaan geneettisen muunnelman var alta.
Kuva 01: Ehdokasgeenilähestymistapa
Geenien valinta perustuu tässä lähestymistavassa kyseessä olevaan sairauteen biologiseen, fysiologiseen ja toiminnalliseen merkitykseen. Tämä lähestymistapa on usein suunniteltu tapauskontrollitutkimukseksi.
Mikä on GWAS?
GWAS on lyhenne sanoista Genome-Wide Association Study. Se viittaa myös koko genomin assosiaatiotutkimuksiin. Nämä tutkimukset keskittyvät pääasiassa havainnointitutkimuksiin. He analysoivat eri yksilöiden geneettisiä muunnelmia, jotka yleensä liittyvät tiettyyn ominaisuuteen. Koko genomi on tärkeä GWAS-analyysille.
GWAS on tärkeä työkalu eri sairauksiin liittyvien yksittäisten nukleotidien polymorfismien analysoinnissa. Se on vertaileva tutkimus erilaisista yhden nukleotidin polymorfismeista laajassa populaatiossa. GWAS:n tutkimusotos on erittäin korkea; siksi se on myös poikkileikkauskohorttitutkimuksen muodossa.
Kuva 02: GWAS
Ensimmäinen GWAS-tutkimus tehtiin sydäninfarktista ja sydäninfarktiin liittyvien geenien analysoinnista. Tällä hetkellä GWAS:lla on tärkeä rooli monimutkaisten, etiologiaa tuntemattomien sairauksien geneettisen taustan määrittämisessä.
Mitä yhtäläisyyksiä on ehdokasgeenin ja GWAS:n välillä?
- Sekä ehdokasgeenimenetelmä että GWAS ovat tekniikoita, jotka analysoivat genotyypin ja sairauden fenotyypin välistä geneettistä yhteyttä.
- Molemmat lähestymistavat auttavat ymmärtämään sairaus alttiuden geneettistä perustaa.
Mitä eroa on ehdokasgeenin ja GWAS:n välillä?
Ehdokasgeenin lähestymistapa perustuu ehdokasgeeneihin tai enn alta määritettyihin geeneihin, kun taas GWAS perustuu koko genomiin. Joten tämä on avainero ehdokasgeenin ja GWAS:n välillä. Myös ehdokasgeenilähestymistavassa geenien valinta on välttämätöntä, vaikka sitä ei tarvita GWAS:ssa.
Lisäksi ehdokasgeenilähestymistapa edellyttää ennakkotietoa taudin kann alta oleellisista geeneistä, kun taas se ei ole välttämätöntä GWAS:lle.
Alla infografiikka tarjoaa yksityiskohtaisemman vertailun kandidaattigeenin ja GWAS:n väliseen eroon.
Yhteenveto – ehdokas Gene vs GWAS
Ehdokasgeeni ja GWAS ovat kaksi geeniassosiaatiotutkimusta. Ehdokasgeenilähestymistapa keskittyy sairauteen liittyvään geneettiseen variaatioon pienessä määrässä enn alta määritettyjä geenejä. Sitä vastoin GWAS tutkii sairauteen liittyvää geneettistä vaihtelua koko genomissa. Joten tämä on avainero ehdokasgeenin ja GWAS:n välillä. Molemmat menetelmät ovat tärkeitä taudille alttiuden geneettisen perustan ymmärtämisessä.
