Avainero NGS:n ja WGS:n välillä on, että seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on massiivisesti rinnakkainen toisen sukupolven sekvensointitekniikka, joka on tehokas, edullinen ja nopea, kun taas koko genomin sekvensointi (WGS) on kattava menetelmä solun koko genomisen DNA:n analysoimiseksi yhdellä kertaa käyttämällä sekvensointitekniikoita, kuten Sanger-sekvensointia, haulikkolähestymistapaa tai korkean suorituskyvyn NGS-sekvensointia.
Viime vuosikymmeninä ihmisten ja muiden eläinten genomin ymmärtäminen on lisääntynyt v altavasti nopeiden sekvensointitekniikoiden ja bioinformatiikan työkalujen löytämisen ansiosta. Perinteisillä sekvensointitekniikoilla, kuten Sanger-sekvensoinnilla, oli rajoituksensa, mikä vaati uusien nopeiden sekvensointimenetelmien, kuten seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) ja nanohuokosekvensoinnin, kehittämistä. Koko genomin sekvensointitekniikka (WGS) on uusi lähestymistapa, jota käytetään jo monissa genomitutkimushankkeissa, kuten 100 000 genomiprojektissa Genomic England, Iso-Britannia. Joten NGS ja WGS ovat kaksi sekvensointimenetelmää, joita käytetään tällä hetkellä monissa genomiprojekteissa.
Mikä on NGS?
NGS (seuraavan sukupolven sekvensointi) on massiivisesti rinnakkainen toisen sukupolven sekvensointitekniikka, joka on tehokas, alhainen ja nopea. Seuraavan sukupolven sekvensoinnille ei ole tarkkaa määritelmää. Mutta voimme erottaa sen selvästi tavanomaisista kapillaaripohjaisista sekvensointitekniikoista. Seuraavan sukupolven sekvensointi mahdollistaa sellaisen DNA-molekyylin sekvensoinnin, jonka kokonaiskoko on yli miljoona emäsparia yhdessä kokeessa. Se tarjoaa ennennäkemättömän nopeuden ja korkean suorituskyvyn vaihtoehtoja, kuten mahdollistaa useiden yksilöiden DNA:n sekvensoinnin samanaikaisesti. Tämä saavutetaan pienentämällä yksittäisten sekvensointireaktioiden tilavuutta. Lisäksi tämä rajoittaa myös instrumenttien kokoa ja minimoi reagenssien kustannukset reaktiota kohden.
Kuva 01: NGS-alustat
NGS on lyhytlukuinen sekvensointimenetelmä, joka on jo mullistanut biologisen tutkimuskentän. Lisäksi NGS:ää käytetään useilla aloilla, kuten de novo genomin sekvensoinnissa, koko genomin sekvensoinnissa, transkriptianalyysissä, pienen RNA:n ja mikro-RNA:n sekvensoinnissa, kohdistetussa uudelleensekvensoinnissa ja koko eksomin sekvensoinnissa.
Mikä on WGS?
WGS (koko genomin sekvensointi) on kattava menetelmä solun koko genomisen DNA:n analysoimiseksi yhdellä kertaa käyttämällä sekvensointitekniikoita, kuten Sanger-sekvensointia, haulikkomenetelmää tai korkean suorituskyvyn NGS-sekvensointia. Se tunnetaan myös nimellä täydellinen genomin sekvensointi tai täydellinen genomin sekvensointi. Koko genomin sekvensointi tarkoittaa organismin koko kromosomaalisen DNA:n sekvensointia sekä mitokondrioissa olevan DNA:n ja kasveille kloroplastin DNA:n sekvensointia yhdellä kertaa. WGS:n avulla tutkijat voivat lukea tarkan sekvenssin kaikista kirjaimista, jotka muodostavat täydellisen DNA:n sarjan. NGS-alustaa käyttävän WGS:n odotetaan mullistavan kliinisen asennuksen.
Kuva 02: WGS vs hierarkkinen haulikkosekvenssi
Koko genomin sekvensointi otettiin käyttöön kliinisessä hoidossa vuonna 2014. Lisäksi WGS:n soveltamiseen kuuluu geenisekvensointi SNP-tasolla funktionaalisten varianttien paikantamiseksi assosiaatiotutkimuksissa, terapeuttinen interventio personoidussa lääketieteessä, evoluutiobiologia, vertaileva genomianalyysi, mutaatioiden ja uudelleenjärjestelyjen tutkimukset, harvinaisten varianttien assosiaatiotutkimukset ja sairausherkkyyden ja lääkevasteen ennustaminen.
Mitä yhtäläisyyksiä NGS:n ja WGS:n välillä on?
- NGS ja WGS ovat kaksi sekvensointitekniikkaa.
- Molemmat tekniikat joko sekvensoivat DNA:ta tai RNA:ta.
- Nämä tekniikat ovat uusia ja luotettavia.
- Niitä molempia käytetään sairauksien diagnosoinnissa ja lääkkeiden löytämisessä.
Mitä eroa on NGS:n ja WGS:n välillä?
NGS on massiivisesti rinnakkainen toisen sukupolven sekvensointitekniikka, joka on tehokas, alhainen ja nopea, kun taas WGS on kattava menetelmä solun koko genomisen DNA:n analysoimiseen yhdellä kertaa käyttämällä sekvensointitekniikoita, kuten kuten Sanger-sekvensointi, haulikkolähestyminen tai korkean suorituskyvyn NGS-sekvensointi. Joten tämä on avainero NGS:n ja WGS:n välillä. Lisäksi NGS koostuu vain toisen sukupolven sekvensointimenetelmistä, kun taas WGS koostuu ensimmäisen, toisen ja kolmannen sukupolven sekvensointimenetelmistä.
Seuraava taulukko esittää erot NGS:n ja WGS:n välillä taulukkomuodossa rinnakkain vertailua varten.
Yhteenveto – NGS vs WGS
Viime vuosikymmeninä erilaisia sekvensointitekniikoita on sovellettu rutiininomaisesti nykyaikaisessa molekyylitutkimuksessa. Ja jopa ne ovat erittäin tehokkaita työkaluja moniin kliinisiin sovelluksiin. NGS ja WGS ovat kaksi sekvensointimenetelmää, jotka ovat tällä hetkellä mukana monissa genomiprojekteissa. NGS on toisen sukupolven sekvensointitekniikka, joka on tehokas, alhainen ja nopea. Toisa alta WGS on menetelmä, jolla analysoidaan solun koko genominen DNA tai koko genominen DNA yhdellä kertaa käyttämällä sekvensointitekniikoita, kuten Sanger-sekvensointia, haulikkolähestymistapaa tai korkean suorituskyvyn NGS-sekvensointia. Joten tämä on yhteenveto NGS:n ja WGS:n välisestä erosta.
