Avainero – VNTR vs STR
DNA-tutkimuksista on v altavasti hyötyä fylogeneettisten suhteiden ymmärtämisessä ja määrittämisessä, geneettisten sairauksien diagnosoinnissa ja organismien genomien kartoittamisessa. Useita DNA-analyysiin liittyviä tekniikoita käytetään tietyn geenin tai DNA-sekvenssin tunnistamiseen tuntemattoman DNA:n poolista. Ne tunnetaan geneettisinä markkereina. Geneettisiä markkereita käytetään molekyylibiologiassa yksilöiden ja lajien välisen geneettisen vaihtelun tunnistamiseen. Muuttuvan lukumäärän tandemtoisto (VNTR) ja lyhyt tandemtoisto (STR) ovat kahden tyyppisiä geneettisiä markkereita, jotka osoittavat polymorfismia yksilöiden välillä. Molemmat tyypit ovat ei-koodaavia toistuvia DNA: ta, jotka ovat tandem-toistoja. Ne on järjestetty kromosomeihin päästä häntään. VNTR on genomin osa, jossa lyhyt nukleotidisekvenssi toistetaan useita kertoja. STR on toinen osa DNA:ta genomissa, joka on järjestetty toistuviksi yksiköiksi, jotka koostuvat kahdesta kolmeentoista nukleotidista sata kertaa. avainero VNTR:n ja STR:n välillä on nukleotidien lukumäärä toistuvassa sekvenssissä. VNTR:n toistuvat yksiköt koostuvat 10-100 nukleotidista, kun taas STR:n toistuva yksikkö koostuu 2-13 nukleotidista. VNTR ja STR ovat laaj alti käytössä oikeuslääketieteellisissä tutkimuksissa.
Mikä on VNTR?
Tandemtoisto on lyhyt DNA-sekvenssi, joka toistuu päästä häntään tietyssä kromosomaalisessa lokuksessa. Tandemtoistossa ei ole muuta sekvenssiä tai nukleotidia. Genomissa on useita tyyppejä tandemtoistoja. VNTR on niiden joukossa eräänlainen tandemtoisto, jossa on toistuvia yksiköitä, jotka koostuvat 10-100 nukleotidista. VNTR on eräänlainen minisatelliitti. Näitä tandemtoistoja löytyy monista kromosomeista. Ne sijaitsevat ihmisen genomissa ja sijaitsevat pääasiassa kromosomien subtelomeerisilla alueilla.
VNTR:t osoittavat yksilöiden välistä tandem-toistopolymorfismia. VNTR:n pituus tietyssä kromosomin sijainnissa vaihtelee suuresti yksilöiden välillä johtuen kyseiseen DNA-osaan järjestäytyneiden toistuvien yksiköiden lukumäärän vaihtelusta. Siksi VNTR:ää voidaan käyttää tehokkaana työkaluna yksilöiden tunnistamisessa, ja VNTR-analyysiä hyödynnetään monilla aloilla, kuten genetiikassa, biologian tutkimuksessa, oikeuslääketieteessä ja DNA-sormenjälkien ottamisessa. VNTR:t olivat ensimmäiset geneettiset markkerit, joita käytettiin luuytimen siirron kvantifiointiin. VNTR:t olivat myös ensimmäiset polymorfiset markkerit, joita käytettiin DNA-profiloinnissa oikeuslääketieteessä.
Kuva 01: VNTR:n vaihtelu kuudella yksilöllä
VNTR-analyysi suoritetaan restriktiofragmentin pituuspolymorfismin avulla, jota seuraa eteläinen hybridisaatio. Siksi se tarvitsee suhteellisen suuren DNA-näytteen. VNTR-profiilin tulkinta on myös ongelmallista. Näiden rajoitusten vuoksi VNTR:n käyttöä oikeuslääketieteellisessä genetiikassa on rajoitettu ja se korvataan STR-analyysillä.
Mikä on STR?
STR on erittäin toistuva DNA-osio, joka koostuu kahdesta kolmeentoista toistuvasta nukleotidiyksiköstä, jotka on järjestetty tandem-tavalla. STR on samanlainen kuin VNTR. Mutta se vaihtelee VNTR:stä toistuvan sekvenssin nukleotidien lukumäärästä ja toistojen määrästä. STR on eräänlainen mikrosatelliitti.
STR-analyysi, joka liittyy toistuvien yksiköiden tarkan määrän mittaamiseen. STR:t vaihtelevat suuresti yksilöiden välillä, kuten VNT:t. STR-profiilit vaihtelevat henkilöittäin. Siksi STR-analyysiä käytetään molekyylibiologiassa kahden tai useamman näytteen DNA:n spesifisten lokusten vertaamiseen. Siksi STR:itä pidetään tehokkaina geneettisinä markkereina molekyylibiologiassa. Se tarjoaa erinomaisen työkalun yksilöiden tunnistamiseen niiden korkean polymorfismin ja suhteellisen lyhyen pituuden vuoksi.
Tällä hetkellä STR:t ovat yleisimmin käytetty analysoitu geneettisen polymorfismin työkalu oikeusgenetiikan alalla. Useimmat oikeuslääketieteen tapaustyöt sisältävät STR-polymorfisen analyysin. STR-lokukset ovat levinneet koko genomiin. Kromosomeissa on tuhansia STR:itä, joita voidaan käyttää oikeuslääketieteellisessä analyysissä. STR-analyysi ei sisällä restriktiopituuden polymorfiaa, kuten VNTR-analyysi. STR-analyysi ei leikkaa DNA:ta restriktioentsyymeillä. Spesifisiä koettimia käytetään haluttujen alueiden kiinnittämiseen DNA:han ja PCR-tekniikalla määritetään STR:n pituudet.
Kuva 02: STR-vaihtelu näytteiden välillä
Mitä yhtäläisyyksiä VNTR:n ja STR:n välillä on?
- VNTR ja STR ovat ei-koodaavaa DNA:ta.
- Molemmat ovat tandemtoistoja.
- Molemmat osoittavat yksilöiden välistä polymorfismia DNA-osan pituuden eron vuoksi.
- Molempia käytetään tehokkaina geneettisinä markkereina DNA-sormenjäljessä ja oikeuslääketieteellisissä tutkimuksissa.
Mitä eroa on VNTR:n ja STR:n välillä?
VNTR vs STR |
|
| VNTR on ei-koodaava toistuva DNA, jonka lyhyt nukleotidisekvenssi toistuu tandem-tavalla. | STR on erittäin toistuva DNA-osio, joka koostuu kahdesta kolmeentoista toistuvasta nukleotidiyksiköstä, jotka on järjestetty peräkkäin. |
| Koko | |
| VNTR:t ovat suurempia kuin STR:t. | STR:t ovat pienempiä kuin VNTR:t. |
| Nukleotidien lukumäärä toistuvassa sekvenssissä | |
| VNTR:n toistuva yksikkö koostuu 10-100 nukleotidista. | STR:n toistuva yksikkö koostuu 2-13 nukleotidista. |
Yhteenveto – VNTR vs STR
VNTR ja STR ovat kaksi voimakasta geneettistä markkeria, joita käytetään molekyylibiologiassa, erityisesti oikeusgenetiikan alalla. VNTR on eräänlainen minisatelliitti ja STR on mikrosatelliitti. VNTR ja STR ovat ei-koodaavia, erittäin toistuvia DNA: ta. Ne ovat tandem-toistoja. VNTR:n ja STR:n yleinen rakenne on sama. Toistuvan sekvenssin nukleotidien lukumäärä ja pituus ovat kuitenkin erilaisia. VNTR:ssä on toistuvia sekvenssejä, jotka koostuvat 10-100 nukleotidista. STR:ssä on toistuvia sekvenssejä, jotka koostuvat 2-13 nukleotidista. Tämä on ero VNTR:n ja STR:n välillä.
Lataa PDF-versio VNTR vs STR
Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainaushuomautuksen mukaisesti. Lataa PDF-versio tästä Ero VNTR:n ja STR:n välillä.
