Avainero dATP:n ja ddATP:n välillä on, että dATP ei päätä DNA-synteesiä, kun taas ddATP pystyy lopettamaan DNA-synteesin. Tämä johtuu siitä, että ddATP:ssä on H-atomi kiinnittynyt pentoosisokerin 3'-asemaan, kun taas dATP:ssä on OH-ryhmä kiinnittyneenä 3'-asemaan.
dNTP:t ovat DNA:n rakennuspalikoita. dNTP:itä on neljää tyyppiä puriini- tai pyrimidiiniemästen mukaan - dATP yksi niistä. dATP:n typpipitoinen emäs on adenosiini. ddNTP:t ovat Sanger-sekvensoinnissa käytettyjä nukleotideja. DdNTP:itä on neljää tyyppiä. ddATP on ddNTP.
Mikä on dATP?
Deoksiadenosiinitrifosfaatti on nukleotidi, joka on DNA:n rakennuspalikka. DNA-polymeraasientsyymi käyttää dATP:tä DNA-synteesin substraattina. dATP:ssä on kolme komponenttia: deoksiriboosisokerimolekyyli, adenosiini ja kolme fosfaattiryhmää. Siksi se on puriininukleosiditrifosfaatti. dATP:n kemiallinen kaava on C10H16N5O12 P3, ja sen molekyylimassa on 491.182.
Kuva 01: dATP
dATP eroaa ATP:stä (adenosiinitrifosfaatista) sokerikomponenttien suhteen. ATP:ssä on riboosisokeria. dATP-emäsparit urasiilinukleotidin kanssa transkription aikana. DNA-synteesiin osallistumisen lisäksi dATP voi toimia myös energiaa siirtävänä molekyylinä ylläpitämään solujen elinkykyä. Korkea dATP-taso kehossa on myrkyllistä, koska se voi toimia ei-kilpailevana ribonukleotidireduktaasientsyymin estäjänä. Se voi johtaa immuunijärjestelmän heikkenemiseen.
Mikä on ddATP?
Dideoksiadenosiinitrifoafaatti tai ddATP on yksi Sangerin sekvensointimenetelmässä käytetyistä neljästä nukleotidityypistä. Rakenteellisesti ddATP:ssä on myös kolme dATP:n k altaista komponenttia. Ne ovat adeniiniemäs, deoksiriboosisokeri ja kolme fosfaattia.
Kuva 02: ddATP
Toisin kuin dATP:stä ddATP:stä puuttuu OH-ryhmä pentoosisokerin 3'-asemassa, jotta se muodostaisi fosfodiesterisidoksen viereisen nukleotidin kanssa ja jatkaisi ketjun pidentymistä. Siinä on H-atomi 3'-asemassa. Siksi, kun ddATP on sisällytetty, DNA-synteesi päättyy. Se on Sanger-sekvensoinnin perusperiaate. Siksi ddATP toimii ketjun pidentymisen estäjänä Sanger-sekvensoinnissa. Sanger-sekvensoinnissa käytetään neljää putkea ja ddATP lisätään yhteen putkeen.
Mitä yhtäläisyyksiä dATP:n ja ddATP:n välillä on?
- dATP ja ddATP ovat nukleotideja.
- Molemmat koostuvat adeniinista, deoksiriboosista ja kolmesta fosfaatista.
- Ne ovat orgaanisia yhdisteitä.
- Sekä dATP että ddATP lisätään putkiin Sanger-sekvensoinnissa.
Mitä eroa dATP:llä ja ddATP:llä on?
dATP:ssä on OH-ryhmä pentoosisokerin 3'-asemassa, kun taas ddATP:stä puuttuu OH-ryhmä pentoosisokerin 3'-asemassa. Lisäksi dATP on monomeeri, jota käytetään DNA-synteesissä, kun taas ddATP:tä käytetään lopettamaan ketjun pidentyminen Sanger-sekvensoinnin aikana. Joten tämä on avainero dATP:n ja ddATP:n välillä. Lisäksi dATP voi muodostaa fosfodiesterisidoksia, kun taas ddATP ei voi muodostaa fosfodiesterisidoksia.
Alla infografiikka näyttää enemmän eroja dATP:n ja ddATP:n välillä taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – dATP vs ddATP
Lyhyesti sanottuna dATP on DNA-synteesin esiaste, kun taas ddATP on nukleotidi, jota käytetään DNA-synteesin lopettamiseen Sanger-sekvensoinnissa. Lisäksi dATP:ssä on OH-ryhmä pentoosisokerin 3'-asemassa ja se mahdollistaa fosfodiesterisidoksen muodostumisen seuraavan nukleotidin kanssa. Samaan aikaan ddATP:stä puuttuu OH-ryhmä 3'-asemassa; näin ollen se ei pysty muodostamaan fosfodiesterisidosta seuraavan nukleotidin kanssa. Tämän seurauksena DNA-sekvenssi lopettaa pidentymisen. Tämä siis tiivistää eron dATP:n ja ddATP:n välillä.
