Avainero ITS1:n ja ITS2:n välillä on, että ITS1 on välike-DNA, joka sijaitsee 18S- ja 5.8S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa, kun taas ITS2 on välike-DNA, joka sijaitsee 5,8S- ja 28S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa.
Internal transcribed spacer (ITS) on spacer-DNA, joka sijaitsee tavallisesti pienen alayksikön ribosomaalisen RNA:n ja suuren alayksikön ribosomaalisen RNA-geenien välissä kromosomissa tai vastaavalla transkriptoidulla alueella polykistronisessa rRNA-prekursoritranskriptimolekyylissä. Bakteereissa ja arkeissa on vain yksi ITS 16S- ja 23S-rRNA-geenien välillä. Mutta eukaryooteissa on kaksi ITS-välike-DNA:ta: ITS1 (välillä 18S ja 5.8S rRNA -geenit) ja ITS2 (5,8S ja 28S rRNA:n välillä). Siksi ITS1 ja ITS2 ovat kaksi välike-DNA:ta, jotka löytyvät eukaryoottien rRNA-geenien väliltä.
Mikä on ITS1?
ITS1 on välike-DNA, joka sijaitsee 18S- ja 5.8S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa. ITS viittaa osaan ei-toiminnallista spacer DNA:ta, joka sijaitsee rRNA-geenien välissä. ITS1:llä on suurempi pituusvaihtelu kuin ITS2:lla. ITS1:n pituusvaihtelu on noin (200-300 bp). ITS-markkerit, kuten ITS1, ovat osoittaneet tehokkuutensa eri taksonien välisten fylogeneettisten suhteiden selvittämisessä. Lisäksi ITS1-välike-DNA on vähemmän konservoitunut kuin ITS2-välike-DNA. ITS1-rakenteet säilyvät vain paljon pienemmissä taksonomisissa yksiköissä. Jokainen eukaryoottinen ribosomiklusteri sisältää myös alueita, joita kutsutaan ulkoisiksi transkriptoiduiksi välikkeiksi (5' ja 3' ETS).
Kuva 01: ITS1-alue
ITS1-välike-DNA on hyvin lähellä 5' ulkoista transkriptoitua välikappaletta (5' ETS). Lisäksi, jos joku haluaa vahvistaa ITS1-aluetta fylogeneettisiä suhdetutkimuksia varten, hänen on käytettävä tiettyä alukeparia (käänteis- ja eteenpäin-alukkeet) tähän tarkoitukseen. ITS1-alueen vahvistamiseksi laboratorioiden PCR-protokollassa käytetään normaalisti kahta alukesarjaa. Ne ovat ITS1 eteenpäin ja ITS2 taaksepäin tai ITS1 eteenpäin ja ITS4 taaksepäin.
Mikä on ITS2?
ITS2 on välike-DNA, joka sijaitsee 5.8S- ja 28S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa. ITS2-alueella on lyhyempi pituusvaihtelu kuin ITS1-alueella. ITS2:n pituusvaihtelu on noin (180-240 bp). ITS2-alue on kuitenkin monissa taksonomisissa yksiköissä konservoituneempi kuin ITS1-alue. Se tunnistaa, että kaikilla ITS2-sekvensseillä on yhteinen toissijaisen rakenteen ydin. Lisäksi 40 % ITS2-alueesta on säilynyt kaikkien koppisiementen joukossa, kun taas on mahdollista kohdistaa 50 % ITS2-alueesta perheen ja korkeamman tason välillä.
Kuva 02: ITS2-alue
Säilytyksen laajuudesta riippumatta ITS2-alueen, kuten ITS1-alueen, käyttö on myös erittäin suosittua fylogeneettisissa suhdetutkimuksissa, erityisesti sieni-DNA-viivakoodauksessa. ITS2-alueen vahvistamiseksi laboratorioiden PCR-protokollassa käytetään yleensä erityistä alukesarjaa. Se on ITS1 eteenpäin ja ITS4 taaksepäin. Mutta kun PCR-protokolla käyttää tätä alukesarjaa, se myös vahvistaa ITS1-alueen yhdessä ITS2-alueen kanssa. Lisäksi ITS2-välike-DNA on hyvin lähellä 3'-ulkoista transkriptoitua välikappaletta (3' ETS).
ITS1:n ja ITS2:n samank altaisuudet
- ITS1 ja ITS2 ovat kaksi välikappale-DNA:ta, jotka sijaitsevat rRNA-geenien välissä.
- Ne esiintyvät vain eukaryooteissa.
- Molempia voidaan vahvistaa käyttämällä tiettyjä alukepareja.
- Ne molemmat leikataan pois rRNA:n kypsymisen yhteydessä ei-toiminnallisina sivutuotteina.
- Molemmat ovat erittäin tärkeitä fylogeneettisille sukulaisuustutkimuksille, erityisesti sieni-DNA-viivakoodauksessa.
Ero ITS1:n ja ITS2:n välillä
ITS1 on välike-DNA, joka on 18S- ja 5,8S-rRNA-geenien välillä eukaryooteissa, kun taas ITS2 on välike-DNA, joka sijaitsee 5,8S- ja 28S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa. Joten tämä on avainero ITS1:n ja ITS2:n välillä. Lisäksi ITS1:llä on suurempi pituusvaihtelu verrattuna ITS2:een. Toisa alta ITS2:n pituusvaihtelu on lyhyempi kuin ITS1. Tämä on toinen ero ITS1:n ja ITS2:n välillä.
Alla olevassa infografiikassa luetellaan erot ITS1:n ja ITS2:n välillä taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – ITS1 vs ITS2
Sisäinen transkriptioalue (ITS) on ei-toiminnallinen välikappale-DNA:n pala, joka sijaitsee rRNA-geenien välissä. Bakteereissa ja arkeissa on vain yksi ITS-alue. Mutta eukaryooteissa on kaksi ITS-aluetta: ITS1 ja ITS2. ITS1 on välike-DNA, joka sijaitsee eukaryooteissa 18S- ja 5.8S-rRNA-geenien välissä, kun taas ITS2 on välike-DNA, joka sijaitsee 5.8S- ja 28S-rRNA-geenien välissä eukaryooteissa. Näin ollen tämä on yhteenveto ITS1:n ja ITS2:n välisestä erosta.
