Avainero FISH:n ja CGH:n välillä on se, että FISH on molekyylitekniikka, joka havaitsee tietyn DNA-sekvenssin kromosomista käyttämällä fluoresoivasti leimattuja koettimia, kun taas CGH on toinen molekyylisytogeneettinen tekniikka, joka havaitsee genomisen DNA:n muutokset.
Sytogeneettisellä analyysillä on tärkeä rooli lääketieteessä havaittaessa kromosomipoikkeavuuksia, kuten aneuploidia, deleetiot, päällekkäisyydet ja uudelleenjärjestelyt jne. Kromosomipoikkeavuudet johtavat lopulta geneettisiin sairauksiin, kuten syöpään, hedelmättömyyteen, Downin oireyhtymään, Klinefelterin oireyhtymään, Turneriin. oireyhtymä, leukemia jne. On olemassa erilaisia molekyylisytogeneettisiä menetelmiä edellä mainittujen vikojen ja sairauksien havaitsemiseksi. Niiden joukossa FISH (fluoresoiva in situ -hybridisaatio) ja CGH (vertailu genominen hybridisaatio) ovat kaksi tehokasta hybridisaatiotekniikkaa. Molemmilla tavoilla on kuitenkin hyvät ja huonot puolensa.
Mikä on FISH?
FISH on nukleiinihappohybridisaatiotekniikka, joka suoritetaan kudoksen osalle tai osalle koko kudoksessa tai soluissa. Se on anturipohjainen menetelmä. Tekniikka perustuu Watson Crickin komplementaarisen emäsparin teoriaan, jolloin tuloksena on joko DNA-DNA-hybridit tai DNA-RNA-hybridit, jotka voivat siten havaita mutatoituneita geenejä tai tunnistaa kiinnostavan geenin. Lisäksi tämä tekniikka käyttää yksijuosteisia DNA-sekvenssejä, kaksijuosteisia DNA-sekvenssejä, yksijuosteisia RNA-sekvenssejä tai synteettistä oligonukleotidia, joka on valmistettu käyttämällä nick-translaatiota koettimina, jotka ovat komplementaarisia kiinnostaville geenisekvensseille. Lisäksi tämän tekniikan tärkein ominaisuus on koettimien leimaus fluoresenssiväreillä. Siten koettimet sitoutuvat kromosomin komplementaarisiin osiin ja helpottavat havaitsemista.
Lisäksi FISH on erittäin herkkä ja spesifinen menetelmä. Siksi se on yleinen tekniikka hematologisten pahanlaatuisten kasvainten ja kiinteiden kasvainten tutkimuksessa ja diagnosoinnissa. FISH näyttää kuitenkin alhaisen resoluution. Koetinsekvenssien suunnittelu edellyttää myös aiempaa tietoa kohteen poikkeavuudesta.
Kuva 01: KALA
FISH:lla on monia sovelluksia, pääasiassa infektiotautien molekyylidiagnostiikassa taudinaiheuttajien tunnistamiseksi ja taudinaiheuttajan vahvistamiseksi molekyylidiagnostiikan avulla. Lisäksi FISH on yleisesti käytetty tekniikka kehitysbiologian, karyotyypityksen ja fylogeneettisen analyysin sekä kromosomien fyysisen kartoituksen aloilla.
Mikä on CGH?
Vertaileva genominen hybridisaatio (CGH) on toinen DNA-pohjainen molekyylisytogeneettinen tekniikka, jolla voidaan havaita genomisen DNA-sekvenssien muutokset. Menetelmä on edistynyt menetelmä, jolla voidaan analysoida kromosomi- ja geenimuunnelmia genomisen DNA-sekvenssien muutosten havaitsemiseksi. Lisäksi CGH vaatii DNA:n eristämisen ja fragmentoinnin koenäytteestä ja vertailunäytteestä. Sitten näytteet tulee merkitä kahdella eri fluoresoivalla väriaineella (yleensä punainen ja vihreä). Myöhemmin molemmat näytteet sekoitetaan ja annetaan kilpailevaan hybridisaatioon. Viimeinen vaihe on näytteiden analyysi DNA-muutosten, kuten geenin monistumisen, geenin katoamisen jne. var alta. Erityisesti se mittaa DNA-kopiomäärän eroja testinäytteen ja kontrollinäytteen välillä.
Kuva 02: CGH
Toinen versio CGH:sta on nyt saatavilla; se on edistyneempi menetelmä kuin normaali CGH. Se on tekniikka, jota kutsutaan taulukkopohjaiseksi CGH:ksi tai aCGH:ksi. aCGH mahdollistaa geenien tai sekvenssien deleetioiden tarkan tunnistamisen useissa tuhansissa sekvensseissä yhdessä kokeessa.
Mitä yhtäläisyyksiä FISH:n ja CGH:n välillä on?
- FISH ja CGH ovat kaksi molekyylitekniikkaa.
- Sekä FISH että CGH ovat riippuvaisia nukleiinihappohybridisaatiosta.
- Myös molemmissa tekniikoissa tarvitaan suunniteltuja koettimia tiettyjen DNA-kohteiden havaitsemiseksi.
- Käytämme niitä geneettisten sairauksien pre- ja postnataaliseen diagnosointiin.
- Lisäksi sekä FISH että CGH ovat erittäin tehokkaita työkaluja genomimuutosten tutkimiseen.
- He käyttävät fluoresoivia väriaineita koettimien merkitsemiseen.
Mitä eroa FISHilla ja CGH:lla on?
FISH on in situ -hybridisaatiomenetelmä, joka käyttää fluoresoivia koettimia tiettyjen DNA-sekvenssien havaitsemiseen, kun taas CGH on molekyylihybridisaatiotekniikka, joka havaitsee genomisen DNA-sekvenssien muutokset. Joten tämä on tärkein ero FISHin ja CGH:n välillä.
Lisäksi FISH vaatii aiempaa tietoa kohteen poikkeavuudesta koetinsekvenssien suunnittelemiseksi, kun taas CGH ei vaadi aiempaa tietoa. Toinen ero FISH:n ja CGH:n välillä on myös se, että FISH näyttää rajoitetun resoluution, kun taas aCGH näyttää korkeaa resoluutiota.
Alla oleva infografiikka tiivistää FISHin ja CGH:n välisen eron.
Yhteenveto – FISH vs CGH
FISH ja CGH ovat kaksi molekyylisytogeneettistä tekniikkaa, jotka helpottavat kiinnostavien geenisekvenssien havaitsemista. FISH helpottaa spesifisen DNA-sekvenssin havaitsemista kromosomissa käyttämällä fluoresoivasti leimattuja koettimia, kun taas CGH helpottaa genomisen DNA:n muutosten havaitsemista. Joten tämä on tärkein ero FISHin ja CGH:n välillä.
