Avainero CGH:n ja array-CGH:n välillä on, että CGH on perinteinen molekyylisytogeneettinen menetelmä, jolla analysoidaan kopioluvun vaihtelua pienemmän resoluution omaavasta testinäytteestä, kun taas array CGH on täysin automatisoitu molekyylisytogeneettinen menetelmä analysoidaan kopioluvun vaihtelua korkeamman resoluution omaavan testinäytteen DNA:ssa.
CGH ja array CGH ovat kaksi tekniikkaa yksilöiden kopiomäärän vaihteluiden havaitsemiseksi. Kopioiden lukumäärän vaihtelu viittaa genomin osiin, jotka toistuvat. Kopioiden määrä vaihtelee yksilöittäin. Kopioiden lukumäärän vaihtelut luokitellaan yleensä kahteen ryhmään: lyhyet toistot ja pitkät toistot. Yksi tunnetuimmista esimerkeistä lyhyestä kopiomäärän vaihtelusta on CAG-trinukleotidin toisto huntingtin-geenissä. Tämä aiheuttaa neurologisen häiriön nimeltä huntingtin. Paras esimerkki pitkien toistojen kopioluvun vaihtelusta on alfa-amylaasigeeni, joka aiheuttaa insuliiniresistenssin. Kopioiden lukumäärän vaihtelu voidaan havaita tekniikoilla, kuten FISH, CGH ja array CGH.
Mikä on CGH?
CGH on perinteinen molekyylisytogeneettinen menetelmä testinäytteen DNA:n kopioluvun vaihtelun analysoimiseksi vertailunäytteeseen verrattuna. Sillä on pienempi resoluutio verrattuna automatisoituihin tekniikoihin. Tämän tekniikan tavoitteena on verrata nopeasti ja tehokkaasti kahta genomista DNA-näytettä, jotka ovat peräisin eri lähteistä.
Kuva 01: CGH
Toimenpide sisältää DNA:n eristämisen kahdesta lähteestä: testistä ja vertailusta. Sitten seuraava vaihe on testi- ja vertailu-DNA-näytteiden itsenäinen leimaus erivärisillä fluoroforeilla. Myöhemmin kaksi DNA-näytettä denaturoitiin yksijuosteisten DNA-näytteiden saamiseksi. Lopuksi suoritettiin kahden tuloksena saadun DNA-näytteen hybridisaatio suhteessa 1:1 kromosomien normaaliin metafaasilevitykseen. Kromosomierot voidaan tunnistaa näiden kahden lähteen välillä käyttämällä fluoresenssimikroskooppia ja tietokoneohjelmistoa. Lisäksi CGH-tekniikka pystyy havaitsemaan vain epätasapainoisia kromosomipoikkeavuuksia.
Mikä on Array CGH?
Array CGH on täysin automatisoitu molekyylisytogeneettinen menetelmä testinäytteen DNA:n kopioluvun vaihtelun analysoimiseksi vertailunäytteeseen verrattuna. Siinä on korkeampi resoluutio, ja se on kehitetty minimoimaan perinteisen CGH:n rajoitukset. Array CGH yhdistää CGH:n periaatteet mikrosirujen käyttöön. Sen sijaan, että käytettäisiin metafaasikromosomeja, tämä menetelmä käyttää kohteina diat, joissa on pieniä DNA-segmenttejä. Nämä mikrosirut tehtiin tallettamalla ja immobilisoimalla pieni määrä DNA:ta (koettimia) kiinteälle lasikantajalle. Koettimien koko voi vaihdella oligonukleotidista bakteerin keinotekoiseen kromosomiin.
Kuva 02: Joukko CGH
Koettimista riippumatta CGH-taulukon perusmenetelmä on samanlainen kuin CGH. Kun mikrosirua sisältävät koettimet on valmistettu, kaksi erivärisillä fluoroforeilla leimatut DNA-näytettä (testi ja vertailu) sekoitetaan yhteen ja lisätään mikrosiruun. Koska näytteiden DNA on yksijuosteinen denaturaation vuoksi, tämä DNA hybridisoituu ryhmiteltyjen yksijuosteisten koettimien kanssa. Digitaalisen kuvantamisjärjestelmän avulla on mahdollista tunnistaa kromosomierot näiden kahden lähteen välillä.
Mitä yhtäläisyyksiä CGH:n ja Array CGH:n välillä on?
- CGH ja array CGH ovat kaksi tekniikkaa kopioluvun vaihteluiden havaitsemiseen.
- Ne ovat molekyylisytogeneettisiä menetelmiä.
- Molemmat menetelmät diagnosoivat epätasapainoisia kromosomipoikkeavuuksia.
- Fluoroforit ovat mukana molemmissa menetelmissä.
- Molempia menetelmiä voidaan käyttää kopiomäärän vaihteluista johtuvien geneettisten häiriöiden havaitsemiseen.
- Niitä käytetään laaj alti vertailevassa genomianalyysissä.
Mitä eroa on CGH:n ja Array CGH:n välillä?
CGH on perinteinen molekyylisytogeneettinen menetelmä testinäytteen DNA:n kopioluvun vaihtelun analysoimiseksi, jolla on pienempi resoluutio, kun taas array CGH on täysin automatisoitu molekyylisytogeneettinen menetelmä testinäytteen DNA:n kopioluvun vaihtelun analysoimiseen. jolla on korkeampi resoluutio. Joten tämä on avainero CGH:n ja taulukon CGH:n välillä. Lisäksi CGH:ssa testi- ja vertailu-DNA-näytteet hybridisoituvat kromosomien normaalin metafaasilevityksen kanssa, mutta ryhmä-CGH:ssa testi- ja vertailu-DNA-näytteet hybridisoituvat mikrosirua sisältävien immobilisoitujen DNA-koettimien kanssa.
Alla oleva infografiikka luettelee CGH:n ja taulukon CGH:n väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – CGH vs Array CGH
CGH ja ryhmä-CGH ovat kaksi molekyylisytogeneettistä tekniikkaa epätasapainoisten kromosomipoikkeavuuksien havaitsemiseksi. Niitä käytetään laajasti vertailevassa genomianalyysissä. CGH on perinteinen molekyylisytogeneettinen menetelmä, jolla analysoidaan kopioluvun vaihtelua pienemmän resoluution omaavasta testinäytteestä. Sitä vastoin array CGH on täysin automatisoitu molekyylisytogeneettinen menetelmä korkeamman resoluution omaavan testinäytteen DNA:n kopioluvun vaihtelun analysoimiseksi. Näin ollen tämä tiivistää eron CGH:n ja taulukon CGH:n välillä.
