Avainero molekyylien telakoinnin ja pisteytyksen välillä on se, että telakointi on tekniikka, jota käytetään kahden molekyylin välisen sitoutumisaffiniteetin määrittämiseen, kun taas pisteytys on prosessi, jossa arvioidaan tietty asento laskemalla suotuisten molekyylien välisten vuorovaikutusten lukumäärä.
Termejä molekyylitelakka ja pisteytys käytetään molekyylimallinnuksen alalla. Molekyylimallinnus on tekniikka, jolla määritetään eri molekyylien mahdolliset järjestelyt tietyssä aineessa. Tämä tekniikka on tärkeä uusien stabiilien yhdisteiden luomisessa.
Mitä on molekyylitelakointi?
Molecular docking on laskennallinen simulaatio ehdokasligandin sitoutumisesta reseptoriin. Tämä menetelmä ennustaa yhden molekyylin edullisen orientaation toiseen molekyyliin, kun ne ovat sitoutuneet toisiinsa muodostaen stabiilin kompleksin. Tällä tekniikalla saatuja tuloksia voidaan käyttää kahden molekyylin välisen assosiaatiovoiman tai sitoutumisaffiniteetin ennustamiseen. Tässä molekyylien pisteytysfunktio on myös tärkeä.
Kuva 01: Yksinkertainen kaavio, joka esittää molekyylien vuorovaikutusprosessia biologisissa järjestelmissä
Yleensä tämä tekniikka ottaa huomioon biologisesti merkitykselliset molekyylit, kuten proteiinit, peptidit, nukleiinihapot, hiilihydraatit ja lipidit. Nämä molekyylit ovat erittäin tärkeitä, ja niillä on tärkeä rooli kehomme signaalinsiirtomekanismeissa. Siksi näiden kahden molekyylin orientaatio, jotka sitoutuvat tähän signaalinsiirtoprosessiin, vaikuttaa tässä tuotetun signaalin tyyppiin. Se tarkoittaa; molekyylitelakka on tärkeä määritettäessä sekä signaalin voimakkuutta että tyyppiä signaalinsiirron aikana biologisissa järjestelmissä.
Lisäksi molekyylien telakointitekniikat ovat tärkeitä rakennepohjaisten lääkkeiden suunnittelussa. Tämä johtuu sen ennustettavuudesta pienten molekyylien, kuten ligandien, sitoutumisen sopivaan sitoutumiskohtaan.
Mikä on molekyylipisteytys?
Molekylaarinen pisteytys on eräänlainen matemaattinen funktio, joka on hyödyllinen arvioitaessa molekyylien telakoinnin edistymistä. Laskennallisen kemian alalla pisteytysfunktioita käytetään kahden molekyylin välisen sitoutumisaffiniteetin ennustamiseen telakointiprosessin jälkeen. Esimerkiksi, jos meillä on pieni molekyyli hiukkaslääkettä ja siellä on biologinen kohde, kuten proteiini, voimme arvioida lääkkeen affiniteetin sitoutumiskohtaa kohtaan. Lisäksi molekyylien pisteytystä voidaan käyttää ennustamaan molekyylien välisiä vuorovaikutuksia kahden proteiinin välillä tai proteiinin ja DNA-molekyylien välillä.
Kuva 02: Pisteytystoiminto lyhyesti
Molekylaarisen pisteytyksen pääasiallinen käyttökohde on lääkesuunnitteluprosesseissa – esimerkiksi virtuaalitutkimuksessa, de novo -suunnittelussa, liidien optimoinnissa jne.
Mitä eroa on molekyylitelakan ja pisteytyksen välillä?
Molekylaarinen telakointi ja pisteytys ovat tärkeitä molekyylimallinnuksessa. Keskeinen ero molekyylien telakoinnin ja pisteytyksen välillä on se, että telakointi on tekniikka, jota käytetään kahden molekyylin välisen sitoutumisaffiniteetin määrittämiseen, kun taas pisteytys on prosessi, jossa arvioidaan tietty asento laskemalla suotuisten molekyylien välisten vuorovaikutusten lukumäärä.
Seuraava infografiikka esittää yhteenvedon erosta molekyylien telakoinnin ja pisteytyksen välillä.
Yhteenveto – Molecular Docking vs Scoring
Molekylaarinen telakointi ja pisteytys ovat tärkeitä molekyylimallinnuksessa. Keskeinen ero molekyylien telakoinnin ja pisteytyksen välillä on se, että telakointi on tekniikka, jota käytetään kahden molekyylin välisen sitoutumisaffiniteetin määrittämiseen, kun taas pisteytys on prosessi, jossa arvioidaan tietty asento laskemalla suotuisten molekyylien välisten vuorovaikutusten lukumäärä.
