Avainero MLVA:n ja MLST:n välillä on, että MLVA käyttää peräkkäin toistuvien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen, kun taas MLST käyttää useiden taloudenhoitogeenien sisäisten fragmenttien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen.
Mikrobityypitystä käytetään tavallisesti infektioiden lähteen ja reittien määrittämiseen. Se vahvistaa tai sulkee pois taudinpurkaukset. Mikrobityypitys jäljittää myös terveydenhuoltoon liittyvien patogeenien ristiin leviämisen ja tunnistaa virulentit kannat. Lisäksi mikrobien tyypitys arvioi patogeenisten mikrobilajien torjuntatoimenpiteiden tehokkuutta. MLVA ja MLST ovat kaksi molekyylibiologista tekniikkaa, joita käytetään mikrobien tyypitykseen.
Mikä on MLVA?
Multiple loci VNTR-analyysi (MLVA) on molekyylibiologinen menetelmä, joka käyttää peräkkäin toistuvien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen. Se on menetelmä, jota käytetään tiettyjen mikrobilajien geneettiseen analyysiin.
MLVA:n ensimmäisen vaiheen aikana jokainen kohdistettu VNTR-lokus monistetaan PCR:llä viereisillä aluespesifisillä alukkeilla. Sitten saadut fragmentit erotetaan koon mukaan elektroforeesilla kapillaarisekvensoijalla. Kunkin lokuksen genotyypitys ja kustakin näytteestä kootut tulokset mahdollistavat sellaisen mikro-organismin karakterisoinnin, jonka laji tunnetaan. Se mahdollistaa myös alalajien tunnistamisen alleelityypityksen ja MLVA-tietokantojen vertailun avulla.
Kuva 01: MLVA
Tämä MLVA-menetelmä on valikoivampi kuin MLST-menetelmä. Lisäksi MLVA-menetelmä ei vaadi DNA-sekvensointivaihetta. Näin ollen se mahdollistaa läheisten alalajien tai kloonaalien lajien erottamisen.
Mikä on MLST?
Multilocus-sekvenssin tyypitys (MLST) on tekniikka, joka käyttää useiden taloudenhoitogeenien sisäisten fragmenttien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseksi. MLST on geneettisen analyysin tekniikka useiden lokusten tyypitykseen.
Kuva 02: MLST
Se on eräänlainen sekvensointityypitys, jota käytetään vertailutekniikana eri mikrobilajien eri kantojen erottamiseen. Tämä menetelmä perustuu taloudenhoitogeenien sekvensointiin. Kotitalousgeenit koodaavat normaalisti mikrobien, kuten bakteerin, välttämättömiä proteiineja. Näillä taloudenhoitogeenisekvensseillä on se erityispiirre, että ne tarjoavat stabiilin polymorfismin ajan myötä. Siksi erot taloudenhoitogeenien sekvensseissä ovat riittävät erottamaan kannat toisistaan. Lisäksi ensimmäinen kehitetty MLST-järjestelmä oli Neisseria meningitidis, meningokokki-aivokalvontulehduksen ja septikemian aiheuttaja. Käyttöönoton jälkeen MLST:tä on käytetty paitsi ihmisten, myös kasvipatogeenien torjuntaan.
Mitä yhtäläisyyksiä on MLVA:n ja MLST:n välillä?
- MLVA ja MLST ovat kaksi molekyylibiologista tekniikkaa, joita käytetään mikrobien tyypitykseen.
- Molempia tekniikoita voidaan käyttää mikrobien fylogeneettiseen analyysiin.
- Molemmat tekniikat perustuvat geneettiseen polymorfismiin.
- Niitä voidaan käyttää mikrobipatogeeneja aiheuttavien ihmisten sairauksien havaitsemiseen.
- Molemmat tekniikat tulisi suorittaa ammattitaitoisten molekyylibiologien toimesta.
Mitä eroa on MLVA:n ja MLST:n välillä?
MLVA on tekniikka, joka käyttää peräkkäin toistuvien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen. Samaan aikaan MLST on tekniikka, joka käyttää useiden taloudenhoitogeenien sisäisten fragmenttien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseksi. Siten tämä on avainero MLVA:n ja MLST:n välillä. Lisäksi MLVA-menetelmä on valikoivampi kuin MLST-menetelmä.
Alla oleva infografiikka esittelee MLVA:n ja MLST:n väliset erot taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – MLVA vs MLST
MLVA ja MLST ovat kaksi molekyylibiologista tekniikkaa, joita käytetään mikrobien tyypitykseen. MLVA käyttää peräkkäin toistuvien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen, kun taas MLST käyttää useiden taloudenhoitogeenien sisäisten fragmenttien DNA-sekvenssien polymorfismia mikrobilajien karakterisoimiseen. Joten tämä on tärkein ero MLVA:n ja MLST:n välillä.
