Avainero – geelielektroforeesi vs. SDS Sivu
Geelielektroforeesi on tekniikka, joka erottaa makromolekyylit sähkökentässä. Se on molekyylibiologiassa yleinen menetelmä erottaa DNA, RNA ja proteiinit seoksista niiden molekyylikoon mukaan. SDS Page on eräänlainen geelielektroforeesi, jota käytetään erottamaan proteiineja proteiiniseoksesta niiden koon perusteella. Geelielektroforeesi on termi, jota käytetään viittaamaan normaaliin tekniikkaan, jota käytetään DNA:n, RNA:n ja proteiinien erottamiseen, kun taas SDS Page on yksi geelielektroforeesityyppi. Tämä on avainero geelielektroforeesin ja SDS-sivun välillä.
Mikä on geelielektroforeesi?
Geelielektroforeesi on yleinen tekniikka, jota käytetään laboratorioissa varautuneiden molekyylien, kuten DNA:n, RNA:n, proteiinien jne. erottamiseen niiden seoksista. Geelielektroforeesissa käytetään geeliä. Se toimii molekyyliseulana. Geelielektroforeesissa käytetään kahden tyyppisiä geelejä, nimittäin agaroosia ja polyakryyliamidia. Geelin ja geelivalmisteen valinta ovat tärkeitä tekijöitä, jotka on otettava huomioon geelielektroforeesissa, koska geelin huokoskokoa tulee käsitellä huolellisesti, jotta molekyylit erottuvat hyvin geelielektroforeesin avulla. Geelielektroforeesissa sähkökenttä on kytketty geelin kahteen päähän. Geelin toisessa päässä on positiivinen varaus, kun taas toisessa päässä on negatiivinen varaus.
DNA ja RNA ovat negatiivisesti varautuneita molekyylejä. Kun ne on ladattu geeliin geelin negatiivisesta päästä ja levitetty sähkökenttään, ne kulkeutuvat geelihuokosten läpi kohti geelin positiivisesti varautunutta päätä. Vaelluksen nopeus riippuu varauksesta ja molekyylin koosta. Pienemmät molekyylit kulkeutuvat helposti geelihuokosten läpi kuin suuremmat molekyylit. Näin ollen pienemmät molekyylit kulkevat pitkän matkan geelin läpi ja suuremmat molekyylit kulkevat lyhyen matkan. Molekyylien liikkumisen tarkkailemiseksi geelissä käytetään erityisiä väriaineita. Sähkökenttää kohdistetaan tietyn ajan ja se pysäytetään molekyylien häviämisen estämiseksi ja molekyylien pitämiseksi kuljetettavissa paikoissaan. Geelissä voidaan havaita erilaisia juovia. Nämä nauhat edustavat erikokoisia molekyylejä. Siksi geelielektroforeesi on hyödyllinen molekyylien erottamisessa niiden koon mukaan.
Geelielektroforeesi on sisällytetty erilaisiin menetelmiin molekyylibiologian preparatiivisena tekniikana, kuten PCR, RFLP, kloonaus, DNA-sekvensointi, Southern blotting, genomikartoitus jne.
Kuva 01: Agaroosigeelielektroforeesi
Mikä on SDS-sivu?
Natriumdodekyylisulfaattipolyakryyliamidigeelielektroforeesi (SDS-sivu) on eräänlainen geelielektroforeesi, jota käytetään proteiinien erottamiseen. Kun geelielektroforeesia käytetään proteiinien erottamiseen, tarvitaan erityisiä hoitoja, koska proteiinit eivät ole negatiivisesti varautuneita, kuten DNA ja RNA, eivätkä kulje kohti positiivista tai negatiivista päätä. Näin ollen proteiinit denaturoidaan ja päällystetään negatiivisella varauksella ennen geelielektroforeesia. Se tehdään käyttäen pesuainetta, jota kutsutaan natriumdodekyylisulfaatiksi (SDS). Geelielektroforeesi, jossa käytetään SDS:ää ja polyakryyliamidigeeliä tukiväliaineena, tunnetaan nimellä SDS Page. Tätä tekniikkaa käytetään yleisesti biokemiassa, genetiikassa, oikeuslääketieteessä ja molekyylibiologiassa.
SDS-sivun aikana proteiinit sekoitetaan SDS:n kanssa. SDS avaa proteiinit lineaariseen muotoon ja peittää ne negatiivisella varauksella, joka on verrannollinen niiden molekyylimassaan. Negatiivisen varauksen vuoksi proteiinimolekyylit siirtyvät kohti geelin positiivista varauspäätä ja erottuvat molekyylimassansa mukaan. SDS-sivulla polyakryyliamidia käytetään geelin kiinteänä kantajana. Todellinen proteiinien erottuminen riippuu pääasiassa geelin ominaisuuksista. Tästä syystä polyakryyliamidigeelin valmistelu tulee tehdä huolellisesti ja polyakryyliamidia tulee käyttää oikeilla pitoisuuksilla. Polyakryyliamidigeelit osoittavat korkeaa resoluutiota kuin agaroosigeelit. Tästä syystä SDS-sivua pidetään korkean resoluution tekniikkana proteiinien erottamiseen.
SDS Page on eräänlainen denaturoiva geelielektroforeesi. Sillä on suuri rajoitus proteiinianalyysissä. Koska SDS denaturoi proteiineja ennen erotusta, se ei salli entsymaattisen aktiivisuuden, proteiineihin sitoutuvien vuorovaikutusten, proteiinien kofaktorien jne. havaitsemista.
Kuva 02: SDS-sivu
Mitä eroa on geelielektroforeesilla ja SDS-sivulla?
Geelielektroforeesi vs SDS Sivu |
|
| Geelielektroforeesi on menetelmä makromolekyylien erottamiseksi sähkökentän avulla. | SDS Page on korkearesoluutioinen geelielektroforeesitekniikka, jota käytetään proteiinien erottamiseen niiden massan perusteella. |
| Gel Run | |
| Se voidaan suorittaa vaaka- tai pystysuunnassa. | SDS-sivu toimii aina pystysuunnassa. |
| Erottamisen perusteet | |
| Erottelua tapahtuu latauksen ja koon mukaan. | Proteiinin erottuminen tapahtuu massan ja varauksen mukaan. |
| Resoluutio | |
| Agaroosigeelielektroforeesilla on alhainen resoluutio ja polyakryyliamidigeelielektroforeesilla on korkeampi resoluutio | SDS-sivulla on parempi resoluutio. |
| Denaturaatio | |
| Geelielektroforeesi sisältää sekä denaturoivan että ei-denaturoivan tekniikan. | SDS-sivu denaturoi proteiinit ennen erottamista. |
Yhteenveto – geelielektroforeesi vs. SDS Sivu
Geelielektroforeesi on yleinen tekniikka, jota käytetään DNA:n, RNA:n ja proteiinien erottamiseen ja analysointiin niiden koon ja varauksen perusteella. Geelielektroforeesia on kaksi päätyyppiä, nimittäin agaroosigeelielektroforeesi ja polyakryyliamidigeelielektroforeesi. Agaroosigeelejä käytetään pääasiassa nukleiinihappojen erottamiseen; kun tarvitaan suurempaa resoluutiota, käytetään polyakryyliamidigeelejä. SDS Page on eräänlainen geelielektroforeesi, jota käytetään yleisesti monimutkaisten proteiiniseosten erottamiseen. Sitä pidetään korkean resoluution proteiinien erotustekniikkana. Tämä on ero geelielektroforeesin ja SDS-sivun välillä.
