Avainero BLASTin ja FastA:n välillä on se, että BLAST on peruskohdistustyökalu, joka on saatavilla National Center for Biotechnology Information -verkkosivustolla, kun taas FastA on samank altaisuuden hakutyökalu, joka on saatavilla European Bioinformatics Instituten verkkosivuilla.
BLAST ja FastA ovat kaksi ohjelmistoa, joita käytetään laaj alti vertaamaan eri lajien DNA:n, aminohappojen, proteiinien ja nukleotidien biologisia sekvenssejä ja etsimään niiden yhtäläisyyksiä. Nämä algoritmit on kirjoitettu nopeus mielessä. Koska tiedemiehet pystyivät eristämään DNA:ta laboratoriossa 1980-luvun puolivälissä, se herätti tarpeen vertailla ja löytää identtisiä geenejä jatkotutkimusta varten suurella nopeudella. Siksi nämä kaksi ohjelmistoa on kehitetty siten, että käyttäjä voi tehdä nopean haun samanlaisista sekvensseistä kyselysekvenssiensä kanssa.
BLAST on lyhenne sanoista Basic Local Alignment Search Tool, ja se käyttää lokalisoitua lähestymistapaa kahden sekvenssin vertailussa. FastA on ohjelmisto, joka viittaa Fast A:han, jossa A tarkoittaa kaikkia. Tässä ohjelmisto toimii aakkosten, kuten Fast A DNA-sekvensointiin ja Fast P proteiinien, kanssa. Sekä BLAST että FastA ovat erittäin nopeita vertaamaan mitä tahansa genomitietokantaa ja ovat siksi erittäin kannattavia sekä rahallisesti että ajan säästämisessä.
Mikä on BLAST?
BLAST on yksi laajimmin käytetyistä bioinformatiikkaohjelmistoista, joka kehitettiin vuonna 1990. Siitä lähtien se on kaikkien saatavilla NCBI:n sivustolla. Lisäksi kuka tahansa voi käyttää tätä ohjelmistoa ja käyttää sitä. Lisäksi BLAST on ohjelmisto, joka tarvitsee syötetietoja tai sekvenssejä FastA-muodossa. Mutta se antaa lähtötiedot pelkkänä tekstinä, HTML- tai XML-muodossa. BLAST toimii periaatteella, joka etsii paikallisia yhtäläisyyksiä kahden sekvenssin välillä ja listaa samank altaiset sekvenssit, minkä jälkeen se etsii naapuruston yhtäläisyyksiä.
Kuva 01: BLAST-tulokset
Tämä ohjelmisto etsii siis suurta määrää samanlaisia paikallisia alueita ja antaa tuloksen kynnysarvon saavuttaessa. Tämä prosessi eroaa kuitenkin aiemmasta ohjelmistosta, joka etsii ensin koko sekvenssin ja tekee sitten vertailun, ja vei siten paljon aikaa.
Yllä olevan samank altaisuuden tarkistuksen lisäksi BLASTilla on monia muita käyttötarkoituksia, kuten DNA-kartoitus, kahden identtisen geenin vertailu eri lajeissa, fylogeneettisen puun luominen jne.
Mikä on FastA?
FastA on proteiinisekvenssien kohdistusohjelmisto. David J. Lipman ja William R. Pearson kuvasivat tämän ohjelmiston vuonna 1985. Vaikka tämän ohjelmiston alkuperäinen käyttö oli vain proteiinisekvenssien vertailua, sen muunneltu versio pystyi vertaamaan myös DNA-sekvenssejä. Tässä tämä ohjelmisto käyttää periaatetta löytää samank altaisuus kahden sekvenssin välillä tilastollisesti. Se sovittaa yhden DNA:n tai proteiinin sekvenssin toiseen sekvenssiin paikallisella sekvenssikohdistusmenetelmällä.
Kuva 02: FastA
Se kuitenkin etsii paikallisia alueita samank altaisuuden vuoksi, mutta ei parasta vastaavuutta kahden sekvenssin välillä. Koska tämä ohjelmisto vertailee ajoittain paikallisia yhtäläisyyksiä, se voi myös aiheuttaa ristiriitoja. Sekvenssissä FastA ottaa pienen osan, joka tunnetaan nimellä k-monikot, jossa monikot voivat olla 1 - 6 ja jotka sopivat toisen sekvenssin k-numeroiden kanssa. Sovitusprosessin lopussa, kun se saavuttaa kynnysarvon, se tuottaa tuloksen.
Mitä yhtäläisyyksiä BLASTin ja FastA:n välillä on?
- BLAST ja FastA ovat bioinformatiikan työkaluja, joita käytetään vertailemaan proteiini- ja DNA-sekvenssejä samank altaisuuksien var alta.
- Myös molemmat ohjelmat käyttävät pisteytysstrategiaa sekvenssien vertailuun.
- Lisäksi molemmat työkalut tuottavat erittäin tarkkoja tuloksia.
Mitä eroa BLASTilla ja FastA:lla on?
BLAST on työkalu biologisten sekvenssien samank altaisuuden tarkistamiseen. Toisa alta FastA on toinen ohjelma, joka helpottaa proteiini- ja DNA-sekvenssien samank altaisuuden tarkistamista. FastA:han verrattuna BLAST-ohjelmisto on kuitenkin erittäin suosittu, koska se tuottaa tarkempia ja nopeampia tuloksia. Siksi tämä on ero BLASTin ja FastA:n välillä. Lisäksi toisin kuin FastA, BLAST-ohjelmaa voidaan muokata käyttäjän tarpeiden mukaan. Siksi tämä on toinen ero BLASTin ja FastA:n välillä.
Alla oleva infografiikka BLASTin ja FastA:n eroista tarjoaa lisätietoja.
Yhteenveto – BLAST vs FastA
BLAST ja FastA ovat kaksi ohjelmaa, joiden avulla käyttäjä voi verrata kyselysekvenssiään olemassa olevien tietokantojen sekvensseihin ja tarkistaa yhtäläisyydet. FastA:n alkuperäinen tarkoitus oli verrata vain proteiinisekvenssejä. Mutta tämän ohjelmiston modifioitu versio helpottaa sekä proteiini- että DNA-sekvenssien vertailua. Vaikka FastA on hyvä ohjelmisto, useimmat ihmiset käyttävät BLAST-kohdistustyökalua, koska se on suositumpi ja tuottaa tarkempia ja nopeampia tuloksia kuin FastA. Lisäksi BLAST-työkalua voidaan muokata käyttäjän vaatimusten mukaan. Lyhyesti sanottuna tämä tiivistää eron BLASTin ja FastA:n välillä.
