Avainero LINE:iden ja SINEen välillä on, että LINE:t (pitkät välissä olevat ydinelementit) ovat eräänlaisia pidempiä ei-LTR-retrotransposoneja, kun taas SINEt (lyhyet välissä olevat ydinelementit) ovat paljon lyhyempiä ei-LTR-retrotransposoneja.
Ei-LTR-retrotransposonit eivät sisällä pitkiä päätetoistoja (LTR). Ne sisältävät kuitenkin geenejä käänteiskopioijalle, RNA:ta sitovalle proteiinille, nukleaasille ja ribonukleaasi H -domeenille. Ei-LTR-retrotransposoneilla on lyhyet toistot. Näillä toistoilla on käänteinen emästen järjestys vierekkäin. Tämän lisäksi ei-LTR-retrotransposoneilla on myös suoria toistoja LRT-transposoneista. Ei-LTR-retrotransposonit jakautuvat kahteen luokkaan LINE:t ja SINEs.
Mitä rivit ovat?
LINE:t (pitkät välissä olevat ydinelementit) ovat pidempiä ei-LTR-retrotransposoneja. Ne ovat laajalle levinneitä eukaryoottien genomeissa. Ne muodostavat yleensä 21,1 % ihmisen genomista. Jokainen LINE on noin 7000 emäsparia pitkä. LINE:t voivat transkriptiota mRNA:ksi ja transloitua proteiiniksi, joka voi toimia käänteiskopioijaentsyyminä. Tämä käänteinen transkriptaasi tuottaa DNA-kopioita LINE:n RNA:sta. Nämä DNA-kopiot voidaan integroida genomiin uudessa paikassa.
Kuva 01: LINES ja SINEs
Ihmisen genomissa on vain yksi runsas LINE-1. LINE-1 elementti on noin 6000 emäsparia pitkä. Ihmisen genomissa on noin 100 000 katkaistua LINE-1-elementtiä. LINEissa voi esiintyä satunnaisia mutaatioita. Satunnaisten mutaatioiden vuoksi LINE-linjat voivat rappeutua. Niitä ei enää litteroida tai käännetä. Lisäksi LINE-linjat on ryhmitelty viiteen pääryhmään, kuten L1, RTE, R2, I ja jockey. Nämä viisi ryhmää jakautuvat edelleen 28 kladiin.
LINE-linjat leviävät tavallisesti mekanismin kautta, jota kutsutaan kohdeprimedikään käänteistranskriptiomekanismiksi (TPRT). LINE-solujen lisääminen aiheuttaa ihmisen sairauksia, kuten hemofilia A:ta, syöpää, mendelian sairauksia jne. LINE-solujen hypometylaatio laukaisee myös tietyntyyppisiä syöpiä.
Mitä SINEt ovat?
SINEt (lyhyet välissä olevat ydinelementit) ovat eräänlaisia paljon lyhyempiä ei-LTR-retrotransposoneja. Niiden pituus on noin 100-700 emäsparia. SINEt ovat myös DNA-elementtejä, jotka monistavat itsensä läpi eukaryoottigenomien RNA-välituotteiden kautta. SINEt muodostavat noin 13 % nisäkkään genomista. SINE:iden sisäiset alueet ovat peräisin tRNA:sta. Se on edelleen erittäin säilynyt. Niitä esiintyy usein monissa selkärankaisissa ja selkärangattomissa lajeissa. Kopiomäärän vaihtelut ja mutaatiot SINE-soluissa voidaan sisällyttää lajien fysiologiaan perustuvan luokituksen muodostamiseen.
SINEt voidaan ryhmitellä kolmeen päätyyppiin: CORE-SINEs, V-SINEs ja AmnSINEs. Alu-elementti on yleisin SINE kädellisissä. Lisäksi SINE:iden lisäämiseen liittyy yli 50 ihmisen sairautta. Kun ne asettuvat eksonien sisään tai lähelle, ne voivat aiheuttaa virheellisen silmukoinnin tai muuttaa lukukehystä. Tämä johtaa sairauksien fenotyyppeihin, kuten rintasyöpään, paksusuolensyöpään, leukemiaan, hemofiliaan, kystiseen fibroosiin, paksusuolensyöpään, Dentin tautiin, neurofibromatoosiin jne.
Mitä yhtäläisyyksiä LINE- ja SINE-välillä on?
- LINEs ja SINE ovat kahta tyyppiä ei-LTR-retrotransposoneja.
- Molemmilla ei ole pitkiä terminaalialueita (LTR).
- Molempia esiintyy pääasiassa vain eukaryooteissa.
- He ovat molemmat ei-itsenäisiä.
Mitä eroa on rivien ja sinien välillä?
LINE:t ovat pidempiä ei-LTR-retrotransposoneja, kun taas SINEt ovat paljon lyhyempiä ei-LTR-retrotransposoneja. Joten tämä on avainero LINE- ja SINE-osien välillä. Lisäksi LINES koodaa käänteiskopioijaentsyymiä, kun taas SINE ei koodaa käänteiskopioijaentsyymiä. Tämä on siis toinen ero LINE- ja SINE-osien välillä.
Lisää eroja LINE- ja SINE-osien välillä on lueteltu alla taulukkomuodossa vierekkäin vertailua varten.
Yhteenveto – LINEs vs SINEs
Retrotransposoneja löytyy pääasiassa kaikista eukaryooteista, mutta niitä ei esiinny prokaryooteissa. Noin 37 % ihmisen genomista sisältää retrotransposoneja. Retrotransposoneja on pääasiassa kahta tyyppiä: LTR ja ei-LTR retrotransposonit. Ei-LTR-retrotransposonit eivät sisällä pitkiä terminaalisia toistoja (LTR), joita esiintyy LTR-retrotransposoneissa. Ei-LTR-retrotransposonit jaetaan edelleen kahteen luokkaan: LINEs ja SINEs. LINE:t ovat pidempiä ei-LTR-retrotransposoneja, kun taas SINEt ovat paljon lyhyempiä ei-LTR-retrotransposoneja. Näin ollen tämä on yhteenveto LINE- ja SINE-eroista.
